使用 JMP 进行代谢组学数据分析的资源或教程？有没有人推荐一些有关 JMP 中常见代谢组学数据分析的资源（教程、网站、书籍、论文等）？
高级统计建模分享和交流结果视窗回复：使用 JMP 进行代谢组学数据分析的资源或教程？你好，
您是否需要帮助分析质谱图（高度专业化，可能在 JMP 中不实用）或大量代谢物相对或绝对量表？在后一种情况下，代谢组学数据可以视为任何其他组学（转录组学、蛋白质组学）数据，并用于回归模型、相关性或更高级的模型。
让我们知道你需要什么。
最好的，
TS
回复：使用 JMP 进行代谢组学数据分析的资源或教程？是的，有大量的代谢物表，包括峰强度或峰面积。我对数据清理、片段识别、标准化等之后的统计方法更感兴趣。谢谢！
回复：使用 JMP 进行代谢组学数据分析的资源或教程？你好，
代谢组学数据可以（也应该）像任何其他组学数据一样进行分析。关于蛋白质组学和转录组学数据分析的文章应该适用（抱歉，我没有具体的例子可以分享）。根据您对 JMP 的熟悉程度，以下内容可能太简单或太复杂。
- 首先，您可能需要将峰值下的强度/面积转换为对数格式。
- 使用对数转换数据时，可以将条件和参考条件之间的相对倍数变化计算为两者之间的差值。请注意，高数据格式（所有数据堆叠）可以加快此基本计算的速度。
- 图形生成器热图显示对于展示总体趋势很有用，但请注意，非常大的数据集（例如，原始数据）可能会阻碍图形生成器应用程序的运行。
- 您可能希望使用主成分分析探索数据，以评估数据中是否存在明显的群体，这些群体可能表明批次效应或其他主要趋势。
- 在分析方面，我倾向于使用 Fit 模型和一些 JSL 编码来迭代不同的分析物。在这种情况下，最好使用宽数据格式，其中案例/条件在行中，分析物在列中。
考虑到分析的可能性范围，提出问题的直接解决方案相当具有挑战性。我建议编写一个分析计划来定义您的问题（例如，哪些代谢物在条件 A 和 B 之间有差异调节），然后寻求针对这些分析的具体帮助。
最好的，
TS
