JMP 学术网络研讨会 - 使用 JMP Pro 进行基因组学研究
JMP Pro 17 标志着 JMP 基因组数据分析方式的重大变革。它引入了用于遗传标记分析和育种模拟的新平台，并对多个现有平台进行了优化，以处理海量、广泛的数据集。与专业的 JMP Genomics 软件不同，这些新功能直接内置于 JMP Pro 中，无需 SAS 后端。本次网络研讨会将通过差异基因表达和全基因组关联分析 (GWAS) 的案例研究，演示如何将 JMP Pro 应用于基因组学研究。
高级统计建模回复：JMP 学术网络研讨会 - 使用 JMP Pro 进行基因组学研究嗨@TimboK1 ，
感谢您观看网络研讨会。我将尽力回答您的问题。
- 在我的牛数据示例中，它没有任何缺失数据，它们都是 0。我说错了，称它们为缺失值，就像真正的空白值一样。如果它们是真正的缺失数据，那么使用“表”菜单下的“缺失数据模式”或“分析”>“筛选”>“探索缺失值”将是一个更好的开始。有很多用于缺失值的插补甚至聚类的选项。在您的情况下，您必须使用缺失值插补选项，或者如果缺失值确实为 0 或未测量/存在，则将其重新编码为 0。这将导致一些有趣的差异以及对这些差异的信心。有时原始数据是 0，然后具有对数变换步骤的归一化方法将导致这些值丢失。在这些情况下，通常使用偏移量（通过在转换之前添加 1），因此最终转换值仍然为 0，而不是真正的缺失值（测量样本时出现问题）。
- 是的，我同意在这些情况下必须对群体进行细分。我更喜欢按组进行搜索，因为缺失或 0 的数量可能与特定组不成比例。添加按组选项会很好，但需要一些额外的编码。我可以看看在 JSL 中执行此操作需要什么，但是需要花一些时间来确定最佳方法（并为“按组”列添加一些用户界面选项）。
- 对于 JMP Pro 17 或 JMP Pro 18（3 月份发布），目前无法实现此操作。我做了和你类似的事情。我保存均值差异表（响应筛选中的红色三角形并选择保存表>保存均值差异），然后使用带有本地数据过滤器的图形生成器。我还将使用“行”>“行选择”>“选择位置”来选择低于选择阈值和差异阈值的行。然后，我使用“行”>“行选择”>“将选择命名为列”来创建一个指示器列，我可以使用该指示器列来连接可以在图形生成器的颜色选项中使用的列。另一种选择是使用添加了条件的列公式和 if 语句。我更喜欢这个选项，因为它是一个单一的操作，并保存在我正在做什么的列中。
希望有帮助。
回复：JMP 学术网络研讨会 - 使用 JMP Pro 进行基因组学研究感谢克里斯精彩的网络研讨会！我衷心感谢 JMP 学术团队为学术界提供资源的工作。我一直在使用该平台和您的工作流程来分析 JMP17Pro 中的蛋白质组数据集，并有以下问题：
- 您使用分层聚类平台与 Hybrid Ward 作为 QC 屏幕并探索缺失值。当我尝试对大约 1000 个线粒体蛋白的数据集执行此操作时，我收到一条错误，提示有太多缺失值无法聚类，并且我基本上被迫估算值以进行任何聚类。当您在删除缺失数据过多的列之前进行聚类以识别缺失值时，为什么没有显示此错误？
- 我还一直在尝试修改日志文件中的脚本，该脚本删除带有太多零的列（我认为我的数据有空格而不是零，但概念相同）。我需要进一步的评估，因为我的数据中有 13 行对照样品和 13 行实验样品，并且想要过滤（或像您一样创建 2 个额外的新分组）蛋白质的任何列，其中“对照缺失”太多的值”和“实验缺失太多的值”。有时，当一种蛋白质在一种条件下的样品中主要缺失而在另一种条件下存在时，这可能具有生物学意义，因此我不一定希望过滤该蛋白质，因为整个色谱柱没有 60% 的非空白。我对 R 编码有一点了解，但正在努力寻找一种在 JSL 中执行此操作的方法。
- 是否可以将响应筛选中火山图上的图形更改为颜色 FDR P 值 < 0.02 或 < 0.05（而不是默认的 0.01）？我可以更改参考线的位置（见下图），但如果点的颜色与所选的 FDR 截止值一致，并且在 Logworth by Difference 图上更新图例，那就太好了。我认为解决方法是生成一个新的差异表（log2 FC）和 P 值，并将它们带入 GraphBuilder，在那里我有更多的控制权，但我只对 <0.01 的点进行相同的着色，因此着色设置似乎是请遵循表格（见下图）。
感谢您的任何帮助，
TK
