使用 JMP 進行代謝組學資料分析的資源或教學課程？有人對在 JMP 中處理常見代謝組學資料分析的資源（教學、網站、書籍、論文等）有推薦嗎？
進階統計建模分享和交流成果視窗回覆：使用 JMP 進行代謝組學資料分析的資源或教學課程？你好，
您是否需要協助分析質譜圖譜（高度專業化，可能在 JMP 中不實用）或代謝物相對或絕對量的大型表格？在後一種情況下，代謝組數據可以被視為任何其他組學（轉錄組學、蛋白質組學）數據，並用於回歸模型、相關性或更高級的模型。
讓我們知道你需要什麼。
最好的，
TS
回覆：使用 JMP 進行代謝組學資料分析的資源或教學課程？是的，有大量具有峰值強度或峰值面積的代謝物表。我對資料清理、片段識別、歸一化等之後的統計方法更感興趣。
回覆：使用 JMP 進行代謝組學資料分析的資源或教學課程？你好，
代謝組學數據可以（並且應該）像任何其他組學數據一樣進行分析。有關蛋白質體學和轉錄組學數據分析的文章應該適用（抱歉，我沒有具體的例子可以分享）。根據您對 JMP 的熟悉程度，以下內容可能太簡單或太複雜。
- 首先，您可能需要以對數格式轉換峰值下的強度/面積。
- 當使用對數轉換資料時，條件和參考條件之間的相對倍數變化可以計算為它們之間的差異。請注意，高數據格式（所有數據堆疊）可以加速此基本計算。
- 圖形產生器熱圖顯示對於顯示整體趨勢非常有用，但請注意，非常大的資料集（例如，主要資料）可能會導致圖形產生器應用程式停止運作。
- 您可能希望使用主成分分析來探索數據，以評估數據中是否存在可能表明批次效應或其他主導趨勢的明顯群組。
- 在分析方面，我傾向於使用一些 JSL 編碼的 Fit 模型來迭代不同的分析物。在這種情況下，優選寬資料格式，其中案例/條件位於行中，分析物位於列中。
考慮到分析的可能性的廣度，為您的問題提出直接的解決方案是相當具有挑戰性的。我建議編寫一份分析計劃來定義您的問題（例如，哪些代謝物在條件 A 和 B 之間進行差異調節），然後尋求這些分析的具體幫助。
最好的，
TS
