Script de visualisation spectraleSalut les JMP SE -
Dans ma vie antérieure de chimiste, j'ai travaillé avec des données spectrales pour suivre la progression des réactions. Dans certains cas, c’était le seul moyen d’avoir un aperçu de la cinétique et du mécanisme de la réaction.
Nous visualisons souvent ces réactions empilées le long d’un axe z, semblable à ces images :
Ces graphiques sont un tracé Y par X de chaque spectre empilé le long d'un axe Z qui est généralement le temps. Je considérerais cela comme un "pseudo" axe z dans la mesure où les spectres sont en réalité simplement décalés les uns par rapport aux autres le long des axes X et Y pour créer ce qui ressemble à un axe z.
Ces graphiques ne sont pas simples à créer dans JMP et le script ci-joint est ma première tentative de création d'une interface pour créer ces types de graphiques. Avec cette interface, vous pouvez créer des visualisations uniques.
Cela peut prendre de nombreuses directions et c’est loin d’être terminé. J'ai posté le script ici pour obtenir des commentaires du groupe SE. J'ai l'intention de continuer à travailler là-dessus au fur et à mesure que le temps le permet pour créer des fonctionnalités supplémentaires, mais pour l'instant, c'est suffisant pour générer des graphiques sympas. Si vous avez des clients qui travaillent avec des données spectrales, cela pourrait leur être utile. S'il y a suffisamment d'intérêt, je pourrais le terminer et le mettre dans la Communauté.
Si vous décidez de l'essayer, gardez quelques points à l'esprit :
- Les visuels sont plus beaux si vous utilisez la correction de la ligne de base afin que les valeurs y aux valeurs x les plus élevées et les plus basses soient similaires
- Le schéma de coloration en dégradé provoque parfois des erreurs si vous avez plus de 100 spectres
- Il est préférable d'utiliser les curseurs pour ajuster les paramètres des axes, mais si vous modifiez manuellement les axes avec l'outil de saisie, cliquez sur "Mémoriser les paramètres du graphique" afin que les axes ne reviennent pas en arrière lorsque vous effectuez d'autres ajustements.
- Les données peuvent être formatées en fonctions empilées, en colonnes ou en fonctions de lignes comme FDE. Le script utilise le format de fonction de colonne et changera automatiquement le format par rapport aux autres formats.
Voici quelques images de différentes possibilités utilisant l'ensemble de données Olive Oil et un GIF animé pour montrer comment utiliser l'interface. Merci d'avoir jeté un oeil !
Re : Script de visualisation spectraleCe serait un excellent complément !
Re : Script de visualisation spectrale@SamGardner Oui, c'est une très belle visualisation ! J'aime beaucoup cette vue car vous pouvez obtenir un dégradé le long de l'axe Y, ce que vous ne pouvez pas faire avec les "tranches" que je crée.
Naviguer dans les affectations de variables, garantir des étiquettes numériques et reformater au format empilé peut parfois s'avérer délicat. Étant donné que ce script gère différents formats de données, il pourrait être intéressant d'inclure un moyen d'accéder à ce graphique à partir de n'importe quel format de données spectrales standard et de mettre toutes les données remodelées en arrière-plan.
Re : Script de visualisation spectraleIdée sympa et outil de visualisation.
Vous pouvez également visualiser cela avec Surface Plot. Nécessite que la colonne ID soit numérique.
Re : Script de visualisation spectrale@Ben_Ingham
Si vous essayez de faire des ajustements lorsque des points de données sont activés, cela ralentit parfois, mais si vous regardez des graphiques linéaires ou aires, c'est assez rapide.
Le script extrait toutes les données originales dans des matrices et crée une boîte graphique directement à partir de celles-ci. Il ne met pas à jour un tableau de données, donc je pense que cela contribue à la vitesse. Chaque fois que vous effectuez un ajustement, il supprime simplement la zone graphique et la reconstruit.
Re : Script de visualisation spectraleSalut @scott_allen ,
Je viens de jouer avec ça, vraiment génial et je l'ai fait fonctionner sur un autre ensemble de données d'échantillons de mon travail SL HPLC (ci-joint) avec différentes longueurs d'onde, j'ai aussi des données LC-MS que je vais examiner . Juste quelques réflexions :
- Si vous avez plus de 100 spectres, ce serait bien d'avoir ensuite la possibilité de choisir la plage sur les spectres
- Il serait utile de filtrer également par la valeur de l'axe z (c'est-à-dire filtrer les longueurs d'onde sans intérêt, ou les valeurs de masse)
-De même, il serait utile de voir les valeurs de l'axe des x représentées sur le graphique et de pouvoir inverser l'axe des x (dans l'exemple ci-dessous, vous pouvez voir les valeurs de devant 'bloquer' le détail derrière, en complément option en plus de la transparence)
- Je pense qu'il serait vraiment utile de fournir une carte thermique à côté pour montrer les résultats sous forme de plan 2D - ceci est souvent utilisé en conjonction avec les tracés 3D. Par exemple, l'intrigue ci-dessous apparaîtrait ainsi....
Acclamations,
Ben
Re : Script de visualisation spectraleC'est vraiment utile @scott_allen , j'utilisais beaucoup de tracés de pics 3D pendant mon temps de développement de méthodes HPLC. Dans quelle mesure JMP gère-t-il la grande quantité de données provenant des spectres ? Je sais que par le passé, lorsque j'essayais de créer des cartes thermiques, cela rencontrait des difficultés sur un ordinateur portable standard.
Acclamations,
Ben
Re : Script de visualisation spectraleSalut Scott,
C'est vraiment inspirant. On m'a demandé si JMP pouvait dessiner une superposition 3D de cartes de contour, comme ci-joint. En définissant le décalage, cela semble possible maintenant.
