Guión de visualización espectralHi JMP SEs -
En mi vida anterior como químico, trabajé con datos espectrales para seguir el progreso de la reacción. En algunos casos, ésta era la única manera de conocer la cinética y el mecanismo de la reacción.
A menudo visualizamos estas reacciones apiladas a lo largo de un eje z, similar a estas imágenes:
Estos gráficos son un gráfico Y por X de cada espectro apilado a lo largo de un eje Z que suele ser el tiempo. Consideraría que esto es un "pseudo" eje z en el sentido de que los espectros en realidad están desplazados entre sí a lo largo de los ejes X e Y para crear lo que parece un eje z.
Estos gráficos no son fáciles de crear en JMP y el script adjunto es mi primer intento de crear una interfaz para construir este tipo de gráficos. Con esta interfaz puedes crear algunas visualizaciones únicas.
Hay muchas direcciones que esto puede tomar y está lejos de ser completo. Publiqué el guión aquí para recibir comentarios del grupo SE. Planeo seguir trabajando en esto a medida que el tiempo me permita crear algunas funciones adicionales, pero por ahora es lo suficientemente bueno como para generar algunos gráficos interesantes. Si tiene clientes que trabajan con datos espectrales, esto puede resultarles útil. Si hay suficiente interés, podría terminarlo y ponerlo en la Comunidad.
Si decides probarlo, ten en cuenta algunas cosas:
- Las imágenes se ven mejor si utiliza la corrección de línea de base para que los valores de y en los valores de x más alto y más bajo sean similares
- El esquema de coloración degradado a veces causa errores si tienes más de 100 espectros.
- Es mejor usar los controles deslizantes para ajustar la configuración de los ejes, pero si cambia los ejes manualmente con la herramienta de agarre, haga clic en "Recordar configuración de gráfico" para que los ejes no retrocedan cuando realice otros ajustes.
- Los datos se pueden formatear en funciones apiladas, de columna o de fila como FDE. El script utiliza el formato de función de columna y cambiará automáticamente el formato a este desde los otros formatos.
Aquí hay algunas imágenes de diferentes posibilidades usando el conjunto de datos de aceite de oliva y un GIF animado para mostrar cómo usar la interfaz. ¡Gracias por echar un vistazo!
Re: Script de visualización espectral¡Este sería un gran complemento!
Re: Script de visualización espectral@SamGardner Sí, ¡esta es una visualización realmente agradable! Realmente me gusta esta vista ya que puedes obtener un degradado a lo largo del eje Y, lo cual no puedes hacer con los "cortes" que estoy haciendo.
Navegar por las asignaciones de variables, garantizar etiquetas numéricas y reformatear al formato apilado a veces puede resultar complicado. Dado que este script maneja diferentes formatos de datos, sería bueno incluir una forma de acceder a este gráfico desde cualquier formato de datos espectral estándar y poner todos los datos remodelados en segundo plano.
Re: Script de visualización espectralGenial idea y herramienta de visualización.
También puedes visualizar esto con Surface Plot. Requiere que la columna ID sea numérica.
Re: Script de visualización espectral@Ben_Ingham
Si intentas hacer ajustes cuando tienes los puntos de datos activados, a veces se ralentiza, pero si estás mirando gráficos de líneas o áreas es bastante rápido.
El script extrae todos los datos originales en matrices y crea un cuadro de gráfico directamente a partir de ellas. No actualiza una tabla de datos, así que creo que esto ayuda con la velocidad. Cada vez que realiza un ajuste, simplemente elimina el cuadro del gráfico y lo reconstruye.
Re: Script de visualización espectralHola @scott_allen ,
Acabo de jugar con esto, realmente genial y lo hice funcionar en otro conjunto de datos de muestra de mi trabajo SL HPLC (adjunto) con diferentes longitudes de onda, también tengo algunos datos LC-MS que revisaré . Sólo algunas reflexiones:
- Si tiene más de 100 espectros, sería fantástico tener la opción de elegir el rango de los espectros.
- También sería útil filtrar por el valor del eje z (es decir, filtrar longitudes de onda sin interés o valores de masa)
-De manera similar, sería útil ver los valores del eje x representados en el gráfico y poder invertir el eje x (en el ejemplo a continuación, puedes ver los valores frontales 'bloquean' el detalle detrás, como una ventaja adicional). opción además de la transparencia)
- Creo que sería muy útil proporcionar un mapa de calor junto con esto para mostrar los resultados como un plano 2D; esto se usa a menudo junto con los gráficos 3D. Por ejemplo, el siguiente gráfico aparecería así...
Salud,
ben
Re: Script de visualización espectralEsto es realmente útil @scott_allen . Solía usar muchos gráficos de picos en 3D durante el tiempo que desarrollaba métodos de HPLC. ¿Qué tan bien maneja JMP la gran cantidad de datos de los espectros? Sé por el pasado que cuando intenté hacer mapas de calor tuve problemas en una computadora portátil estándar.
Salud,
ben
Re: Script de visualización espectralHola Scott,
Esto es realmente inspirador. Me preguntaron si JMP puede dibujar superposiciones 3D de mapas de contorno, como se adjunta. Al establecer el desplazamiento, esto parece posible ahora.
