JMP pour l'immunologie ?Salut,
Nous travaillons avec une entreprise de thérapie cellulaire développant des produits et des vaccins immunothérapeutiques à base de cellules T. Il y a une valeur claire pour le DOE dans le développement de processus, de formulations et de tests.
Notre contact là-bas pense également que cela pourrait être utile pour le groupe d’immunologie qu’ils sont en train de former. Ils généreront beaucoup de données à partir d’essais cliniques et ne disposeront d’aucun outil d’analyse autre qu’Excel.
Ils espèrent que nous pourrons montrer une démonstration d’étude de cas qui sera pertinente pour les spécialistes de l’immunologie. Pour décrire le type de données dont ils disposeront, ils ont utilisé des termes tels que : « pharmacocinétique », « réponses en anticorps », « résultats de tests cliniques » et « mesure de l'action et non de l'effet ». Je pense que je sais ce que ces mots signifient, mais je ne le sais pas. Je sais ce que je montrerais pour prouver la valeur de JMP. J’ai l’impression qu’ils disposent de réponses aux essais cliniques qu’ils suivent au fil du temps.
Quelqu'un connaît-il un ensemble de données de démonstration pertinent ?
Alternativement, faites-moi savoir si ce n'est pas un endroit pour JMP afin que je ne perde pas mon temps.
J'ai publié ci-dessous une partie d'une offre d'emploi pour un scientifique en immunologie pour cette entreprise au cas où cela aiderait.
Merci,
Phil
Scientifique, Immunologie
L'équipe est responsable de la conduite des études précliniques et cliniques
recherche en immunologie. Nous mesurons les réponses des anticorps et des lymphocytes T à
produits candidats immunothérapeutiques pour la prévention ou le traitement de
maladies infectieuses et cancer. Le scientifique en immunologie développera,
mettre en œuvre et interpréter des tests d’immunologie et superviser les opérations du laboratoire
et administrative. Les tâches spécifiques comprennent :
• S'assurer que les tests d'anticorps et de cellules sont établis et appropriés
qualifié pour soutenir les études humaines et animales de nos candidats ou concurrents
produits candidats
• S'assurer que toutes les SOP techniques requises sont rédigées, mises en place et maintenues pendant
analyses effectuées
• Assurez-vous que le personnel supervisé est formé et que les dossiers de formation sont à jour.
• Superviser des expériences pour mesurer les réponses immunitaires à partir d'expérimentations animales
et essais cliniques sur l'homme utilisant ELISpot, la cytométrie en flux, ELISA et d'autres tests
effectués en interne ou en externe tels que RNA-seq, séquençage TCR, avidité
mesures, résonance plasmonique de surface, immunohistochimie
• S'assurer que les tests cliniques sont effectués conformément aux principes BPC.
• Soutenir le transfert technologique des analyses requises vers les entrepreneurs, tels que ceux
mener des expériences de toxicologie
Re : JMP pour l'immunologie ?En fonction de ce qu'ils font, une « analyse du point de coupure » peut apparaître. JMP propose de nombreuses fonctionnalités intéressantes pour le filtrage et la détection des valeurs aberrantes pour ce type d'analyse.
S'ils effectuent un travail ELISA, le DOE est très utile et le FDOE pourrait être une bonne option pour examiner les données de réponse. Souvent, ces expériences examinent l'absorbance par rapport à la dilution, les données semblent pouvoir être ajustées avec un ajustement 4p ou 5p, mais les asymptotes ont souvent des crochets ou ne sont pas cohérentes.
La résonance plasmonique de surface, comme avec un Biacore, pourrait être en jeu. Les données ressemblent à des taux de réaction cinétiques. FDOE serait génial ici aussi car le plus souvent les courbes sont simplement paramétrées, et l'erreur de paramètre est une seconde réflexion.
Re : JMP pour l'immunologie ?Merci, @karenkopeland .
C'est vraiment utile. Cela me rappelle que j'ai beaucoup travaillé avec des scientifiques travaillant sur des essais de nutrition animale, qui sont également des essais plus petits avec des mesures continues et différents points finaux. Et c’est exactement le genre d’outils qui sont les plus utiles. Merci encore,
Phil
Re : JMP pour l'immunologie ?J'utilise fréquemment JMP pour les diagnostics (c'est-à-dire les tests) et les essais cliniques. Ce qui est nécessaire dans JMP « dépend » de l'essai et du point final de cet essai. Les essais auxquels j'ai participé ont tendance à être plus petits que les essais pharmaceutiques et les données collectées ne se prêtent pas nécessairement à JMP Clinical (pensez à des centaines et non à des milliers de sujets avec des données assez basiques collectées).
Les éléments pour lesquels JMP est doué incluent :
1. importation de données (les données cliniques proviendront de quelque part, souvent Excel mais seront plus souvent transférées vers une sorte de système EDC (capture électronique de données) en ligne, donc l'exportation pourrait être un transport SAS, CVS, XML, etc.
2. exploration des données (recodage, distributions en haut du fichier de données, etc.) pour trouver les données cliniques erronées (n'utilisez pas ces mots - qu'en est-il des données cliniques qui pourraient nécessiter une surveillance plus approfondie).
3. REJOINTION VIRTUELLE (et jointure régulière). Les données cliniques se présentent souvent dans plusieurs fichiers de données, tels qu'un fichier démographique, un fichier de traitement, un fichier de résultats de laboratoire, ainsi que les données de test qui peuvent également se trouver dans un fichier distinct.
4. toutes les bases qu'ils recherchent.
Re : JMP pour l'immunologie ?Je pense que "Cholesterol Stacked" pourrait être un exemple utile.
Re : JMP pour l'immunologie ?Merci @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson et @MikeD_Anderson .
Tout cela est vraiment utile.
Je dois vérifier auprès du client. Nous avons de nombreux exemples de développement et de surveillance de tests, ce à quoi je m'attendrais. Mais je pense que ce qu’ils veulent vraiment, c’est un exemple qui montre comment ils pourraient examiner les données cliniques lorsqu’ils effectuent les tests dans leurs essais. Je suppose que ce n’est pas une surprise que nous ne disposions pas de ce genre de données.
Merci encore,
Phil
Re : JMP pour l'immunologie ?Voici un article amusant que j'avais l'intention de transformer en démo. Il s'agit de l'analyse des seuils dans les tests d'immunogénicité. C'est plutôt sympa dans la mesure où il présente un tas de méthodes différentes (qui semblent toutes possibles dans JMP). Plus important encore, il inclut les données des exemples dans le PDF... qui vous permettent également de faire une démonstration de l'importation PDF.
Re : JMP pour l'immunologie ?Vous avez raison, @ian_jmp , il y a beaucoup de hits .
Re : JMP pour l'immunologie ?FWIW, j'ai utilisé l'outil de recherche Discovery Paper avec « essai » et j'ai obtenu huit résultats. Cela vaut la peine d'être consulté, si ce n'est pas déjà fait.
Re : JMP pour l'immunologie ?Salut Phil,
Je ne peux vraiment parler que de pharmacocinétique, mais bien que JMP puisse résoudre des équations dans ce domaine, il ne gère pas (à ma connaissance) :
- patients avec des schémas posologiques différents
- patients avec des programmes d'échantillonnage différents
- la modélisation de régression à effets mixtes non linéaire, qui nécessite souvent de distinguer les effets fixes des effets aléatoires.
Si vous entendez l’un de ces trois éléments, il est probablement préférable de le recommander en combinaison avec SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 Pas PK mais un exemple de rapprochement de SAS PROCNLMIXED et JMP.
J'espère que cela pourra aider.
Cordialement,
Ben
Re : JMP pour l'immunologie ?Et encore une réflexion à ce sujet. Étant donné que les données proviennent d'un essai clinique... qu'utilisent les évaluateurs médicaux 
Peut-être que JMP Clinical peut les aider s'ils ne les ont pas encore.
Re : JMP pour l'immunologie ?Salut @Phil_Kay ,
Celui-ci est difficile du point de vue des données. Vous pouvez utiliser l’ensemble de données de cytométrie pour l’analyse par cytométrie en flux. J'ai quelques fichiers .fcs que JMP peut également importer. Je n'ai pas encore terminé un flux de travail pour intégrer, joindre, manipuler et ensuite préparer tous les fichiers .fcs pour l'analyse.
Le test biologique peut être utilisé pour les courbes d'ajustement/non linéaires. Il existe une option de courbe d'ajustement des modèles pharmacocinétiques si cela peut aider.
L’exemple de test DOE Clinical Assay de Snee devrait être pertinent pour le DOE et l’analyse.
Une grande partie de cela sera une modélisation de courbe d’ajustement/non linéaire.
L'analyse de type dose-réponse serait également similaire.
@Byron_JMP aura quelques idées supplémentaires.
