JMPアカデミックウェビナー - JMP Proを使ったゲノミクス研究
学術目的でJMPソフトウェアを無料で入手するには、jmp.com/学生
JMP Pro 17は、JMPにおけるゲノムデータ解析の実行方法に大きな変化をもたらしました。遺伝子マーカー解析と育種シミュレーションのための新しいプラットフォームが導入され、既存のプラットフォームのいくつかは大規模で幅広いデータセットの処理に最適化されました。専用のJMP Genomicsソフトウェアとは異なり、これらの新機能はJMP Proに直接組み込まれており、SASバックエンドを必要としません。このウェビナーでは、遺伝子発現差解析（Differential Gene Expression：DGE）とGWAS（Global Globate Analysis：ゲノムワイド関連解析）のケーススタディを通して、JMP Proをゲノム研究に適用する方法を紹介します。
高度な統計モデリングRe: JMP アカデミックウェビナー - JMP Pro によるゲノミクス研究こんにちは@TimboK1 さん
ウェビナーをご視聴いただきありがとうございます。ご質問にお答えできるよう最善を尽くします。
- 牛のデータの例では、欠落データはなく、0 でした。それらを真の空白値のように欠落していると呼んでしまったのは間違いでした。それらが真の欠損データである場合は、「テーブル」メニューの下にある「欠損データ パターン」を使用するか、「分析」>「スクリーニング」>「欠損値の探索」を使用する方が良いスタートになります。補完や欠損のクラスタリングにも多くのオプションがあります。あなたの場合、欠損値補完オプションを使用するか、欠損値が実際に 0 であるか、測定/存在しない場合は欠損値を 0 に再コード化する必要があります。これにより、いくつかの興味深い違いが生じ、それらの違いに対する信頼が得られます。元のデータが 0 である場合、対数変換ステップを含む正規化メソッドによってこれらの値が欠落することがあります。このような場合、通常はオフセットが使用されます (変換前に 1 を追加します)。そのため、実際の欠損値 (サンプルの測定に関する問題) とは対照的に、最終的な変換値は 0 のままです。
- はい、このような場合にはグループをセグメント化する必要があることに同意します。欠落または 0 の量が特定のグループに不釣り合いになる可能性があるため、私はグループごとに検索を行うことを好みます。グループごとのオプションを追加するとよいでしょうが、少し追加のコーディングが必要になります。これを JSL で行うには何が必要かを検討することはできますが、最適なアプローチ (および [グループ別] 列に小さなユーザー インターフェイス オプションを追加すること) を決定するには少し時間がかかります。
- JMP Pro 17 または JMP Pro 18 (3 月リリース) の場合、これは現在不可能です。私もあなたと同じようなことをしています。平均差テーブル (応答スクリーニング内の赤い三角形を選択し、[テーブルの保存] > [平均差の保存] を選択) を保存し、ローカル データ フィルターを備えたグラフ ビルダーを使用します。また、[行]>[行の選択]>[場所を選択]を使用して、選択のしきい値と差のしきい値を下回る行を選択します。次に、[行]>[行選択]>[列に名前を付ける]を使用して、グラフ ビルダーの色オプションで使用できる列を連結するために使用できるインジケーター列を作成します。もう 1 つのオプションは、条件を追加する列式と if ステートメントを使用することです。このオプションは単一のアクションであり、実行している内容が列内に保存されるため、より気に入っています。
それが役立つことを願っています。
Re: JMP アカデミックウェビナー - JMP Pro によるゲノミクス研究Chris さん、素晴らしいウェビナーをありがとうございました!学術コミュニティにリソースを提供する JMP 学術チームの取り組みに心から感謝します。私はプラットフォームとワークフローを使用して JMP17Pro のプロテオミクス データセットを分析してきましたが、次のような質問がありました。
- Hybrid Ward を備えた階層クラスタリング プラットフォームを QC 画面として使用し、欠損値を探索しました。約 1,000 個のミトコンドリアタンパク質のデータセットに対してこれを実行しようとすると、クラスター化するには欠損値が多すぎるというエラーが表示され、クラスター化を行うには基本的に値を代入する必要があります。欠損データが多すぎる列を削除する前に欠損値を特定するためにクラスター化したときに、このエラーが表示されなかったのはなぜですか?
- また、ゼロが多すぎる列を削除するジャーナルファイルのスクリプトを変更しようとしています（私のデータには空白があり、ゼロはありませんが、同じ概念だと思います）。データ内に 13 行のコントロール サンプルと 13 行の実験サンプルがあり、「コントロールが欠落している」タンパク質の列をフィルタリング (または、あなたが行ったように 2 つの追加の新しいグループを作成) したいため、さらなるレベルの評価が必要です。 「値が多すぎます」と「実験で欠落している値が多すぎます」。ある条件ではタンパク質がサンプルから主に欠落し、別の条件では存在する場合がありますが、これは生物学的に興味深い可能性があるため、カラム全体で 60% の非ブランクが含まれていないため、必ずしもフィルタリングする必要はありません。私はコーディングのための R を少し知っていますが、JSL でこれを行う方法を見つけるのに苦労しています。
- 反応スクリーニングの火山プロットのグラフを変更して、FDR P 値 < 0.02 または <0.05 (デフォルトの 0.01 ではない) を色分けすることはできますか?基準線の位置は変更できますが (下の画像を参照)、選択した FDR カットオフと一致する色でポイントを着色し、差分別ログワース プロットで凡例を更新することもできます。回避策は、差分(log2 FC)とP値の新しいテーブルを生成し、より詳細に制御できるGraphBuilderに取り込むことだと考えましたが、0.01未満のポイントのみ同じ色付けが得られるため、色付け設定は次のようになります。表に従ってください (下の画像を参照)。
ご協力ありがとうございます。
TK
