Ressourcen oder Tutorials zur Metabolomik-Datenanalyse mit JMP?Hat jemand Empfehlungen für Ressourcen (Tutorials, Websites, Bücher, Artikel usw.) zur allgemeinen Metabolomik-Datenanalyse in JMP?
Erweiterte statistische ModellierungErgebnisse teilen und kommunizierenWindowsBetreff: Ressourcen oder Tutorials zur Metabolomik-Datenanalyse mit JMP?Hallo,
Benötigen Sie Hilfe bei der Analyse von Massenspektrometrie-Spektren (hochspezialisiert, wahrscheinlich nicht praktikabel in JMP) oder bei großen Tabellen mit relativen oder absoluten Mengen von Metaboliten? Im letzteren Fall können die metabolomischen Daten wie alle anderen -omischen (transkriptomischen, proteomischen) Daten behandelt und in Regressionsmodellen, Korrelationen oder fortgeschritteneren Modellen verwendet werden.
Teilen Sie uns mit, was Sie benötigen.
Am besten,
TS
Betreff: Ressourcen oder Tutorials zur Metabolomik-Datenanalyse mit JMP?Ja, mit großen Tabellen von Metaboliten mit Spitzenintensitäten oder Spitzenflächen. Mich interessieren mehr die statistischen Methoden nach Datenbereinigung, Fragmentidentifizierung, Normalisierung usw. Danke!
Betreff: Ressourcen oder Tutorials zur Metabolomik-Datenanalyse mit JMP?Hallo,
Metabolomische Daten können (und sollten) wie alle anderen omikbasierten Daten analysiert werden. Artikel über proteomische und transkriptomische Datenanalysen sollten anwendbar sein (leider habe ich keine konkreten Beispiele, die ich nennen könnte). Je nachdem, wie gut Sie mit JMP vertraut sind, kann das Folgende zu einfach oder zu komplex sein.
- Zu Beginn müssen Sie möglicherweise Ihre Intensitäten/Fläche unter dem Peak in das Log-Format umwandeln.
- Beim Arbeiten mit logarithmisch transformierten Daten können die relativen Faltungsänderungen zwischen Bedingungen und einer Referenzbedingung als Differenz zwischen diesen berechnet werden. Beachten Sie, dass ein hohes Datenformat (alle Daten gestapelt) diese grundlegende Berechnung beschleunigen kann.
- Die Heatmap-Anzeige des Graph Builders kann hilfreich sein, um allgemeine Trends anzuzeigen. Beachten Sie jedoch, dass sehr große Datensätze (z. B. Primärdaten) die Graph Builder-App verlangsamen können.
- Möglicherweise möchten Sie die Daten mithilfe der Hauptkomponentenanalyse untersuchen, um zu ermitteln, ob die Daten offensichtliche Gruppen aufweisen, die auf Batch-Effekte oder andere dominante Trends hinweisen könnten.
- Bei Analysen neige ich dazu, das Fit-Modell mit etwas JSL-Codierung zu verwenden, um über die verschiedenen Analyten zu iterieren. In diesem Fall ist ein breites Datenformat vorzuziehen, bei dem die Fälle/Bedingungen in Zeilen und die Analyten in Spalten stehen.
Angesichts der Vielzahl von Analysemöglichkeiten ist es ziemlich schwierig, direkte Lösungen für Ihr Problem vorzuschlagen. Ich empfehle, einen Analyseplan zu schreiben, um Ihre Fragen zu definieren (z. B. welche Metaboliten zwischen Zustand A und B unterschiedlich moduliert werden) und dann spezifische Hilfe bei diesen Analysen zu suchen.
Am besten,
TS
