JMP를 사용한 대사체학 데이터 분석을 위한 리소스나 튜토리얼이 있습니까?JMP에서 일반적인 대사체학 데이터 분석을 다루는 리소스(자습서, 웹사이트, 서적, 논문 등)에 대한 권장 사항이 있는 사람이 있습니까?
고급 통계 모델링결과 공유 및 전달윈도우Re: JMP를 사용한 대사체학 데이터 분석을 위한 리소스나 튜토리얼이 있습니까?안녕,
질량 분석 스펙트럼(매우 전문적이며 JMP에서는 실용적이지 않음)을 분석하는 데 도움이 필요합니까? 또는 대사산물의 상대량 또는 절대량에 대한 대규모 표를 분석하는 데 도움이 필요합니까? 후자의 경우 대사체 데이터는 다른 모든 -omic(전사체, 단백질체) 데이터로 처리될 수 있으며 회귀 모델, 상관 관계 또는 고급 모델에 사용될 수 있습니다.
필요한 것이 무엇인지 알려주세요.
최상의,
TS
Re: JMP를 사용한 대사체학 데이터 분석을 위한 리소스나 튜토리얼이 있습니까?예, 최대 강도 또는 최대 면적이 있는 대사산물의 대규모 표가 있습니다. 데이터 정리, 단편 식별, 정규화 등 이후의 통계적 방법에 더 관심이 있습니다. 감사합니다!
Re: JMP를 사용한 대사체학 데이터 분석을 위한 리소스나 튜토리얼이 있나요?안녕,
대사체 데이터는 다른 오믹 데이터와 마찬가지로 분석될 수 있고 분석되어야 합니다. 단백질체학 및 전사체 데이터 분석에 관한 기사가 적용 가능해야 합니다(죄송하지만 공유할 구체적인 예가 없습니다). JMP에 얼마나 익숙한지에 따라 다음은 너무 단순할 수도 있고 너무 복잡할 수도 있습니다.
- 시작하려면 로그 형식의 피크에서 강도/면적을 변환해야 할 수도 있습니다.
- 로그 변환된 데이터로 작업할 때 조건과 참조 조건 간의 상대적 배수 변화는 이들 간의 차이로 계산될 수 있습니다. 큰 데이터 형식(모든 데이터가 누적됨)을 사용하면 이 기본 계산 속도가 빨라질 수 있습니다.
- 그래프 빌더 히트 맵 디스플레이는 전반적인 추세를 표시하는 데 유용할 수 있지만 매우 큰 데이터 세트(예: 기본 데이터)는 그래프 빌더 앱을 지연시킬 수 있다는 점에 유의하십시오.
- 데이터에 배치 효과나 기타 주요 추세를 나타낼 수 있는 명백한 그룹이 있는지 평가하기 위해 주성분 분석을 사용하여 데이터를 탐색할 수 있습니다.
- 분석 측면에서 저는 JSL 코딩과 함께 Fit 모델을 사용하여 다양한 분석물을 반복하는 경향이 있습니다. 이 경우 사례/조건이 행에 있고 분석물질이 열에 있는 넓은 데이터 형식이 바람직합니다.
분석과 관련된 가능성의 폭을 고려할 때 문제에 대한 직접적인 해결책을 제안하는 것은 다소 어렵습니다. 귀하의 질문을 정의하기 위한 분석 계획(예: 조건 A와 B 사이에서 어떤 대사산물이 차등적으로 조절되는지)을 작성한 다음 해당 분석에 대한 구체적인 도움을 구하는 것이 좋습니다.
최상의,
TS
