Ressources ou tutoriels pour l'analyse de données métabolomique à l'aide de JMP ?Quelqu'un a-t-il des recommandations de ressources (tutoriels, sites Web, livres, articles, etc.) traitant de l'analyse de données métabolomique courante dans JMP ?
Modélisation statistique avancéePartager et communiquer les résultatsles fenêtresRe : Ressources ou tutoriels pour l'analyse des données métabolomique à l'aide de JMP ?Salut,
Avez-vous besoin d'aide pour analyser les spectres de spectrométrie de masse (hautement spécialisés, probablement peu pratiques dans JMP) ou avec de grands tableaux de quantités relatives ou absolues de métabolites ? Dans ce dernier cas, les données métabolomiques peuvent être traitées comme toute autre donnée -omique (transcriptomique, protéomique) et utilisées dans des modèles de régression, de corrélation ou des modèles plus avancés.
Faites-nous savoir ce dont vous avez besoin.
Meilleur,
TS
Re : Ressources ou tutoriels pour l'analyse de données métabolomique à l'aide de JMP ?Oui, avec de grands tableaux de matabolites avec des intensités ou des zones de pic. Je suis plus intéressé par les méthodes statistiques après nettoyage des données, identification des fragments, normalisation, etc. Merci !
Re : Ressources ou tutoriels pour l'analyse de données métabolomique à l'aide de JMP ?Salut,
Les données métabolomiques peuvent (et doivent) être analysées comme toute autre donnée omique. Les articles sur les analyses de données protéomiques et transcriptomiques devraient être applicables (désolé, je n'ai pas d'exemples spécifiques à partager). Selon votre niveau de confort avec JMP, les éléments suivants peuvent être trop simples ou trop complexes.
- Pour commencer, vous devrez peut-être transformer vos intensités/Zone sous le format Peak au format Log.
- Lorsque vous travaillez avec des données transformées en log, le pli relatif change entre les conditions et une condition de référence peut être calculée comme la différence entre celles-ci. Notez qu'un format de données grand (toutes les données empilées) peut accélérer ce calcul de base.
- L'affichage de la carte thermique de Graph Builder peut être utile pour afficher les tendances globales, mais sachez que de très grands ensembles de données (par exemple, des données primaires) peuvent bloquer l'application Graph Builder.
- Vous souhaiterez peut-être explorer les données à l'aide de l'analyse en composantes principales pour évaluer s'il existe des groupes évidents dans les données qui peuvent indiquer des effets de lot ou d'autres tendances dominantes.
- En termes d'analyses, j'ai tendance à utiliser le modèle Fit avec du codage JSL pour parcourir les différents analytes. Dans ce cas, un format de données large est préférable, dans lequel les cas/conditions sont en lignes et les analytes en colonnes.
Compte tenu de l’étendue des possibilités en matière d’analyses, proposer des solutions directes à votre problème est plutôt un défi. Je recommande de rédiger un plan d'analyse pour définir vos questions (par exemple, quels métabolites sont modulés différentiellement entre les conditions A et 
, puis de demander une aide spécifique pour ces analyses.
Meilleur,
TS
