Dati del test biologico del cliente che desidera una trasformazione della funzione logit prima di eseguire il test di potenzaCiao gente,
Ho un cliente che sta cercando di imitare il rapporto allegato di seguito realizzato con il software combistats per eseguire analisi di potenza, parallelismo, ecc. Su dati dose-risposta (n. di decessi su n totale). Si prega di consultare la tabella dati allegata.
Il problema qui è che in questo rapporto la Y è stata trasformata con una funzione logit. Come possiamo eseguire questa operazione in JMP? JMP può corrispondere ai risultati trovati in questo rapporto?
Il cliente ha familiarità con la regressione logistica nella curva di adattamento utilizzata per l'adattamento dose-risposta. Il problema qui è la necessità di imitare il report ed eseguire una trasformazione con la funzione logit.
Qualsiasi intuizione sarebbe apprezzata.
Ri: Dati di analisi biologica del cliente che desidera una trasformazione della funzione logit prima di eseguire il test di potenzaNon ho la risposta completa ma deve essere una sorta di logit adattato e quindi ANOVA standard e calcoli di potenza. Il logit ingenuo sulle proporzioni non funziona perché logit(0) è infinito. Ho trovato gli stessi dati e indizi aggiuntivi nella Sezione 10.3.3 di https://www.unistat.com/guide/bioassay-analysis-quantal-response-method/
Ri: Dati di analisi biologica del cliente che desidera una trasformazione della funzione logit prima di eseguire il test di potenzaun clic con il tasto destro sulle proporzioni e scegliendo nuove colonne formula>specialità>logit fornirà la trasformazione necessaria, ma come affermato da Russ, 0 proporzioni forniranno valori -inf (e 1 fornirà valori +inf) e risulterà come un valore mancante. In questo caso ho visto persone utilizzare modelli lineari generalizzati (JMP può farlo) con risposta e totale in y, dose e campione in x. Quindi distribuzione binomiale con collegamento logit. Il problema qui è che non si hanno i metodi convenienti per testare il parallelismo, la potenza, ecc. e dovresti calcolarli tutti manualmente.
Ri: Dati di analisi biologica del cliente che desidera una trasformazione della funzione logit prima di eseguire il test di potenzaSulla base della pagina web CombiStats , utilizzano la Farmacopea Europea come base per la loro analisi (approccio delle risposte quantili). Ne ho parlato al Discovery EU 2019 , ma mi sono concentrato principalmente sul calcolo della potenza relativa. Ci sono alcune sfide nel provare a riprodurlo in JMP. Il primo è che dovresti utilizzare modelli lineari generalizzati o regressione generalizzata per adattare Logit. L'output includerà le statistiche del chi quadrato, ma non le somme dei quadrati e i test F. Quando ho provato a farlo utilizzando il processo del mio discorso, non sono riuscito a ottenere i risultati. Non sono sicuro che quello che chiamano non lineare sia lo stesso che ho usato. Stanno usando MLE o LS? Fa la differenza? Anche il design utilizzato per raccogliere i dati può fare la differenza e non sono sicuro che ciò di cui ho parlato sia coerente con il design dell'esempio.
Questa non è la prima volta che vedo uscire l'EP 5.3. Mi interesserebbe sentire @SamGardner
Ri: Dati di analisi biologica del cliente che desidera una trasformazione della funzione logit prima di eseguire il test di potenzaQuesto si sta rivelando un piccolo problema intrigante @yasmine_hajar Grazie per i commenti @DonMcCormack e @Chris_Kirchberg . Sebbene il modo in cui gestiamo questo problema sia molto migliore e in linea con le migliori pratiche statistiche moderne, non è questo il PO. Ricordo alcuni casi difficili e frustranti nel corso degli anni in cui cercavo di riprodurre risultati da altri pacchetti software.
La tabella ANOVA nel documento CombiStats è della vecchia scuola con le classiche somme dei quadrati ecc., ma non è affatto chiaro come l'abbiano calcolata. Il documento non sembra avere dettagli sufficienti sul loro approccio esatto. Ho provato rapidamente diverse cose, inclusi i logit utilizzando correzioni di continuità con 0,5 e alcuni altri valori, vari pesi e persino il componente aggiuntivo GLMM https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Generalized- Linear-Mixed-Model-Add-in/ta-p/284627 @MeichenDong ha scritto prima che @ElizabethClaassen lo implementasse in Fit Model (che calcola pseudo logit e pesi), ma nulla corrisponde al loro ANOVA.
Se qualcuno è interessato a un puzzle numerico/statistico, credo che sia possibile decodificare gli 8 numeri esatti che usano come Y in base ai risultati della loro tabella ANOVA, ma non ho provato a configurarlo. Sarebbe un sistema di equazioni non lineare con le classiche formule ANOVA per le somme dei quadrati e le 8 Y come incognite. C'è la possibilità che stiano usando anche i pesi: il documento menziona l'uso della varianza inversa, che per un binomio sarebbe 1/(n*p*(1-p)).
@yasmine_hajar Mi chiedo se il cliente sarebbe disposto a contattare CombiStats e chiedere dettagli su come viene calcolato esattamente l'Esempio 5.3.2 (Logit), indicando che vorrebbe riprodurre i risultati in modo indipendente. Una volta che lo vedremo, sono sicuro che potremo ripeterlo in qualche modo.
