スペクトル可視化スクリプトJMP SE の皆様、こんにちは。
化学者として働いていた頃、私はスペクトルデータを使って反応の進行を追跡していました。場合によっては、これが反応速度論とメカニズムについての洞察を得る唯一の方法でした。
私たちは、これらの反応を次の画像のように、Z 軸に沿って積み重ねて視覚化することがよくあります。
これらのグラフは、通常は時間である Z 軸に沿って積み重ねられた各スペクトルの Y x X プロットです。スペクトルが X 軸と Y 軸に沿って互いにオフセットされ、Z 軸のように見えるものが作成されているという点で、これは「疑似」Z 軸であると考えられます。
これらのグラフを JMP で作成するのは簡単ではありません。添付のスクリプトは、このような種類のグラフを作成するためのインターフェイスを作成する最初の試みです。このインターフェイスを使用すると、独自の視覚化を作成できます。
これにはさまざまな方向性があり、完成にはほど遠いです。SE グループからフィードバックを得るために、ここにスクリプトを投稿しました。時間が許せば、追加機能を構築するために作業を続けるつもりですが、今のところは、クールなグラフを生成するには十分です。スペクトル データを扱っている顧客がいる場合は、これが役立つかもしれません。十分な関心があれば、完成させてコミュニティに公開することもできます。
試してみることにした場合は、次の点に注意してください。
- ベースライン補正を使用して、最高X値と最低X値のY値が同様になるようにすると、ビジュアルが最もよく見える。
- 100を超えるスペクトルがある場合、グラデーションカラースキームでエラーが発生することがあります。
- 軸設定を調整するにはスライダーを使用するのが最適ですが、グラブツールで軸を手動で変更する場合は、「グラフ設定を記憶する」をクリックして、他の調整を行ったときに軸が元に戻らないようにします。
- データは、スタック、列関数、または FDE のような行関数でフォーマットできます。スクリプトは列関数形式を使用し、他の形式からこの形式に自動的に変更します。
ここでは、オリーブオイル データ セットを使用したさまざまな可能性を示す画像と、インターフェイスの使用方法を示すアニメーション GIF をいくつか示します。ご覧いただきありがとうございます。
Re: スペクトル可視化スクリプトこれは素晴らしいアドインになるでしょう!
Re: スペクトル可視化スクリプト@SamGardnerはい、これは本当に素晴らしい視覚化です。このビューは、Y 軸に沿ってグラデーションを作成できるため、非常に気に入っています。これは、私が作成している「スライス」では実現できません。
変数の割り当てをナビゲートし、数値ラベルを確認し、スタック形式に再フォーマットすることは、時々難しい場合があります。このスクリプトはさまざまなデータ形式を処理するため、任意の標準スペクトル データ形式からこのグラフにアクセスし、すべてのデータの再形成をバックグラウンドで行う方法を含めるとよいでしょう。
Re: スペクトル可視化スクリプトクールなアイデアと視覚化ツール。
これをサーフェス プロットで視覚化することもできます。ID 列が数値である必要があります。
Re: スペクトル可視化スクリプト@ベンガム
データ ポイントをオンにした状態で調整しようとすると、速度が低下することがありますが、折れ線グラフや面グラフを表示する場合はかなり高速になります。
スクリプトは、すべての元のデータをマトリックスに取り込み、そこからグラフ ボックスを直接構築します。データ テーブルは更新されないので、速度の向上に役立つと思います。調整を行うたびに、グラフ ボックスが削除され、再構築されます。
Re: スペクトル可視化スクリプトこんにちは@scott_allen さん
これをちょっと試してみたところ、本当に素晴らしいもので、さまざまな波長の SL HPLC 作業 (添付) からの別のサンプル データ セットでも動作しました。LC-MS データもいくつかあるので、それらも確認してみます。いくつかの考えを述べます。
- スペクトルが100個以上ある場合は、スペクトルの範囲を選択できるオプションがあると便利です。
- Z軸の値でもフィルタリングすると便利です（つまり、興味のない波長や質量値をフィルタリングする）
-同様に、グラフに表示されている x 軸の値を確認し、x 軸を反転できるようにしておくと便利です (以下の例では、透明度に加えて、前面の値が背後の詳細を「ブロック」しているのがわかります)
- 結果を 2D 平面で表示するために、ヒートマップをこれと一緒に提供することは非常に便利だと思います。これは、3D プロットと組み合わせて使用されることがよくあります。たとえば、以下のプロットは次のようになります。
乾杯、
ベン
Re: スペクトル可視化スクリプトこれは本当に便利です@scott_allen 、私はHPLCメソッドを開発していたときに3Dピークプロットをたくさん使っていました。JMPはスペクトルからの大量のデータをどれだけうまく処理できるのでしょうか？以前、ヒートマップを作成しようとしたときに、標準的なラップトップで苦労したことを覚えています。
乾杯、
ベン
Re: スペクトル可視化スクリプトこんにちは、スコット
これは本当に感動的です。添付のように、JMP で等高線マップの 3D オーバーレイを描画できるかどうか尋ねられました。オフセットを設定することで、これが可能になったようです。
