JMP per l'immunologia?CIAO,
Stiamo lavorando con un’azienda di terapia cellulare che sviluppa prodotti e vaccini immunoterapeutici a base di cellule T. Esiste un chiaro valore per il DOE nel processo, nella formulazione e nello sviluppo dei test.
Anche il nostro contatto ritiene che potrebbe esserci valore per il gruppo di immunologia che stanno formando. Genereranno molti dati da studi clinici e non disporranno di strumenti di analisi oltre a Excel.
Sperano che possiamo mostrare una demo di un caso di studio che possa essere rilevante per gli esperti di immunologia. Nel descrivere il tipo di dati che avranno a disposizione hanno usato termini tra cui: " farmacocinetica", "risposte anticorpali", "letture di test clinici" e "misurazione dell'azione, non dell'effetto". Penso di sapere cosa significano queste parole ma non lo so. so cosa mostrerei per dimostrare il valore di JMP. Ho la sensazione che abbiano risposte agli studi clinici che stanno monitorando nel tempo.
Qualcuno conosce un set di dati demo rilevante?
In alternativa, fatemi sapere se questo non è un posto per JMP, così non perdo tempo.
Ho pubblicato parte di un annuncio di lavoro, di seguito, per uno scienziato di immunologia per questa azienda nel caso possa essere d'aiuto.
Grazie,
Fil
Scienziato, Immunologia
Il team è responsabile della conduzione pre-clinica e clinica
ricerca immunologica. Misuriamo le risposte degli anticorpi e delle cellule T a
prodotti immunoterapeutici candidati per la prevenzione o il trattamento di
malattie infettive e cancro. Lo scienziato di immunologia svilupperà,
implementare e interpretare i test immunologici e supervisionare le operazioni di laboratorio
e amministrazione. I compiti specifici includono:
• Assicurarsi che i test anticorpali e cellulari siano stabiliti e adeguati
qualificati per supportare studi sia sull'uomo che sugli animali dei nostri candidati o concorrenti
candidati al prodotto
• Assicurarsi che tutte le SOP tecniche richieste siano scritte, messe in atto e mantenute
saggi condotti
• Garantire che il personale supervisionato sia formato e che i registri della formazione siano aggiornati.
• Supervisionare gli esperimenti per misurare le risposte immunitarie da esperimenti sugli animali
e studi clinici sull'uomo che utilizzano ELISpot, citometria a flusso, ELISA e altri test
eseguiti internamente o esternamente come RNA-seq, sequenziamento TCR, avidità
misurazioni, risonanza plasmonica di superficie, immunoistochimica
• Garantire che i test clinici siano condotti secondo i principi GCP
• Supportare il trasferimento tecnologico dei test richiesti agli appaltatori, come quelli
condurre esperimenti tossicologici
Ri: JMP per l'immunologia?A seconda di cosa stanno facendo, potrebbe apparire la "Analisi del punto di taglio". JMP dispone di numerose funzionalità utili per lo screening e il rilevamento dei valori anomali per questo tipo di analisi.
Se stanno eseguendo un lavoro ELISA, DOE è molto utile e FDOE potrebbe essere una buona opzione per esaminare i dati di risposta. Spesso questi esperimenti esaminano l'assorbanza rispetto alla diluizione, i dati sembrano poter essere adattati con un adattamento 4p o 5p, ma gli asintoti spesso hanno dei ganci o non sono coerenti.
Potrebbe essere in gioco la risonanza plasmonica superficiale, come con un Biacore. I dati sembrano tassi di reazione cinetica. FDOE sarebbe fantastico anche in questo caso perché molto spesso le curve sono semplicemente parametrizzate e l'errore dei parametri è un ripensamento.
Ri: JMP per l'immunologia?Grazie, @karenkopeland .
Questo è davvero utile. Mi ricorda che ho lavorato molto con scienziati che lavorano su sperimentazioni sulla nutrizione animale, che sono anche sperimentazioni più piccole con alcune misure continue insieme a diversi punti finali. E questi sono esattamente il tipo di strumenti più utili. Grazie ancora,
Fil
Ri: JMP per l'immunologia?Utilizzo frequentemente JMP per la diagnostica (ovvero test di qualche tipo) e le sperimentazioni cliniche. Ciò che è necessario all'interno di JMP "dipende" dalla sperimentazione e da quale sia l'endpoint di tale sperimentazione. Gli studi a cui ho preso parte tendono ad essere più piccoli rispetto agli studi farmaceutici e i dati raccolti non si prestano necessariamente a JMP Clinical (si pensi a centinaia e non a migliaia di soggetti con dati piuttosto elementari raccolti).
Gli elementi da evidenziare in cui JMP è bravo includono:
1. importazione dei dati (i dati clinici arriveranno da qualche parte, spesso eccelleranno ma si sposteranno più spesso in una sorta di sistema EDC (acquisizione elettronica dei dati) online, quindi l'esportazione potrebbe essere trasporto sas, cvs, xml, ecc.
2. esplorazione dei dati (ricodifica, distribuzioni nella parte superiore del file di dati, ecc.) per trovare i dati clinici incasinati (non usare queste parole: che ne dici di dati clinici che potrebbero richiedere ulteriore monitoraggio).
3. JOIN VIRTUALE (e join regolare). Spesso i dati clinici sono contenuti in più file di dati, ad esempio un file demografico, un file di trattamento, un file di risultati di laboratorio, nonché i dati di analisi che potrebbero trovarsi anche in un file separato.
4. tutte le nozioni di base che potrebbero cercare.
Ri: JMP per l'immunologia?Penso che "Cholesterol Stacked" potrebbe essere un esempio utile.
Ri: JMP per l'immunologia?Grazie @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson e @MikeD_Anderson .
Tutto questo è davvero utile.
Devo verificare nuovamente con il cliente. Abbiamo molti esempi di sviluppo e monitoraggio dei test, cosa che mi aspetterei. Ma penso che ciò che vogliono veramente sia un esempio che mostri come potrebbero guardare i dati clinici quando eseguono i test nei loro studi. Immagino che non sia una sorpresa che non abbiamo questo tipo di dati.
Grazie ancora,
Fil
Ri: JMP per l'immunologia?Ecco un articolo divertente che avevo intenzione di inserire in una demo. Si tratta dell'analisi del punto limite nei test di immunogenicità. È piuttosto carino in quanto mostra un sacco di metodi diversi (che sembravano tutti possibili in JMP). Ancora più importante, include i dati per gli esempi nel PDF... che ti consentono anche di importare PDF dimostrativi.
Ri: JMP per l'immunologia?Hai ragione, @ian_jmp , ci sono molti successi .
Ri: JMP per l'immunologia?Per tua informazione, ho utilizzato lo strumento di ricerca di Discovery Paper con "saggio" e ho ottenuto otto risultati. Vale la pena cercarlo, se non l'hai già fatto.
Ri: JMP per l'immunologia?Ciao Phil,
Posso parlare solo di farmacocinetica ma, sebbene JMP possa adattare le equazioni in quest'area, non gestisce (per quanto ne so):
- pazienti con schemi di dosaggio diversi
- pazienti con programmi di campionamento diversi
- modellazione di regressione non lineare a effetti misti, che spesso è necessaria per distinguere tra effetti fissi e casuali.
Se senti qualcuno di questi tre, probabilmente è meglio consigliarlo in combinazione con SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 Non PK ma un esempio di come riunire SAS PROCNLMIXED e JMP.
Spero che aiuti.
Cordiali saluti,
Ben
Ri: JMP per l'immunologia?E ancora un pensiero su questo. Dato che i dati provengono da una sperimentazione clinica....cosa stanno utilizzando i revisori medici? 
Forse JMP Clinical può aiutarli se non li hanno ancora.
Ri: JMP per l'immunologia?Ciao @Phil_Kay ,
Questo è difficile dal punto di vista dei dati. È possibile utilizzare il set di dati della citometria per l'analisi della citometria a flusso. Ho anche alcuni file .fcs che JMP può importare. Non ho ancora terminato un flusso di lavoro per inserire tutti i file .fcs, unirli, manipolarli e quindi renderli pronti per l'analisi.
Il saggio biologico può essere utilizzato per la curva non lineare/Fit. Esiste un'opzione di curva di adattamento dei modelli farmacocinetici se ciò aiuta.
L'esempio di dosaggio DOE Clinical Assay di Snee dovrebbe essere rilevante per il DOE e l'analisi.
Gran parte di questo riguarderà la modellazione di curve/non lineari.
Anche l’analisi del tipo dose-risposta sarebbe simile.
@Byron_JMP avrà alcune idee aggiuntive.
