JMP für Immunologie?Hallo,
Wir arbeiten mit einem Zelltherapieunternehmen zusammen, das T-Zell-Immuntherapeutika und Impfstoffe entwickelt. Es gibt einen klaren Wert für DOE in der Prozess-, Formulierungs- und Assay-Entwicklung.
Unser Kontakt dort ist auch der Meinung, dass dies für die Immunologiegruppe, die sie bilden, von Nutzen sein könnte. Sie werden viele Daten aus klinischen Studien generieren und verfügen über keine Analysetools außer Excel.
Sie hoffen, dass wir eine Fallstudie zeigen können, die für die Immunologie-Leute relevant ist. Bei der Beschreibung der Art von Daten, über die sie verfügen werden, verwendeten sie Begriffe wie „ Pharmakokinetik“, „Antikörperreaktionen“, „Anzeigen klinischer Tests“ und „Messung der Wirkung, nicht der Wirkung“. Ich glaube, ich weiß, was diese Wörter bedeuten, aber ich weiß es nicht Ich weiß, was ich zeigen würde, um den Wert von JMP zu beweisen. Ich habe das Gefühl, dass es Antworten auf klinische Studien gibt, die sie im Laufe der Zeit verfolgen.
Kennt jemand einen relevanten Demodatensatz?
Alternativ können Sie mich auch informieren, wenn dies kein Ort für JMP ist, damit ich meine Zeit nicht verschwende.
Für den Fall, dass das hilft, habe ich unten einen Teil einer Stellenausschreibung für einen Immunologiewissenschaftler für dieses Unternehmen veröffentlicht.
Danke,
Phil
Wissenschaftler, Immunologie
Das Team ist für die Durchführung präklinischer und klinischer Untersuchungen verantwortlich
Immunologische Forschung. Wir messen Antikörper- und T-Zell-Reaktionen auf
Kandidaten für immuntherapeutische Produkte zur Vorbeugung oder Behandlung von
Infektionskrankheiten und Krebs. Der Immunologiewissenschaftler wird entwickeln,
Implementieren und interpretieren Sie immunologische Tests und überwachen Sie den Laborbetrieb
und Verwaltung. Zu den spezifischen Aufgaben gehören:
• Stellen Sie sicher, dass Antikörper- und Zelltests etabliert und angemessen sind
qualifiziert, sowohl Human- als auch Tierstudien unserer Kandidaten oder Konkurrenten zu unterstützen
Produktkandidaten
• Stellen Sie sicher, dass alle erforderlichen technischen SOPs geschrieben und vorhanden sind und eingehalten werden
Untersuchungen durchgeführt
• Stellen Sie sicher, dass das beaufsichtigte Personal geschult ist und die Schulungsunterlagen auf dem neuesten Stand sind.
• Überwachung von Experimenten zur Messung von Immunreaktionen aus Tierversuchen
und klinische Studien am Menschen mit ELISpot, Durchflusszytometrie, ELISA und anderen Tests
intern oder extern durchgeführt, wie z. B. RNA-Sequenzierung, TCR-Sequenzierung, Avidität
Messungen, Oberflächenplasmonresonanz, Immunhistochemie
• Stellen Sie sicher, dass klinische Tests gemäß den GCP-Grundsätzen durchgeführt werden
• Unterstützen Sie den technischen Transfer der erforderlichen Tests an Auftragnehmer, wie z. B. diese
Durchführung toxikologischer Experimente
Betreff: JMP für Immunologie?Abhängig davon, was sie tun, wird möglicherweise eine „Schnittpunktanalyse“ angezeigt. JMP verfügt über viele nützliche Funktionen für die Ausreißerprüfung und -erkennung für diese Art von Analyse.
Wenn sie ELISA-Arbeiten durchführen, ist DOE sehr hilfreich, und FDOE könnte eine gute Option für die Betrachtung der Antwortdaten sein. Bei diesen Experimenten geht es häufig um Absorption vs. Verdünnung. Die Daten scheinen mit einer 4p- oder 5p-Anpassung angepasst zu werden, aber die Asymptoten haben oft Haken oder sind nicht konsistent.
Möglicherweise ist eine Oberflächenplasmonenresonanz, wie bei einem Biacore, im Spiel. Die Daten sehen aus wie kinetische Reaktionsgeschwindigkeiten. Auch hier wäre FDOE großartig, da die Kurven meist nur parametrisiert sind und Parameterfehler eine zweite Überlegung darstellen.
Betreff: JMP für Immunologie?Danke, @karenkopeland .
Das ist wirklich nützlich. Es erinnert mich daran, dass ich viel mit Wissenschaftlern zusammengearbeitet habe, die an Versuchen zur Tierernährung arbeiteten, bei denen es sich auch um kleinere Versuche mit einigen kontinuierlichen Messungen und unterschiedlichen Endpunkten handelte. Und genau diese Tools sind am nützlichsten. Danke noch einmal,
Phil
Betreff: JMP für Immunologie?Ich verwende JMP häufig für Diagnostika (z. B. Tests jeglicher Art) und klinische Studien. Was innerhalb von JMP benötigt wird, „hängt“ von der Studie und dem Endpunkt dieser Studie ab. Die Studien, an denen ich teilgenommen habe, sind im Vergleich zu Pharmastudien tendenziell kleiner, und die gesammelten Daten eignen sich nicht unbedingt für JMP Clinical (denken Sie an Hunderte, nicht Tausende von Probanden mit ziemlich einfachen gesammelten Daten).
Zu den Punkten, in denen JMP besonders gut ist, gehören:
1. Datenimport (die klinischen Daten stammen von irgendwoher, oft aus Excel, werden aber häufiger in eine Art Online-EDC-System (Electronic Data Capture) verschoben, sodass der Export über SAS-Transport, CVS, XML usw. erfolgen kann.
2. Datenexploration (Neukodierung, Verteilungen am Anfang der Datendatei usw.), um die fehlerhaften klinischen Daten zu finden (verwenden Sie diese Worte nicht – wie wäre es mit klinischen Daten, die möglicherweise einer weiteren Überwachung bedürfen)?
3. VIRTUELLER JOIN (und regulärer Join). Klinische Daten liegen häufig in mehreren Datendateien vor, beispielsweise in einer demografischen Datei, einer Behandlungsdatei, einer Datei mit Laborergebnissen sowie den Testdaten, die sich möglicherweise auch in einer separaten Datei befinden.
4. alle Grundlagen, nach denen sie suchen könnten.
Betreff: JMP für Immunologie?Ich denke, „Cholesterol Stacked“ könnte ein nützliches Beispiel sein.
Betreff: JMP für Immunologie?Danke @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson und @MikeD_Anderson .
Das ist alles wirklich hilfreich.
Ich muss mich noch einmal beim Kunden erkundigen. Wir haben viele Beispiele für die Entwicklung und Überwachung von Assays, was ich erwarten würde. Aber ich denke, was sie wirklich wollen, ist ein Beispiel, das zeigt, wie sie die klinischen Daten betrachten können, wenn sie die Tests in ihren Studien durchführen. Ich denke, es ist keine Überraschung, dass wir nicht über solche Daten verfügen.
Danke noch einmal,
Phil
Betreff: JMP für Immunologie?Hier ist ein unterhaltsamer Artikel, den ich schon lange in eine Demo einarbeiten wollte. Es handelt sich um eine Cut-Point-Analyse in Immunogenitätstests. Es ist ziemlich schön, weil es eine Reihe verschiedener Methoden zeigt (die alle in JMP möglich zu sein schienen). Noch wichtiger ist, dass es die Daten für die Beispiele im PDF enthält, sodass Sie auch den PDF-Import demonstrieren können.
Betreff: JMP für Immunologie?Du hast recht, @ian_jmp , es gibt viele Treffer .
Betreff: JMP für Immunologie?FWIW, ich habe das Discovery Paper-Suchtool mit „Assay“ verwendet und acht Treffer erhalten. Es lohnt sich, einen Blick darauf zu werfen, falls Sie es noch nicht getan haben.
Betreff: JMP für Immunologie?Hallo Phil,
Ich kann nur wirklich über Pharmakokinetik sprechen, aber obwohl JMP Gleichungen in diesem Bereich anpassen kann, kann es (nach meinem besten Wissen) nicht Folgendes verarbeiten:
- Patienten mit unterschiedlichen Dosierungsplänen
- Patienten mit unterschiedlichen Probenahmeplänen
- Nichtlineare Regressionsmodellierung mit gemischten Effekten, die häufig erforderlich ist, um zwischen festen und zufälligen Effekten zu unterscheiden.
Wenn Sie einen dieser drei Punkte hören, ist es wahrscheinlich am besten, ihn in Kombination mit SAS zu empfehlen.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 Kein PK, aber ein Beispiel für die Zusammenführung von SAS PROCNLMIXED und JMP.
Hoffentlich hilft das.
Mit freundlichen Grüße,
Ben
Betreff: JMP für Immunologie?Und noch ein Gedanke dazu. Da die Daten aus einer klinischen Studie stammen ... was verwenden die medizinischen Gutachter 
Vielleicht kann JMP Clinical dabei helfen, wenn sie noch nicht über diese Daten verfügen.
Betreff: JMP für Immunologie?Hallo @Phil_Kay ,
Dies ist aus Datensicht schwierig. Sie können den Zytometrie-Datensatz für die Durchflusszytometrie-Analyse verwenden. Ich habe ein paar .fcs-Dateien, die JMP ebenfalls importieren kann. Ich habe noch keinen Workflow abgeschlossen, um alle .fcs-Dateien einzubinden, zusammenzufügen, zu manipulieren und dann für die Analyse bereit zu machen.
Bioassay kann für nichtlineare/Fit-Kurven verwendet werden. Es gibt eine Option zur Anpassung der Kurve für pharmakokinetische Modelle, falls dies hilfreich ist.
Der Beispieltest für den DOE Clinical Assay von Snee sollte für DOE und Analyse relevant sein.
Ein Großteil davon wird Anpassungskurven-/nichtlineare Modellierung sein.
Die Analyse des Typs „Dosis-Wirkung“ wäre ebenfalls ähnlich.
@Byron_JMP wird einige zusätzliche Ideen haben.
