Informazioni su questo componente aggiuntivo
Questo è un componente aggiuntivo per l'informatica dei materiali (MI) e la chemioinformatica. L'informatica dei materiali è un'iniziativa che utilizza tecnologie della scienza dell'informazione come l'apprendimento automatico per rendere più efficiente lo sviluppo e l'esplorazione dei materiali.
La sfida quando si ha a che fare con le molecole utilizzando l’apprendimento automatico è come convertire le molecole in valori numerici che possano essere interpretati dai computer. Una soluzione è il rilevamento delle impronte digitali. Questa è una rappresentazione numerica delle caratteristiche strutturali di un composto ed è anche chiamata quantità caratteristica. Sono stati proposti vari descrittori per tali caratteristiche.
Questo componente aggiuntivo ti consente di calcolare questi descrittori da SMILES utilizzando una libreria chiamata RDKit. I descrittori calcolati possono essere utilizzati come variabili esplicative nei modelli predittivi.
Con questo componente aggiuntivo puoi:
- Generare descrittori molecolari
- Genera un'impronta digitale
- disegno della molecola
- Preelaborazione per l'utilizzo dei descrittori nei modelli predittivi
Per informazioni su RDKit, consultare la pagina seguente.
https://www.rdkit.org/
Requisiti di sistema
- JMP 18 e versioni successive
- La lingua di visualizzazione è solo inglese e giapponese
- Sistema operativo Windows
- Sono installati i seguenti pacchetti Python
- RDKit
- Insensibile
- Panda
Preparazione in anticipo
Installazione di RDKit
- Seleziona [File] > [Nuovo] > [Script JSL]
- Inserisci lo script seguente e seleziona Modifica > Esegui script
Python Install Packages("numpy pandas rdkit");
Come usare
Generazione di descrittori molecolari/impronte digitali
- Selezionare Componenti aggiuntivi > Toolkit per l'informatica dei materiali > Calcolo del descrittore.
- Specificare la colonna in cui viene inserito SMILES come "Y,SMILES". Controlla i descrittori e le impronte digitali che desideri generare dall'elenco di selezione del metodo.
- Fare clic sul pulsante "OK" per generare le funzionalità selezionate.
- Fare clic sul pulsante Chiudi.
Come utilizzare questo componente aggiuntivo
Questo componente aggiuntivo per l'informatica dei materiali e l'informatica chimica. Questo componente aggiuntivo utilizza un RDKit ( https://www.rdkit.org/ ) per calcolare questi descrittori da SMILES. I descrittori calcolati possono essere utilizzati come variabili di funzionalità nel modello di previsione.
Ecco cosa puoi fare:
- Generare descrittori molecolari
- Genera un'impronta digitale
- Disegna le molecole
- Descrittori di preelaborazione da utilizzare nei modelli predittivi
È necessario installare RDKit prima di utilizzare questo componente aggiuntivo.
- Selezionare File > Nuovo > Script JSL
- Inserisci lo script seguente e seleziona Modifica > Esegui script (è richiesto JMP 18)
Python Install Packages("numpy pandas rdkit");
- Selezionare Componenti aggiuntivi > Toolkit per l'informatica dei materiali > Calcolo del descrittore.
- Specificare la colonna in cui viene inserito SMILES come "Y,SMILES". Controlla i descrittori e le impronte digitali che desideri generare dall'elenco delle selezioni del metodo.
Eccellente componente aggiuntivo @yuichi_katsumur ! La chimica è senza dubbio il ramo della scienza più popolare per JMP e tu ci hai appena fornito un facile accesso al pacchetto RDKit potente e ricco di funzionalità, rendendo QSAR in JMP molto più accessibile.
Le chiare istruzioni per l'installazione di RDKit in Python sono molto facili da seguire e apprezzano molto la simpatica utilità di controllo con output interessante.
I descrittori e tre tipi di impronte digitali sono ottimi input da utilizzare per analisi esplorative (ad esempio PCA, incorporamento multivariato, clustering gerarchico, screening della risposta) e modelli predittivi (ad esempio Fit Model, Neural, SVM, XGBoost, Torch).
I disegni delle molecole sono rapidi e creano etichette accattivanti nella tabella JMP.
L'editor JSME e le funzionalità di ricerca delle sottostrutture sono notevoli e rappresentano un bonus molto gradito.
L'attenzione ai dettagli in questo componente aggiuntivo è fantastica!:) <- SORRISO
