761913_de-DE

liliconcom

Spektralvisualisierungsskript

Hallo JMP SEs –

In meinem früheren Leben als Chemiker habe ich mit Spektraldaten gearbeitet, um den Reaktionsverlauf zu verfolgen. In einigen Fällen war dies die einzige Möglichkeit, Einblick in die Reaktionskinetik und den Reaktionsmechanismus zu erhalten.

Wir visualisieren diese Reaktionen häufig gestapelt entlang einer Z-Achse, ähnlich wie in diesen Bildern:

Diese Diagramme sind eine Y-x-Darstellung jedes Spektrums, gestapelt entlang einer Z-Achse, die normalerweise die Zeit darstellt. Ich würde dies als eine „Pseudo“-Z-Achse betrachten, da die Spektren tatsächlich nur entlang der X- und Y-Achse gegeneinander versetzt sind, um etwas zu erstellen, das wie eine Z-Achse aussieht.

Diese Diagramme lassen sich in JMP nicht so einfach erstellen und das angehängte Skript ist mein erster Versuch, eine Schnittstelle zum Erstellen dieser Diagrammtypen zu erstellen. Mit dieser Schnittstelle können Sie einige einzigartige Visualisierungen erstellen.

Es gibt viele Möglichkeiten, und es ist noch lange nicht fertig. Ich habe das Skript hier gepostet, um Feedback von der SE-Gruppe zu bekommen. Ich habe vor, weiter daran zu arbeiten, wenn die Zeit es erlaubt, einige zusätzliche Funktionen zu entwickeln, aber im Moment ist es gut genug, um ein paar coole Grafiken zu erstellen. Wenn Sie Kunden haben, die mit Spektraldaten arbeiten, könnte dies hilfreich sein. Wenn genügend Interesse besteht, könnte ich es fertigstellen und in die Community stellen.

Wenn Sie sich entscheiden, es auszuprobieren, sollten Sie einige Dinge beachten:

• Die Visualisierung sieht am besten aus, wenn Sie eine Basislinienkorrektur verwenden, sodass die y-Werte bei den höchsten und niedrigsten x-Werten ähnlich sind
• Das Farbverlaufsschema verursacht manchmal Fehler, wenn Sie mehr als 100 Spektren haben
• Am besten verwenden Sie die Schieberegler, um die Achseneinstellungen anzupassen. Wenn Sie die Achsen jedoch manuell mit dem Greifwerkzeug ändern, klicken Sie auf „Diagrammeinstellungen merken“, damit die Achsen nicht zurückschnappen, wenn Sie andere Anpassungen vornehmen
• Daten können in gestapelten, Spalten- oder Zeilenfunktionen wie FDE formatiert werden. Das Skript verwendet das Spaltenfunktionsformat und ändert das Format automatisch von den anderen Formaten in dieses.

Hier sind ein paar Bilder verschiedener Möglichkeiten mit dem Olivenöl-Datensatz und ein animiertes GIF, das zeigt, wie man die Schnittstelle benutzt. Danke, dass Sie vorbeigeschaut haben!

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

Das wäre ein tolles Add-In!

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

@SamGardner Ja, das ist eine wirklich schöne Visualisierung! Mir gefällt diese Ansicht sehr gut, da man einen Farbverlauf entlang der Y-Achse erhalten kann, was mit den „Scheiben“, die ich erstelle, nicht möglich ist.

Das Navigieren durch die Variablenzuweisungen, das Sicherstellen numerischer Beschriftungen und das Umformatieren in das gestapelte Format kann manchmal schwierig sein. Da dieses Skript verschiedene Datenformate verarbeitet, wäre es vielleicht sinnvoll, eine Möglichkeit einzuschließen, um von jedem Standardspektraldatenformat aus zu diesem Diagramm zu gelangen und die gesamte Datenumformung im Hintergrund durchzuführen.

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

Coole Idee und Visualisierungstool.

Sie können dies auch mit einem Oberflächendiagramm visualisieren. Erfordert, dass die ID-Spalte numerisch ist.

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

@Ben_Ingham

Wenn Sie versuchen, Anpassungen vorzunehmen, während die Datenpunkte aktiviert sind, wird die Leistung manchmal langsamer, aber beim Betrachten von Linien- oder Flächendiagrammen geht es ziemlich schnell.

Das Skript zieht alle Originaldaten in Matrizen und erstellt daraus direkt ein Diagrammfeld. Es aktualisiert keine Datentabelle, daher denke ich, dass dies der Geschwindigkeit zugutekommt. Jedes Mal, wenn Sie eine Anpassung vornehmen, wird einfach das Diagrammfeld gelöscht und neu erstellt.

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

Hallo @scott_allen ,

Ich habe gerade damit herumprobiert, es war wirklich toll und ich habe es mit einem anderen Beispieldatensatz aus meiner SL HPLC-Arbeit (im Anhang) mit unterschiedlichen Wellenlängen zum Laufen gebracht. Ich habe auch einige LC-MS-Daten, die ich mir ansehen werde. Nur ein paar Gedanken:

- Wenn Sie über mehr als 100 Spektren verfügen, wäre es großartig, wenn Sie die Möglichkeit hätten, den Bereich der Spektren auszuwählen

- Es wäre sinnvoll, auch nach dem Z-Achsenwert herauszufiltern (also Wellenlängen ohne Interesse oder Massenwerte herauszufiltern).

- Ebenso wäre es nützlich, die im Diagramm dargestellten X-Achsenwerte zu sehen und die X-Achse invertieren zu können (im Beispiel unten können Sie sehen, dass die vorderen Werte die Details dahinter „blockieren“, als zusätzliche Option zur Transparenz).

- Ich denke, es wäre wirklich nützlich, zusätzlich eine Heatmap bereitzustellen, um die Ergebnisse als 2D-Ebene anzuzeigen – dies wird häufig in Verbindung mit den 3D-Diagrammen verwendet. Das folgende Diagramm würde beispielsweise so aussehen ...

Prost,

Ben

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

Das ist wirklich nützlich, @scott_allen . Während meiner Zeit als Entwickler von HPLC-Methoden habe ich viele 3D-Peak-Plots verwendet. Wie gut kommt JMP mit der großen Datenmenge aus Spektren zurecht? Ich weiß aus der Vergangenheit, dass es auf einem Standard-Laptop Probleme hatte, Heatmaps zu erstellen.

Prost,

Ben

Betreff: Spektralvisualisierungsskript

Hallo Scott,

Das ist wirklich inspirierend. Ich wurde gefragt, ob JMP 3D-Overlays von Konturkarten zeichnen kann, wie im Anhang. Durch Einstellen des Offsets scheint dies nun möglich zu sein.