Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestIch suche nach einem Skript, das automatisch eine Zusammenfassung/Pivottabelle mit Mittelwerten und p-Werten für paarweise T-Tests im Vergleich zu einer Referenzgruppe generiert. Ich verwende JMP 17.
In der folgenden Datentabelle gibt es Spalten für SubjectId, gemessenen BMI, gemessenen VO2max, Jahr und Referenz, um anzugeben, ob die Zeile eine SubjectID hat, die eine Referenz ist.
Ich habe manuell Übersichtstabellen (wie unten) mit Mittelwerten erstellt und dann manuell p-Werte für die einseitigen t-Tests ausgefüllt.
Ich interessiere mich insbesondere für die einseitigen p-Wert-Ergebnisse eines t-Tests zwischen jeder Subjekt-ID und der Referenz für jedes Jahr, um zu bestimmen, ob die Nicht-Referenz-Subjekt-ID einen höheren BMI oder VO2max als die Referenz-Subjekt-ID aufweist oder nicht. Bisher habe ich manuell einen gepoolten T-Test durchgeführt und den p-Wert und den Mittelwert in einer von mir erstellten Übersichtstabelle angegeben. Gibt es eine Möglichkeit, eine Liste eindeutiger Subjekt-IDs zu durchlaufen und eine Übersichtstabelle mit diesen Statistiken zu erstellen, die auf die mit JSL beschriebene Weise durchgeführt werden? Darüber hinaus wäre eine allgemeine Möglichkeit zum Hinzufügen zusammenfassender Statistiken (z. B. N für jede SubjectID für jede Analyse) hilfreich.
Automatisierung und SkripterstellungGrundlegende Datenanalyse und ModellierungBetreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestIch kann nicht herausfinden, was Sie mit den Werten in Ihrer Haupttabelle und der neuen Anzeige in Ihrer Berichtstabelle machen. Bitte beschreiben Sie detailliert die Schritte, die Sie zur Transformation der Daten unternehmen.
Betreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestHallo @LinkageBee996 ,
Ich stimme @txnelson zu, es ist schwer zu verstehen, wie Sie von Ihrer Hauptdatentabelle zu der Tabelle gelangen, die Sie manuell generieren. Für Ihren Zweck könnte es besser sein, Ihre Datentabelle neu anzuordnen und anders zu organisieren. Dies erfordert möglicherweise eine Aufteilung oder eine andere Zusammenführung der Daten als derzeit strukturiert.
Der Grund, warum ich dies erwähne, ist, dass Analysen manchmal mit einer BY-Gruppenvariablen durchgeführt werden können und die Analyseergebnisse dann einfach in einer größeren Datentabelle abgerufen werden können, indem man mit der rechten Maustaste auf eine Berichtstabelle klickt und „Kombinierte Datentabelle erstellen“ auswählt. Sie können sehen, ob dies möglicherweise für Sie funktioniert, indem Sie die Big Class.jmp-Beispieldaten verwenden und eine ANOVA-Anpassung von Y nach Damit die kombinierte Datentabelle funktioniert, verwenden Sie :age als BY-Variable. Führen Sie Ihren T-Test durch, klicken Sie dann mit der rechten Maustaste auf die gewünschte Statistiktabelle und wählen Sie „Kombinierte Datentabelle erstellen“.
Wenn Sie dies für den t-Test und auch für die Mittelwerte für Oneway Anova tun, können Sie diese Datentabellen dann zusammenführen, sodass Sie den Mittelwert jeder Gruppe zusammen mit dem p-Wert für den t-Test haben. Am Ende sollte es ungefähr so aussehen, was möglicherweise Ihren Vorstellungen entspricht.
Natürlich können Sie die generierten Skripte jederzeit in den Datentabellen speichern, um alles in einem einzigen Arbeitsskript zusammenzufassen – oder den Workflow Builder-Recorder verwenden, der das Skript für Sie schreiben kann, siehe hier .
Hoffe das hilft,
DS
Betreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestHallo @txnelson und @SDF1 , ich kann die Anfrage hoffentlich klären und den Umfang vielleicht etwas fokussieren. Ich arbeite mit @LinkageBee996 zusammen, also hat er mich gebeten, bei der Klärung zu helfen.
Der aktuelle Arbeitsablauf ist wie folgt:
1) Beginnen Sie mit der Datentabelle, die @LinkageBee996 freigegeben hat. Der Einfachheit halber werde ich die Jahresspalte ignorieren und mich nur auf den BMI konzentrieren.
2) Führen Sie einen einfachen T-Test mit zwei Stichproben durch und vergleichen Sie jede der Subjekt-IDs, die als Referenz mit „Nein“ gekennzeichnet sind, mit der Subjekt-ID (A1454), die als Referenz mit „Ja“ gekennzeichnet ist, für insgesamt 5 Vergleiche (es gibt). ein Grund, warum wir das machen, statt so etwas wie einen Dunnetts-Test durchzuführen). Wir tun dies derzeit einzeln, indem wir den lokalen Datenfilter in der Oneway-Plattform unter „Y nach X anpassen“ verwenden.
3) Derzeit werden die Ergebnisse des t-Tests (p-Werte usw.) dann manuell in eine leere Datei (CSV- oder JMP-Tabelle) übertragen. Da wir jeweils einen Test durchführen, ist die Verwendung der Funktion „In Datentabelle umwandeln“ nicht praktikabel, da Sie am Ende genauso viele Datentabellen erhalten wie Vergleiche und diese dann zu einer einzigen Datentabelle kombinieren müssten.
Wir möchten diesen Teil der Analyse automatisieren, der zukunftssicher für alle neuen Subjekt-IDs ist, die wir möglicherweise testen. Daher sollte das Skript (in welcher Reihenfolge auch immer am sinnvollsten) Folgendes tun. Folgendes ergibt in meinem Kopf Sinn, wenn ich ähnliche Analysen in Python und anderer Software durchführe:
1. Erstellen Sie eine Liste der „Nicht-Referenz“-IDs
2. Führen Sie für jede Nicht-Referenz-ID eine Einweganalyse und einen T-Test bei zwei Stichproben durch, indem Sie sie mit der Subjekt-ID vergleichen, die als „Ja“ für Referenz gekennzeichnet ist (und gehen wir davon aus, dass es immer genau eine davon gibt). diese)
3. Speichern Sie die Ergebnisse des t-Tests in einer Datentabelle. Eine Anmerkung hier: Die Standardformate „In Datentabelle erstellen“ und „Kombinierte Datentabelle erstellen“ speichern einige der Metadaten des Vergleichs nicht – z. B. wird dies Ihrer Spaltenüberschrift mitgeteilt (X ist die Betreff-ID, Y ist BMI), aber es sagt Ihnen nichts darüber aus, wie die beiden Werte für Wir möchten diese Informationen erfassen: Sie vergleichen zwei Dinge. Welche zwei Dinge vergleichen Sie?
4. Kombinieren Sie alle T-Test-Ergebnisse jedes Vergleichs im Datensatz in einer einzigen Datentabelle. Von da an wird es nur noch ein Datenmanipulationsproblem sein, das wir wahrscheinlich lösen können, um es in das Format zu bringen, das am nützlichsten ist
Wir hoffen, dass dies für mehr Klarheit sorgt. Lassen Sie uns wissen, wenn diesbezüglich noch Unklarheiten bestehen
Betreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestHallo @Moser_stefan und @LinkageBee996 ,
Ich verstehe besser, was Sie tun wollen. Hier ein paar Gedanken:
1. Aufgrund Ihrer Beschreibung denke ich immer noch, dass eine Umstrukturierung Ihrer Datentabelle von Vorteil sein könnte, damit Sie die BY-Variable in der ANOVA-Analyse und dann die Option „Kombinierte Datentabelle erstellen“ nutzen können. Es erfordert möglicherweise einige Überlegungen zur Neuformatierung Ihrer Datentabelle, aber ich denke, es könnte sich lohnen. Selbst wenn Sie am Ende viele Datentabellen haben, können Sie jederzeit einen Join durchführen. und kombinieren Sie sie am Ende in einer einzigen Datentabelle.
2. Ich halte es für eine tolle Idee, einen solchen Prozess zu automatisieren, insbesondere wenn die Analysen mit zukünftigen Datensätzen wiederholt werden sollen. In diesem Zusammenhang empfehle ich Ihnen dringend, sich die Zeit zu nehmen, die JSL-Codierung selbst zu erlernen. Jeder hat seine eigenen spezifischen Bedürfnisse, wenn es um solche Dinge geht, und wenn Sie JSL erlernen können, um Ihrem Unternehmen zu helfen, wird es Sie viel schneller voranbringen, als Sie sich vorstellen können. Das Erstellen von Skriptlösungen für JMP-Probleme erleichtert das Leben und verkürzt die Zeitspanne, bis Ergebnisse erzielt werden. Es gibt eine Menge guter Informationen, insbesondere im Online-Diskussionsforum, aber auch hier . Hier können Sie viele gute JMP-Dokumentationen herunterladen, einschließlich des neuesten Scripting Guide PDF. Außerdem gibt es den Skriptindex unter Hilfe > Skriptindex. Wie bereits erwähnt: Wenn Sie mit Codierung und Skripting noch nicht vertraut sind, sollten Sie die Verwendung des Workflow-Builders in Betracht ziehen, der das benötigte Skript für Sie generiert. Dennoch empfehle ich, es selbst zu erlernen, damit Sie mehr Kontrolle/Flexibilität bei der Codierung Ihrer Arbeit haben.
3. Ohne Ihre tatsächliche Datentabelle, mit der Sie arbeiten können (auch wenn diese zum Schutz vertraulicher Informationen anonymisiert ist), ist es sehr schwierig, ein Skript für jemand anderen zu erstellen, das generisch funktioniert – das gilt unter „allen“ Umständen (natürlich nichts). funktioniert wirklich immer unter allen möglichen Umständen, aber der Punkt bleibt – es verallgemeinerbar machen). Das Schreiben von Code für andere hängt stark von der Datentabelle ab, mit der Sie arbeiten, und von der Struktur der Daten innerhalb der Tabelle, da sich dadurch die Herangehensweise an die Analyse- und Gruppierungsergebnisse usw. ändert.
Ich weiß, dass dies nicht wirklich die Antwort ist, nach der Sie suchen, aber ich denke, wenn Sie etwas Zeit in die Umstrukturierung Ihrer Daten und/oder das Erlernen von JSL investieren, werden Sie feststellen, dass die Auszahlung den Aufwand bei weitem übersteigt.
Viel Glück!,
DS
Betreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestDanke für die Antwort @SDF1 . Der JSL-Weg macht Sinn, ich habe einige Erfahrung damit, bin aber sicherlich kein Experte, also eine gute Gelegenheit, unsere Fähigkeiten hier zu erweitern. Unabhängig davon ist es hilfreich, Ihre Sicht auf mögliche Wege zur Lösung dieses Problems zu haben, um zu sehen, welche Optionen es gibt.
Eine Sache, bei der ich mir schwer tue, herauszufinden, wie die Funktion „nach“ verwendet werden könnte – hauptsächlich, weil wir eine Gruppierung von Daten (den Referenzdatensatz) haben, die wir in jedem Vergleich wiederverwenden möchten, und eine Gruppierung (keine Referenzdaten). ), die „durch“ aufgeteilt werden sollte. Das funktioniert meiner Meinung nach nur, wenn wir den Referenzdatensatz für jeden Vergleich replizieren und ihm dann eine eindeutige Variable geben (z. B. eine „Vergleichs“-Spalte). Vielleicht würde das funktionieren ... wir müssen nur darüber nachdenken, ob die Replikation von Daten in der Rohdatentabelle andere Probleme oder Risiken mit sich bringt.
Nun, Sie haben uns auf jeden Fall einige Denkanstöße gegeben und ich schätze die Zeit, die Sie sich für die Antwort genommen haben. Wir werden die von uns vorgeschlagene Lösung auf jeden Fall weiterverfolgen.
Betreff: Generieren einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestHallo @Moser_stefan und @LinkageBee996 ,
Ich helfe gerne weiter. Und ich glaube, ich verstehe etwas besser, wie Ihre Daten strukturiert sind, warum die BY-Variable etwas schwierig wäre. Es würde wahrscheinlich eine erhebliche Umstrukturierung Ihrer Daten erfordern, damit das so funktioniert, wie ich es mir vorgestellt/beabsichtigt habe.
Stattdessen ist es möglicherweise besser, Teilmengen Ihrer Daten basierend auf der Spalte „Subjekt-ID“ zu verwenden und möglicherweise auch die Spalte „Referenz“ zu verwenden. Führen Sie dann Ihre T-Test-Analyse für jede Referenz- und Subjekt-ID der Teilmengendatentabellen durch. Verwenden Sie dann „In Datentabelle umwandeln“ und verknüpfen Sie dann die resultierenden Datentabellen basierend auf einer Spalte, zum Beispiel Spalte 1 im Ergebnis „In Datentabelle umwandeln“. Dies ist möglicherweise der schnellste Weg, um von Ihrem aktuellen Datenformat zu einer Lösung zu gelangen, ohne zu viel Zeit mit der Umstrukturierung Ihrer Daten verbringen zu müssen.
In diesem Zusammenhang habe ich eine Scheindatentabelle (im Anhang) mit einer Quellspalte (wie Ihrer Betreff-ID) und den verschiedenen Skripten erstellt. Sie können die Skripte untersuchen, indem Sie mit der rechten Maustaste klicken und „Bearbeiten“ auswählen. Sie können sie aber auch ausführen – führen Sie sie gruppiert nach Quelle A oder B aus und führen Sie dann das letzte Skript aus, das die beiden Datentabellen zu einer endgültigen Datentabelle zusammenfügt. Aus Ihrer Beschreibung geht hervor, dass Sie so etwas tun möchten. Zumindest werden Ihnen die Skripte hoffentlich helfen und Ihnen einen Ausgangspunkt geben, um auf Ihre spezifischen Bedürfnisse einzugehen.
Hoffe das hilft!,
DS
Betreff: Erstellen einer Übersichtstabelle mit p-Werten aus dem iterativen t-TestHallo @Moser_stefan ,
Ich freue mich zu hören, dass Sie die Datenerfassung und -analyse automatisieren konnten. Es ist immer eine große Hilfe, diese Art von Aufgaben zu erledigen, da es auf lange Sicht viel Zeit spart.
Gute Arbeit!,
DS
