À propos de ce complément
Il s'agit d'un complément pour l'informatique des matériaux (IM) et la chimioinformatique. L'informatique des matériaux est une initiative qui utilise les technologies des sciences de l'information telles que l'apprentissage automatique pour rendre le développement et l'exploration des matériaux plus efficaces.
Le défi lorsqu’on traite des molécules à l’aide de l’apprentissage automatique est de savoir comment convertir les molécules en valeurs numériques pouvant être interprétées par des ordinateurs. Une solution est la « prise d’empreintes digitales ». Il s’agit d’une représentation numérique des caractéristiques structurelles d’un composé, également appelée quantité de caractéristiques. Divers descripteurs ont été proposés pour ces fonctionnalités.
Ce complément vous permet de calculer ces descripteurs à partir de SMILES à l'aide d'une bibliothèque appelée RDKit. Les descripteurs calculés peuvent être utilisés comme variables explicatives dans les modèles prédictifs.
Avec ce complément, vous pouvez :
- Générer des descripteurs moléculaires
- Générer une empreinte digitale
- dessin de molécule
- Prétraitement pour l'utilisation de descripteurs dans les modèles prédictifs
Pour plus d’informations sur RDKit, veuillez consulter la page suivante.
https://www.rdkit.org/
Configuration requise
- JMP 18 et versions ultérieures
- La langue d'affichage est uniquement l'anglais et le japonais
- Système d'exploitation Windows
- Les packages Python suivants sont installés
- KitRD
- Numpy
- Pandas
Préparation à l'avance
Installation de RDKit
- Sélectionnez [Fichier] > [Nouveau] > [Script JSL]
- Entrez le script ci-dessous et sélectionnez Modifier > Exécuter le script
Python Install Packages("numpy pandas rdkit");
Comment utiliser
Génération de descripteurs moléculaires/empreintes digitales
- Sélectionnez Compléments > Toolkit for Materials Informatics > Calcul du descripteur.
- Spécifiez la colonne contenant SMILES comme "Y,SMILES". Vérifiez les descripteurs et les empreintes digitales que vous souhaitez générer dans la liste de sélection des méthodes.
- Cliquez sur le bouton "OK" pour générer les fonctionnalités sélectionnées.
- Cliquez sur le bouton Fermer.
Comment utiliser ce complément
Ce complément pour l'informatique des matériaux et l'informatique chimique. Ce complément utilise un RDKit( https://www.rdkit.org/ ) pour calculer ces descripteurs à partir de SMILES. Les descripteurs calculés peuvent être utilisés comme variables de caractéristiques dans le modèle de prédiction.
Voici ce que vous pouvez faire :
- Générer des descripteurs moléculaires
- Générer une empreinte digitale
- Dessiner des molécules
- Descripteurs de prétraitement à utiliser dans les modèles prédictifs
Vous devez installer RDKit avant d'utiliser ce complément.
- Sélectionnez Fichier > Nouveau > Script JSL
- Entrez le script ci-dessous et sélectionnez Modifier > Exécuter le script (JMP 18 requis)
Python Install Packages("numpy pandas rdkit");
- Sélectionnez Compléments > Toolkit for Materials Informatics > Calcul du descripteur.
- Spécifiez la colonne dans laquelle SMILES est saisi comme "Y,SMILES". Vérifiez les descripteurs et les empreintes digitales que vous souhaitez générer dans la liste des sélections de méthodes.
Excellent complément @yuichi_katsumur ! La chimie est sans doute la branche scientifique la plus populaire pour JMP et vous venez de nous fournir un accès facile au package RDKit puissant et riche en fonctionnalités, rendant QSAR dans JMP beaucoup plus accessible.
Les instructions claires pour installer RDKit en Python sont très faciles à suivre et apprécient vraiment le bel utilitaire de vérification avec une sortie attrayante.
Les descripteurs et les trois types d'empreintes digitales sont d'excellents éléments à utiliser pour les analyses exploratoires (par exemple PCA, intégration multivariée, regroupement hiérarchique, filtrage des réponses) et la modélisation prédictive (par exemple Fit Model, Neural, SVM, XGBoost, Torch).
Les dessins de molécules sont rapides et créent des étiquettes convaincantes dans le tableau JMP.
L'éditeur JSME et les capacités de recherche de sous-structure sont remarquables et constituent un bonus très bienvenu.
L’attention portée aux détails dans ce complément est formidable !:) <- SOURIRE
