来自希望在运行效力测试之前进行 logit 函数转换的客户的生物测定数据大家好，
我有一位客户试图模仿下面所附的使用 Combistats 软件制作的报告，对剂量反应数据（总数中的死亡人数）执行效力、并行性分析等。请参阅所附数据表。
这里的问题是，在这份报告中，Y 是用 logit 函数转换的。我们如何在 JMP 中执行此操作？ JMP 能否与此报告中的结果匹配？
客户熟悉用于剂量反应拟合的拟合曲线中的逻辑回归。这里的问题是需要模仿报告并使用 logit 函数执行转换。
任何见解将不胜感激。
回复：来自希望在运行效力测试之前进行 logit 函数转换的客户的生物测定数据没有完整的答案，但它一定是某种调整后的逻辑，然后是标准方差分析和效力计算。比例上的朴素 logit 不起作用，因为 logit(0) 是无限的。在https://www.unistat.com/guide/bioassay-analysis-quantal-response-method/的第 10.3.3 节中找到了相同的数据和其他线索
回复：来自希望在运行效力测试之前进行 logit 函数转换的客户的生物测定数据右键单击比例并选择新列 Formula>specialty>logit 将给出所需的转换，但正如 Russ 所说，0 比例将给出 -inf 值（1 将给出 +inf 值），并将导致缺失值。在这种情况下，我看到人们使用广义线性模型（JMP 可以做到这一点），其中响应和总数在 y 中，剂量和样本在 x 中。然后用 logit 链接进行二项式分布。这里的问题是，没有方便的方法来测试并行性、效力等，并且您必须手动计算所有这些。
回复：来自希望在运行效力测试之前进行 logit 函数转换的客户的生物测定数据基于CombiStats 网页，他们使用欧洲药典作为分析的基础（分位数响应方法）。我在 2019 年 Discovery EU 上就此做了一次演讲，但主要关注相对效力的计算。尝试在 JMP 中重现这一点存在一些挑战。首先，您需要使用广义线性模型或广义回归来进行 Logit 拟合。您的输出将包括卡方统计数据，但不包括平方和和 F 检验。当我尝试使用演讲中的过程来执行此操作时，我无法匹配结果。我不确定他们所说的非线性是否与我使用的相同。他们使用 MLE 还是 LS？这有什么不同吗？用于收集数据的设计也会产生影响，我不确定我所说的是否与示例中的设计一致。
这不是我第一次看到 EP 5.3 的出现。我有兴趣收到@SamGardner的来信
回复：客户希望在进行效力测试之前进行逻辑函数转换，其生物测定数据这变成了一个有趣的小问题@yasmine_hajar感谢@DonMcCormack和@Chris_Kirchberg的评论。虽然我们处理这个问题的方式要好得多，也符合最佳的现代统计实践，但这不是原作者的观点。我记得多年来尝试重现其他软件包的结果时遇到过一些困难和令人沮丧的案例。
CombiStats 文档中的 ANOVA 表是老式的，具有经典的平方和等，但他们是如何计算的，这一点根本不清楚。文档似乎没有足够详细的说明他们的具体方法。我只是快速尝试了几种方法，包括使用 0.5 和其他几个值的连续性校正的对数、各种权重，甚至 GLMM 插件https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Generalized-Linear-Mixed-Model-Add-in/ta-p/284627 @MeichenDong在 @ElizabethClaassen 在 Fit Model（计算伪对数和权重）中实现它之前写道，但没有任何东西能与他们的 ANOVA 相匹配。
如果有人对数字/统计难题感兴趣，我相信可以根据他们的方差分析表的结果对他们用作 Y 的确切 8 个数字进行逆向工程，但我还没有尝试这样做。它将是一个非线性方程组，其中经典的方差分析公式用于平方和，8 个 Y 作为未知数。他们也有可能使用权重——文档提到使用逆方差，对于二项式来说，它将是 1/(n*p*(1-p))。
@yasmine_hajar想知道客户是否愿意联系 CombiStats 并询问有关示例 5.3.2 (Logits) 计算方式的详细信息，这表明他们希望独立重现结果。一旦我们看到，我相信我们可以以某种方式再现它。
