Risorse o tutorial per l'analisi dei dati metabolomici utilizzando JMP?Qualcuno ha consigli sulle risorse (tutorial, siti Web, libri, documenti e così via) che trattano l'analisi comune dei dati metabolomici in JMP?
Modellazione statistica avanzataCondivisione e comunicazione dei risultatifinestreRi: Risorse o tutorial per l'analisi dei dati metabolomici utilizzando JMP?CIAO,
Hai bisogno di aiuto per analizzare gli spettri della spettrometria di massa (altamente specializzata, probabilmente non pratica in JMP) o con grandi tabelle di quantità relative o assolute di metaboliti? In quest'ultimo caso, i dati metabolomici possono essere trattati come qualsiasi altro dato -omico (trascrittomico, proteomico) e utilizzati in modelli di regressione, correlazione o modelli più avanzati.
Facci sapere cosa ti serve.
Migliore,
TS
Ri: Risorse o tutorial per l'analisi dei dati metabolomici utilizzando JMP?Sì, con grandi tabelle di mataboliti con intensità di picco o aree di picco. Sono più interessato ai metodi statistici dopo la pulizia dei dati, l'identificazione dei frammenti, la normalizzazione, ecc. Grazie!
Ri: Risorse o tutorial per l'analisi dei dati metabolomici utilizzando JMP?CIAO,
I dati metabolomici possono (e dovrebbero) essere analizzati come qualsiasi altro dato omico. Dovrebbero essere applicabili articoli sull'analisi dei dati proteomici e trascrittomici (mi spiace, non ho esempi specifici da condividere). A seconda del livello di dimestichezza con JMP, quanto segue potrebbe essere troppo semplice o troppo complesso.
- Per iniziare, potrebbe essere necessario trasformare le tue intensità/Area nel formato Picco in Log.
- Quando si lavora con dati trasformati in log, le modifiche relative alla piega tra le condizioni e una condizione di riferimento possono essere calcolate come la differenza tra queste. Tieni presente che un formato dati lungo (tutti i dati impilati) può accelerare questo calcolo di base.
- La visualizzazione della mappa termica del Costruttore di grafici può essere utile per mostrare le tendenze generali, ma tieni presente che set di dati molto grandi (ad esempio, dati primari) possono bloccare l'app Costruttore di grafici.
- Potresti voler esplorare i dati utilizzando l'analisi delle componenti principali per valutare se ci sono gruppi evidenti nei dati che potrebbero indicare effetti batch o altre tendenze dominanti.
- In termini di analisi, tendo a utilizzare il modello Fit con qualche codifica JSL per eseguire l'iterazione tra i diversi analiti. In questo caso, è preferibile un formato dati ampio in cui i casi/condizioni sono in righe e gli analiti in colonne.
Considerando l’ampiezza delle possibilità di analisi, proporre soluzioni dirette al tuo problema è piuttosto impegnativo. Consiglio di scrivere un piano di analisi per definire le tue domande (ad esempio, quali metaboliti sono modulati in modo differenziale tra le condizioni A e 
e quindi cercare un aiuto specifico con tali analisi.
Migliore,
TS
