Script di visualizzazione spettraleSalve JMP SE -
Nella mia precedente vita da chimico, lavoravo con i dati spettrali per seguire il progresso della reazione. In alcuni casi, questo era l'unico modo per ottenere informazioni dettagliate sulla cinetica e sul meccanismo della reazione.
Spesso visualizziamo queste reazioni impilate lungo un asse z, in modo simile a queste immagini:
Questi grafici sono un grafico Y per X di ciascuno spettro impilato lungo un asse Z che solitamente è il tempo. Lo considererei uno "pseudo" asse z in quanto gli spettri sono in realtà semplicemente sfalsati l'uno dall'altro lungo gli assi X e Y per creare quello che sembra un asse z.
Questi grafici non sono semplici da creare in JMP e lo script allegato è il mio primo tentativo di creare un'interfaccia per costruire questo tipo di grafici. Con questa interfaccia puoi creare visualizzazioni uniche.
Ci sono molte direzioni in cui questo può andare ed è lungi dall'essere completo. Ho pubblicato lo script qui per ottenere feedback dal gruppo SE. Ho intenzione di continuare a lavorare su questo aspetto man mano che il tempo consentirà di creare alcune funzionalità aggiuntive, ma per ora è abbastanza buono per generare alcuni grafici interessanti. Se hai clienti che lavorano con dati spettrali, potrebbero trovarlo utile. Se ci fosse abbastanza interesse, potrei finirlo e inserirlo nella Community.
Se decidi di provarlo, tieni a mente alcune cose:
- Le immagini avranno un aspetto migliore se si utilizza la correzione della linea di base in modo che i valori y ai valori x più alti e più bassi siano simili
- Lo schema di colorazione del gradiente a volte causa errori se si hanno più di 100 spettri
- È meglio utilizzare i cursori per regolare le impostazioni degli assi, ma se modifichi manualmente gli assi con lo strumento di cattura, fai clic su "Ricorda impostazioni grafico" in modo che gli assi non tornino indietro quando apporti altre regolazioni
- I dati possono essere formattati in funzioni in pila, colonna o riga come FDE. Lo script utilizza il formato Funzione colonna e cambierà automaticamente il formato in questo rispetto agli altri formati.
Ecco alcune immagini di diverse possibilità utilizzando il set di dati Olive Oil e una GIF animata per mostrare come utilizzare l'interfaccia. Grazie per aver dato un'occhiata!
Ri: Script di visualizzazione spettraleQuesto sarebbe un ottimo componente aggiuntivo!
Ri: Script di visualizzazione spettrale@SamGardner Sì, questa è davvero una bella visualizzazione! Mi piace molto questa visualizzazione poiché puoi ottenere una sfumatura lungo l'asse Y, cosa che non puoi fare con le "fette" che sto creando.
La navigazione tra le assegnazioni delle variabili, la garanzia delle etichette numeriche e la riformattazione nel formato in pila a volte può essere complicata. Poiché questo script gestisce diversi formati di dati, potrebbe essere utile includere un modo per accedere a questo grafico da qualsiasi formato di dati spettrali standard e mettere tutti i dati rimodellati in background.
Ri: Script di visualizzazione spettraleIdea interessante e strumento di visualizzazione.
Puoi anche visualizzarlo con Surface Plot. Richiede che la colonna ID sia numerica.
Ri: Script di visualizzazione spettrale@Ben_Ingham
Se provi ad apportare modifiche quando hai attivato i punti dati, a volte rallenta, ma se stai guardando grafici a linee o ad area è piuttosto veloce.
Lo script inserisce tutti i dati originali in matrici e costruisce una casella grafica direttamente da queste. Non aggiorna una tabella dati, quindi penso che questo aiuti con la velocità. Ogni volta che apporti una regolazione, la casella del grafico viene semplicemente eliminata e ricostruita.
Ri: Script di visualizzazione spettraleCiao @scott_allen ,
Ci ho appena provato, davvero fantastico e sono riuscito a farlo funzionare su un altro set di dati campione dal mio lavoro SL HPLC (allegato) con lunghezze d'onda diverse, ho anche alcuni dati LC-MS a cui darò un'occhiata . Solo alcuni pensieri:
- Se hai più di 100 spettri, sarebbe bello avere la possibilità di scegliere l'intervallo sugli spettri
- Sarebbe utile filtrare anche in base al valore dell'asse z (ovvero filtrando le lunghezze d'onda senza interesse o i valori di massa)
-Allo stesso modo, sarebbe utile vedere i valori dell'asse x rappresentati sul grafico e poter invertire l'asse x (nell'esempio sotto, puoi vedere i valori davanti 'bloccare' il dettaglio dietro, come ulteriore opzione oltre alla trasparenza)
- Penso che sarebbe davvero utile fornire una mappa termica insieme a questa per mostrare i risultati come un piano 2D - questo viene spesso utilizzato insieme ai grafici 3D. Ad esempio, la trama seguente apparirebbe così....
Saluti,
Ben
Ri: Script di visualizzazione spettraleQuesto è davvero utile @scott_allen , usavo molti grafici dei picchi 3D durante lo sviluppo di metodi HPLC. Quanto bene JMP gestisce la grande quantità di dati provenienti dagli spettri? So dal passato che quando ho provato a creare mappe di calore ho avuto difficoltà su un laptop standard
Saluti,
Ben
Ri: Script di visualizzazione spettraleCiao Scott,
Questo è davvero stimolante. Mi è stato chiesto se JMP può disegnare sovrapposizioni 3D di mappe di contorno, come allegato. Impostando l'offset, questo sembra possibile ora.
