Seminario web académico de JMP: Investigación genómica con JMP Pro
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JMP Pro 17 marcó un cambio significativo en la forma en que se realiza el análisis de datos genómicos en JMP. Se introdujeron nuevas plataformas para el análisis de marcadores genéticos y simulaciones de reproducción, y varias plataformas existentes se optimizaron para el manejo de conjuntos de datos grandes y extensos. A diferencia del software especializado JMP Genomics, estas nuevas funciones están integradas directamente en JMP Pro y no requieren un backend SAS. Este seminario web muestra cómo aplicar JMP Pro en la investigación genómica mediante casos prácticos sobre expresión génica diferencial y GWAS.
Modelado estadístico avanzadoRe: Seminario web académico de JMP: investigación genómica con JMP ProHola @TimboK1 ,
Gracias por ver el seminario web. Haré todo lo posible para responder a sus preguntas.
- En mi ejemplo para los datos del ganado, no faltaban datos, eran 0. Me equivoqué al llamarlos faltantes como valores en blanco verdaderos. Si fueran verdaderos datos faltantes, entonces usar Patrón de datos faltantes debajo del menú Tabla o Analizar>Detección> Explorar valores faltantes sería un mejor comienzo. Hay muchas opciones para imputar e incluso agrupar los datos faltantes. En su caso, tendría que usar la opción de imputación de valores faltantes o recodificar los valores faltantes a 0 si realmente son 0 o no están medidos/presentes. Esto provocará algunas diferencias interesantes y confianza en esas diferencias. A veces, los datos originales son 0 y luego los métodos de normalización que tienen un paso de transformación logarítmica harán que falten estos valores. En estos casos, generalmente se usa un desplazamiento (agregando un 1 antes de transformar), de modo que el valor final transformado siga siendo 0 en lugar de un valor faltante real (problema con la medición de la muestra).
- Sí, estoy de acuerdo en que hay que segmentar los grupos en estos casos. Prefiero hacer la búsqueda por grupo dado que la cantidad de ceros o faltantes puede ser desproporcionada para un grupo en particular. Sería bueno agregar una opción por grupo, pero requeriría un poco de codificación adicional. Puedo echar un vistazo a lo que se necesitaría para hacer esto en JSL, pero me llevará un poco de tiempo encontrar el mejor enfoque (y poner una pequeña opción de interfaz de usuario para una columna Por grupo).
- Para JMP Pro 17 o JMP Pro 18 (lanzados en marzo), esto no es posible actualmente. Hago algo similar a lo que hiciste tú. Guardo la tabla de diferencia de medias (Triángulo rojo dentro de Detección de respuestas y elijo Guardar tablas>Guardar diferencias de medias) y luego uso el generador de gráficos con un filtro de datos local. También usaré Filas>Selección de filas>Seleccionar dónde para seleccionar filas que están por debajo de un umbral de elección y un umbral de diferencia. Luego uso Filas>Selección de fila>Selección de nombre a columna para crear una(s) columna(s) de indicador que puedo usar para concatenar una columna que puedo usar en la opción de color en el generador de gráficos. Otra opción es utilizar una fórmula de columna donde se agregan las condiciones y una declaración if. Me gusta más esta opción ya que es una acción única y se guarda dentro de la columna de lo que estoy haciendo.
Espero que ayude.
Re: Seminario web académico de JMP: investigación genómica con JMP Pro¡Gracias por el increíble seminario web Chris! Aprecio sinceramente el trabajo del Equipo Académico de JMP para brindar recursos a la comunidad académica. He estado usando la plataforma y su flujo de trabajo para analizar un conjunto de datos proteómicos en JMP17Pro y tenía las siguientes preguntas:
- Utilizó la plataforma de agrupación jerárquica con Hybrid Ward como pantalla de control de calidad y para explorar los valores faltantes. Cuando intento hacer esto en mi conjunto de datos de ~1000 proteínas mitocondriales, recibo un error que indica que faltan demasiados valores para agruparlos y básicamente me veo obligado a imputar valores para realizar cualquier agrupamiento. ¿Por qué no apareció este error cuando agrupó para identificar los valores faltantes antes de eliminar columnas con demasiados datos faltantes?
- También he estado intentando modificar el script en su archivo de diario que elimina las columnas con demasiados ceros (mis datos tienen espacios en blanco y no ceros, pero creo que es el mismo concepto). Necesito un nivel adicional de evaluación ya que tengo 13 filas de muestras de control y 13 filas de muestras experimentales en los datos y quiero filtrar (o crear 2 agrupaciones nuevas adicionales como lo hizo usted) para cualquier columna de una proteína en la que "Falta control". Demasiados valores” y “Experimental al que le faltan demasiados valores”. A veces, cuando una proteína falta predominantemente en las muestras en una condición y está presente en otra, eso podría ser biológicamente interesante, por lo que no necesariamente querría que se filtrara porque la columna en su conjunto no tenía un 60% de no blancos. Conozco un poco de R para codificar, pero me cuesta encontrar una manera de hacerlo en JSL.
- ¿Es posible cambiar los gráficos en los gráficos de volcanes en la Evaluación de respuesta para colorear los valores P de FDR < 0,02 o <0,05 (y no el 0,01 predeterminado)? Puedo cambiar la ubicación de la línea de referencia (ver imagen a continuación), pero sería bueno tener puntos coloreados de manera consistente con un límite de elección de FDR y también tener la leyenda actualizada en el gráfico de Logworth por diferencia. Pensé que una solución alternativa sería generar una nueva tabla de diferencias (log2 FC) y valores P y llevarlos a GraphBuilder donde tengo más control, pero obtengo el mismo color de solo los puntos <0,01, por lo que la configuración de color parece siga la tabla (ver imagen a continuación).
Gracias por cualquier ayuda,
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