스펙트럼 시각화 스크립트안녕하세요, JMP SE 여러분 -
화학자로서 이전에 저는 반응 진행 상황을 추적하기 위해 스펙트럼 데이터를 사용하여 작업했습니다. 어떤 경우에는 이것이 반응 동역학과 메커니즘에 대한 통찰력을 얻을 수 있는 유일한 방법이었습니다.
우리는 종종 다음 이미지와 유사하게 z축을 따라 쌓인 이러한 반응을 시각화합니다.
이 그래프는 일반적으로 시간인 Z축을 따라 쌓인 각 스펙트럼의 YxX 플롯입니다. 나는 스펙트럼이 실제로 X축과 Y축을 따라 서로 오프셋되어 z축처럼 보이는 것을 생성한다는 점에서 이것을 "의사" z축이라고 생각합니다.
이러한 그래프는 JMP에서 생성하기가 간단하지 않으며 첨부된 스크립트는 이러한 유형의 그래프를 작성하기 위한 인터페이스를 생성하려는 첫 번째 시도입니다. 이 인터페이스를 사용하면 몇 가지 독특한 시각화를 만들 수 있습니다.
이것이 갈 수 있는 방향은 다양하며 완전함과는 거리가 멀습니다. SE 그룹으로부터 피드백을 받기 위해 여기에 스크립트를 게시했습니다. 시간이 지나면 추가 기능을 구축할 수 있으므로 이 작업을 계속할 계획이지만 지금은 멋진 그래프를 생성하는 데 충분합니다. 스펙트럼 데이터로 작업하는 고객이 있다면 이 정보가 도움이 될 수 있습니다. 관심이 충분하다면 마무리하여 커뮤니티에 올릴 수 있습니다.
시험해 보기로 결정했다면 다음 몇 가지 사항을 염두에 두세요.
- 가장 높은 x 값과 가장 낮은 x 값의 y 값이 유사하도록 기준선 수정을 사용하면 시각적으로 가장 잘 보입니다.
- 스펙트럼이 100개가 넘는 경우 그라데이션 색상 구성표로 인해 오류가 발생하는 경우가 있습니다.
- 축 설정을 조정하려면 슬라이더를 사용하는 것이 가장 좋지만, 잡기 도구를 사용하여 축을 수동으로 변경하는 경우 "그래프 설정 기억"을 클릭하여 다른 조정을 할 때 축이 다시 돌아가지 않도록 하세요.
- 데이터는 누적형, 열 함수 또는 FDE와 같은 행 함수로 형식화될 수 있습니다. 스크립트는 열 함수 형식을 사용하며 자동으로 형식을 다른 형식에서 이 형식으로 변경합니다.
다음은 인터페이스 사용 방법을 보여주기 위해 올리브 오일 데이터 세트와 애니메이션 GIF를 사용하여 다양한 가능성을 보여 주는 몇 가지 이미지입니다. 살펴봐주셔서 감사합니다!
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트이것은 훌륭한 추가 기능이 될 것입니다!
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트@SamGardner 예, 정말 멋진 시각화입니다! 제가 만들고 있는 "슬라이스"로는 할 수 없는 Y축을 따라 그라데이션을 얻을 수 있기 때문에 이 보기가 정말 마음에 듭니다.
변수 할당을 탐색하고, 숫자 레이블을 확인하고, 누적 형식으로 다시 포맷하는 것이 때로는 까다로울 수 있습니다. 이 스크립트는 다양한 데이터 형식을 처리하므로 표준 스펙트럼 데이터 형식에서 이 그래프를 가져오고 모든 데이터 재구성을 백그라운드에 두는 방법을 포함하는 것이 좋을 수 있습니다.
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트멋진 아이디어와 시각화 도구입니다.
Surface Plot을 사용하여 이를 시각화할 수도 있습니다. ID 열은 숫자여야 합니다.
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트@Ben_Ingham
데이터 포인트를 켠 상태에서 조정을 시도하면 속도가 느려지는 경우가 있지만 선 그래프나 영역 그래프를 보면 상당히 빠릅니다.
스크립트는 모든 원본 데이터를 행렬로 가져오고 이로부터 직접 그래프 상자를 만듭니다. 데이터 테이블을 업데이트하지 않기 때문에 이것이 속도에 도움이 된다고 생각합니다. 조정할 때마다 그래프 상자가 삭제되고 다시 작성됩니다.
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트안녕하세요 @scott_allen 님 ,
방금 이걸 가지고 놀았는데 정말 훌륭했고 다양한 파장을 사용하여 SL HPLC 작업(첨부)의 다른 샘플 데이터 세트에서 작업할 수 있게 되었습니다. 살펴볼 LC-MS 데이터도 몇 개 있습니다. . 몇 가지 생각:
- 스펙트럼이 100개 이상인 경우 스펙트럼에서 범위를 선택할 수 있는 옵션이 있으면 좋을 것입니다.
- z축 값으로 필터링하는 것도 유용할 것입니다(즉, 관심이 없는 파장이나 질량 값을 필터링하는 것).
-마찬가지로 그래프에 표시된 x축 값을 보고 x축을 반전할 수 있으면 유용할 것입니다(아래 예에서는 추가로 앞의 값이 뒤의 세부 사항을 '차단'하는 것을 볼 수 있습니다). 투명도 위에 옵션)
- 결과를 2D 평면으로 표시하기 위해 이와 함께 히트맵을 제공하는 것이 정말 유용할 것이라고 생각합니다. 이는 종종 3D 플롯과 함께 사용됩니다. 예를 들어, 아래 플롯은 다음과 같이 나타납니다....
건배,
벤
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트이것은 정말 유용합니다 @scott_allen . 저는 HPLC 방법을 개발하는 동안 3D 피크 플롯을 많이 사용했습니다. JMP는 스펙트럼에서 얻은 대량의 데이터를 얼마나 잘 처리합니까? 예전에 히트맵을 만들려고 했을 때 표준 노트북에서는 어려움을 겪었다는 것을 알고 있습니다.
건배,
벤
Re: 스펙트럼 시각화 스크립트안녕하세요 스콧,
정말 감동적이네요. 첨부된 것처럼 JMP에서 등고선 지도의 3D 오버레이를 그릴 수 있는지 질문을 받았습니다. 이제 오프셋을 설정하면 이것이 가능해 보입니다.
