JMP 學術網路研討會 - 使用 JMP Pro 進行基因組學研究
JMP Pro 17 標誌著 JMP 基因組數據分析方式的重大變革。它引入了用於遺傳標記分析和育種模擬的新平台，並對多個現有平台進行了最佳化，以處理大量、廣泛的數據集。與專業的 JMP Genomics 軟體不同，這些新功能直接內建在 JMP Pro 中，無需 SAS 後端。本次網路研討會將透過差異基因表現和全基因組關聯分析 (GWAS) 的案例研究，展示如何將 JMP Pro 應用於基因組學研究。
進階統計建模回覆：JMP 學術網路研討會 - 使用 JMP Pro 進行基因組學研究嗨@TimboK1 ，
感謝您觀看網路研討會。我會盡力回答你的問題。
- 在我的牛數據範例中，它沒有任何缺失數據，它們都是 0。我說錯了，稱它們為缺失值，就像真正的空白值一樣。如果它們是真正的缺失數據，那麼使用「表」選單下的「缺失資料模式」或「分析」>「篩選」>「探索缺失值」將是一個更好的開始。有許多用於缺失值的插補甚至聚類的選項。在您的情況下，您必須使用缺失值插補選項，或者如果缺失值確實為 0 或未測量/存在，則將其重新編碼為 0。這將導致一些有趣的差異以及對這些差異的信心。有時原始資料是 0，然後具有對數變換步驟的歸一化方法將導致這些值遺失。在這些情況下，通常使用偏移量（透過在轉換之前添加 1），因此最終轉換值仍然為 0，而不是真正的缺失值（測量樣本時出現問題）。
- 是的，我同意在這些情況下必須對群體進行細分。我更喜歡按組進行搜索，因為缺失或 0 的數量可能與特定組不成比例。添加按組選項會很好，但需要一些額外的編碼。我可以看看在 JSL 中執行此操作需要什麼，但是需要花一些時間來確定最佳方法（並為「按群組」列添加一些使用者介面選項）。
- 對於 JMP Pro 17 或 JMP Pro 18（3 月發布），目前無法實現此操作。我做了和你類似的事。我保存均值差異表（響應篩選中的紅色三角形並選擇保存表>保存均值差異），然後使用帶有本地資料過濾器的圖形生成器。我還將使用“行”>“行選擇”>“選擇位置”來選擇低於選擇閾值和差異閾值的行。然後，我使用“行”>“行選擇”>“將選擇命名為列”來建立指示器列，我可以使用該指示器列來連接可以在圖形產生器的顏色選項中使用的列。另一個選擇是使用新增了條件的列公式和 if 語句。我更喜歡這個選項，因為它是一個單一的操作，並保存在我正在做什麼的列中。
希望有幫助。
回覆：JMP 學術網路研討會 - 使用 JMP Pro 進行基因組學研究感謝克里斯精彩的網路研討會！我衷心感謝 JMP 學術團隊為學術界提供資源的工作。我一直在使用該平台和您的工作流程來分析 JMP17Pro 中的蛋白質組資料集，並有以下問題：
- 您使用分層聚類平台與 Hybrid Ward 作為 QC 螢幕並探索缺失值。當我嘗試對大約 1000 個線粒體蛋白的數據集執行此操作時，我收到一條錯誤，提示有太多缺失值無法聚類，並且我基本上被迫估算值以進行任何聚類。當您在刪除缺失資料過多的列之前進行聚類以識別缺失值時，為什麼沒有顯示此錯誤？
- 我還一直在嘗試修改日誌檔案中的腳本，該腳本刪除帶有太多零的列（我認為我的資料有空格而不是零，但概念相同）。我需要進一步的評估，因為我的數據中有 13 行對照樣品和 13 行實驗樣品，並且想要過濾（或像您一樣創建 2 個額外的新分組）蛋白質的任何列，其中“對照缺失”太多的值”和“實驗缺失太多的值”。有時，當一種蛋白質在一種條件下的樣品中主要缺失而在另一種條件下存在時，這可能在生物學上很有趣，所以我不一定希望過濾該蛋白質，因為整個色譜柱沒有60 % 的非空白。我對 R 編碼有一點了解，但正在努力尋找在 JSL 中執行此操作的方法。
- 是否可以將反應篩選中火山圖上的圖形變更為顏色 FDR P 值 < 0.02 或 < 0.05（而不是預設的 0.01）？我可以更改參考線的位置（見下圖），但如果點的顏色與所選的 FDR 截止值一致，並且在 Logworth by Difference 圖上更新圖例，那就太好了。我認為解決方法是產生一個新的差異表（log2 FC）和P 值，並將它們帶入GraphBuilder，在那裡我有更多的控制權，但我只對<0.01 的點進行相同的著色，因此著色設定似乎是請遵循表格（見下圖）。
感謝您的任何幫助，
TK
