¿Recursos o tutoriales para el análisis de datos metabolómicos utilizando JMP?¿Alguien tiene recomendaciones de recursos (tutoriales, sitios web, libros, artículos, etc.) relacionados con el análisis de datos metabolómicos comunes en JMP?
Modelado estadístico avanzadoCompartir y comunicar resultadosventanasRe: ¿Recursos o tutoriales para el análisis de datos metabolómicos utilizando JMP?Hola,
¿Necesita ayuda para analizar espectros de espectrometría de masas (altamente especializados, probablemente no prácticos en JMP) o con tablas grandes de cantidades relativas o absolutas de metabolitos? En el último caso, los datos metabolómicos pueden tratarse como cualquier otro dato -ómico (transcriptómico, proteómico) y usarse en modelos de regresión, correlación o modelos más avanzados.
Háganos saber lo que necesita.
Mejor,
TS
Re: ¿Recursos o tutoriales para el análisis de datos metabolómicos utilizando JMP?Sí, con grandes tablas de matabolitos con intensidades de pico o áreas de pico. Estoy más interesado en los métodos estadísticos posteriores a la limpieza de datos, identificación de fragmentos, normalización, etc. ¡Gracias!
Re: ¿Recursos o tutoriales para el análisis de datos metabolómicos utilizando JMP?Hola,
Los datos metabolómicos pueden (y deben) analizarse como cualquier otro dato ómico. Los artículos sobre análisis de datos proteómicos y transcriptómicos deberían ser aplicables (lo siento, no tengo ejemplos específicos para compartir). Dependiendo de su nivel de comodidad con JMP, lo siguiente puede ser demasiado simple o demasiado complejo.
- Para comenzar, es posible que necesites transformar tus intensidades/Área bajo el formato Pico en Registro.
- Cuando se trabaja con datos transformados logarítmicamente, los cambios relativos entre condiciones y una condición de referencia se pueden calcular como la diferencia entre ellas. Tenga en cuenta que un formato de datos alto (todos los datos apilados) puede acelerar este cálculo básico.
- La visualización del mapa de calor de Graph Builder puede ser útil para mostrar tendencias generales, pero tenga en cuenta que conjuntos de datos muy grandes (por ejemplo, datos primarios) pueden bloquear la aplicación Graph Builder.
- Es posible que desee explorar los datos utilizando el Análisis de componentes principales para evaluar si hay grupos obvios en los datos que puedan indicar efectos por lotes u otras tendencias dominantes.
- En términos de análisis, tiendo a utilizar el modelo Fit con algo de codificación JSL para iterar entre los diferentes analitos. En este caso, es preferible un formato de datos amplio donde los casos/condiciones estén en filas y los analitos en columnas.
Considerando la amplitud de posibilidades en cuanto a análisis, proponer soluciones directas a su problema es bastante desafiante. Recomiendo escribir un plan de análisis para definir sus preguntas (por ejemplo, qué metabolitos se modulan diferencialmente entre las condiciones A y 
y luego buscar ayuda específica con esos análisis.
Mejor,
TS
