JMP を使用したメタボロミクス データ分析に関するリソースまたはチュートリアルはありますか?JMP での一般的なメタボロミクス データ分析を扱うリソース (チュートリアル、Web サイト、書籍、論文など) について、お勧めはありますか?
高度な統計モデリング結果の共有と伝達ウィンドウズRe: JMP を使用したメタボロミクス データ分析のためのリソースまたはチュートリアルはありますか?こんにちは、
質量分析スペクトルの分析（非常に特殊で、JMP では実用的ではない可能性が高い）や、代謝物の相対量または絶対量の大きな表の分析にサポートが必要ですか? 後者の場合、代謝データは他の -omic（トランスクリプトミクス、プロテオーム）データと同様に処理でき、回帰モデル、相関関係、またはより高度なモデルで使用できます。
何が必要かお知らせください。
最高、
TS
Re: JMP を使用したメタボロミクス データ分析のためのリソースまたはチュートリアルはありますか?はい、ピーク強度またはピーク面積を含む代謝物の大きなテーブルがあります。データのクリーンアップ、フラグメントの識別、正規化などの後の統計的手法にもっと興味があります。ありがとうございます!
Re: JMP を使用したメタボロミクス データ分析のためのリソースまたはチュートリアルはありますか?こんにちは、
メタボロミクス データは、他のオーミクス データと同様に分析できます (また、分析する必要があります)。プロテオームおよびトランスクリプトミクス データの分析に関する記事が参考になるはずです (申し訳ありませんが、具体的な例を挙げることはできません)。JMP の使い慣れ具合によっては、以下は単純すぎるか複雑すぎると感じるかもしれません。
- まず、ピークの強度/面積をログ形式に変換する必要がある場合があります。
- 対数変換されたデータを扱う場合、条件と参照条件間の相対的な倍数変化は、それらの差として計算できます。縦長のデータ形式 (すべてのデータを積み重ねたもの) を使用すると、この基本的な計算が高速化されることに注意してください。
- グラフ ビルダーのヒート マップ表示は全体的な傾向を示すのに役立ちますが、非常に大きなデータ セット (プライマリ データなど) はグラフ ビルダー アプリを停止させる可能性があることに注意してください。
- 主成分分析を使用してデータを調査して、データ内にバッチ効果やその他の主要な傾向を示す明らかなグループがあるかどうかを評価することもできます。
- 分析に関しては、私は Fit モデルを JSL コーディングとともに使用して、さまざまな分析対象を反復処理する傾向があります。この場合、ケース/条件が行にあり、分析対象が列にある、幅広いデータ形式が適しています。
分析に関する可能性の幅広さを考慮すると、問題に対する直接的な解決策を提案するのはかなり困難です。質問を定義する分析計画を作成し (例: 状態 A と状態 B の間でどの代謝物が異なって調節されるか)、それらの分析に関する具体的な支援を求めることをお勧めします。
最高、
TS
