Qu'est-ce qui a inspiré cette demande de liste de souhaits ?
Lors du suivi des données cliniques, les cliniciens collectent de nombreux résultats de laboratoire. Vérifier si les événements indésirables (EI) ont été correctement signalés selon le grade CTCAE basé sur les valeurs de laboratoire, et recouper les EI et les laboratoires est une tâche très chronophage. À l’inverse, il existe des cas où des EI sont signalés, mais les valeurs de laboratoire correspondantes ne sont pas signalées ou sont normales. Par conséquent, il serait très utile de disposer d’un rapport permettant de recouper ces éléments pendant le processus de surveillance des données cliniques.
Veuillez décrire la fonctionnalité ou la solution nouvelle ou améliorée que vous souhaiteriez voir.
comme ci-dessus
Quelle serait la valeur pour vous et/ou pour les autres utilisateurs si cette nouvelle fonctionnalité était fournie ?
Gain de temps pour nettoyer la surveillance des données, garantir l'intégrité des données
S'agit-il d'une demande d'un client externe ?
Non, ce sont les besoins issus de mon expérience dans l'industrie
Existe-t-il un progiciel concurrent doté de cette fonctionnalité ou de cette solution dont nous devrions être conscients ?
Je ne sais pas. quand j'étais dans le secteur pharmaceutique, c'était une tâche de programmation très SAS et de révision très manuelle.
Cela aura-t-il un impact sur le renouvellement, l'expansion ou l'adoption chez un client, et cela met-il un compte en danger si nous ne résolvons pas ce problème ?
@andreacoombs1 et moi avons déjà vu cette demande. Nous avons créé un script brut/un rapport clinique JMP pour faire quelque chose comme ceci. Je pense que c'est BMS qui a également demandé ce rapport.
/*
Authors:
Andrea Coombs and Chris Kirchberg, JMP Statistical Discovery, LLC
Subject:
CTC Grade Adjudication Report based on DM, AE and LB domain data
ADaM version has yet to be confirmed
Summary:
Original Date of Creation:
May 5th, 2023
Original JMP Clinical Target Version:
17.2
Updated:
May 5th, 2023
Current Report Version:
1.1
Current JMP Clinical Target Version:
17.2
*/
Names Default To Here( 1 );
/*
Define the report to the report selector with the following attributes:
label, reportSelectorTab, drillDown, cdiscClass, icon and documentation
*/
processNS:label = "CTC Grade Adjudication";
processNS:reportSelectorTab = 1;
processNS:drillDown = 0;
processNS:cdiscClass = locale:get( "OtherEvents_Text" );
processNS:icon = "/install/clinical/documentation/icons/clinical/bar_chart_16p.png"; //Location/path for custom icon
processNS:documentation = jg:getReportHelpPath(); //Place holder for location of documentation/Help
//This will be called at report selection time to see if the report is supported
//The objRefNS object does not exist yet
//Definging required domains and variables
processNS:requirements = ["AE" => {{"USUBJID", "AEBODSYS", "AETOXGR", "AESTDY", "AEENDY", "AETERM"}, {"_ALL_"}}, "LB" => {{"USUBJID", "LBTEST",
"LBSTRESN", "LBDY"}, {"_ALL_"}}];
//Function to run report when adding report to review template with main code inside
processNS:runReport = Function( {},
{Default Local},
//Required to use loadData,....
Include( Convert File Path( "$CLINICAL_HOME/JSLFiles/DataPrep.JSL", absolute, windows ) );
//Get/load AE and LBdomain and set a reference to it.
objRefNS:aeDT = loadData( "AE" );
objRefNS:lbDT = loadData( "LB" );
// Clear row selection
objRefNS:aeDT << Clear Select;
// Subset data table
// → Data Table( "Subset of ae" )
objRefNS:subAEDT = objRefNS:aeDT << Select Where( :AEBODSYS == "BLOOD AND LYMPHATIC SYSTEM DISORDERS" | :AEBODSYS == "INVESTIGATIONS" ) <<
Subset( Invisible, Selected Rows( 1 ), Selected columns only( 0 ) );
// Close Data Table: ae
Close( objRefNS:aeDT, NoSave );
// Subset data table
// → Data Table( "Subset of lb" )
objRefNS:subLBDT = objRefNS:lbDT << Select Where( :LBTEST == "Hemoglobin" | :LBTEST == "Platelet" ) << Subset(
Invisible,
Selected Rows( 1 ),
Selected columns only( 0 )
);
// Close Data Table: lbx
Close( objRefNS:lbDT, NoSave );
// Split data table
// → Data Table( "Split LB" )
objRefNS:splitLBDT = objRefNS:subLBDT << Split(
Split By( :LBTEST ),
Split( :LBSTRESN ),
Group( :USUBJID, :LBDY ),
Output Table( "Split LB" ),
Remaining Columns( Drop All ),
Sort by Column Property,
Invisible
);
// Close Data Table: Subset of lb
Close( objRefNS:subLBDT, NoSave );
// New column: CTC Grade
objRefNS:splitLBDT << New Column( "CTC Grade",
Character,
"Nominal",
Formula(
If( !Is Missing( :Hemoglobin ) & !Is Missing( :Platelet ),
If(
:Hemoglobin > 17 | :Platelet > 600, 3,
15 < :Hemoglobin <= 17 | 400 < :Platelet <= 600, 2,
1
),
If( !Is Missing( :Hemoglobin ),
If(
:Hemoglobin > 17, 3,
15 < :Hemoglobin <= 17, 2,
1
),
If(
:Platelet > 600, 3,
400 < :Platelet <= 600, 2,
1
)
)
)
)
);
// Change column name: AETOXGR → CTC Grade
objRefNS:subAEDT:AETOXGR << Set Name( "CTC Grade" );
// Concatenate tables
// → Data Table( "CTC Grade Judication" )
objRefNS:ctcGrdAdDT = objRefNS:subAEDT << Concatenate( Invisible, objRefNS:splitLBDT, Output Table( "CTC Grade Adjudication" ) );
// Close Data Table: split of subset of lb
Close( objRefNS:splitLBDT, NoSave );
// Close Data Table: subset of ae
Close( objRefNS:subAEDT, NoSave );
//Link demography data to CTC Grade Adjudication table
report:linkAnalysisTableToADSLTable( objRefNS:ctcGrdAdDT );
processNS:setReportOutput(
objRefNS:resultsContainer = V List Box(
//Events Counts vs. Hypo ADA Classification
objRefNS:outBox1 = Outline Box( "Results",
// Report snapshot: CTC Grade Adjudication - Graph Builder
objRefNS:gb1 = objRefNS:ctcGrdAdDT << Graph Builder(
Size( 518, 714 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :AESTDY ),
X( :AEENDY, Position( 1 ) ),
X( :LBDY, Position( 1 ) ),
Y( :AETERM ),
Y( :Hemoglobin ),
Y( :Platelet ),
Color( :CTC Grade )
),
Elements( Position( 1, 1 ), Points( X( 1 ), X( 2 ), Y, Legend( 23 ) ) ),
Elements( Position( 1, 2 ), Line( X( 3 ), Y, Legend( 27 ) ), Points( X( 3 ), Y, Legend( 29 ) ) ),
Elements( Position( 1, 3 ), Line( X( 3 ), Y, Legend( 26 ) ), Points( X( 3 ), Y, Legend( 28 ) ) ),
/* Local Data Filter(
Add Filter( columns( :USUBJID ), Where( :USUBJID == "21031" ), Display( :USUBJID, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) ) )
),*/
SendToReport(
Dispatch(
{},
"400",
ScaleBox,
{Legend Model(
23,
Properties( 0, {Line Color( 4 )}, Item ID( "1", 1 ) ),
Properties( 1, {Line Color( 9 )}, Item ID( "2", 1 ) ),
Properties( 2, {Marker( "Filled Right Triangle" )}, Item ID( "AESTDY", 1 ) ),
Properties( 3, {Marker( "Filled Left Triangle" )}, Item ID( "AEENDY", 1 ) ),
Properties( -1, {Line Color( 3 )}, Item ID( "3", 1 ) )
), Legend Model(
27,
Properties( 0, {Line Color( 32 )}, Item ID( "1", 1 ) ),
Properties( 1, {Line Color( 32 )}, Item ID( "2", 1 ) ),
Properties( -1, {Line Color( 32 )}, Item ID( "3", 1 ) )
), Legend Model(
29,
Base( 0, 0, 0, Item ID( "1", 1 ) ),
Base( 1, 0, 1, Item ID( "2", 1 ) ),
Properties( 0, {Line Color( 4 )}, Item ID( "1", 1 ) ),
Properties( 1, {Line Color( 9 )}, Item ID( "2", 1 ) ),
Base( -1, 0, 2, Item ID( "3", 1 ) ),
Properties( -1, {Line Color( 3 )}, Item ID( "3", 1 ) )
), Legend Model(
26,
Base( 0, 0, 0, Item ID( "1", 1 ) ),
Base( 1, 0, 1, Item ID( "2", 1 ) ),
Properties( 0, {Line Color( 32 )}, Item ID( "1", 1 ) ),
Properties( 1, {Line Color( 32 )}, Item ID( "2", 1 ) ),
Base( -1, 0, 2, Item ID( "3", 1 ) ),
Properties( -1, {Line Color( 32 )}, Item ID( "3", 1 ) )
), Legend Model(
28,
Base( 0, 0, 0, Item ID( "1", 1 ) ),
Base( 1, 0, 1, Item ID( "2", 1 ) ),
Properties( 0, {Line Color( 4 )}, Item ID( "1", 1 ) ),
Properties( 1, {Line Color( 9 )}, Item ID( "2", 1 ) ),
Base( -1, 0, 2, Item ID( "3", 1 ) ),
Properties( -1, {Line Color( 3 )}, Item ID( "3", 1 ) )
)}
),
Dispatch(
{},
"400",
LegendBox,
{Legend Position( {23, [0, 1, 2, 3], 27, [-1, -1], 29, [-1, -1], 26, [-1, -1], 28, [-1, -1]} )}
)
)
)
)
)
);
//Display data tables created or used in this report
processNS:addDataTableReference( "CTC Grade Adjudication Table", "objRefNS:ctcGrdAdDT" );
);
// return code
0;
