¿JMP para Inmunología?Hola,
Estamos trabajando con una empresa de terapia celular que desarrolla vacunas y productos inmunoterapéuticos de células T. Existe un valor claro para el DOE en el proceso, la formulación y el desarrollo de ensayos.
Nuestro contacto allí también cree que podría ser valioso para el grupo de Inmunología que están formando. Generarán una gran cantidad de datos de ensayos clínicos y no tienen herramientas de análisis más allá de Excel.
Esperan que podamos mostrar una demostración de un estudio de caso que sea relevante para la gente de Inmunología. Al describir el tipo de datos que obtendrán, utilizaron términos que incluyen: " farmacocinética", "respuestas de anticuerpos", "lecturas de ensayos clínicos" y "medición de acción, no efecto". Creo que sé lo que significan estas palabras, pero no lo sé. Sé lo que mostraría para demostrar el valor de JMP. Tengo la sensación de que tienen respuestas de ensayos clínicos que están siguiendo a lo largo del tiempo.
¿Alguien conoce un conjunto de datos de demostración relevante?
Alternativamente, avíseme si este no es un lugar para JMP para no perder el tiempo.
He publicado parte de una oferta de trabajo, a continuación, para un científico en inmunología para esta empresa en caso de que eso ayude.
Gracias,
filo
Científico, Inmunología
El equipo es responsable de realizar estudios preclínicos y clínicos.
investigación en inmunología. Medimos las respuestas de anticuerpos y células T a
productos inmunoterapéuticos candidatos para la prevención o el tratamiento de
enfermedades infecciosas y cáncer. El Científico en Inmunología desarrollará,
implementar e interpretar ensayos inmunológicos y supervisar el funcionamiento del laboratorio.
y administración. Los deberes específicos incluyen:
• Garantizar que los ensayos celulares y de anticuerpos estén establecidos y adecuadamente
calificados para respaldar estudios tanto en humanos como en animales de nuestros candidatos o competidores
candidatos de producto
• Garantizar que todos los SOP técnicos requeridos estén escritos, implementados y mantenidos para
ensayos realizados
• Garantizar que el personal supervisado esté capacitado y que los registros de capacitación estén actualizados.
• Supervisar experimentos para medir las respuestas inmunes de experimentos con animales.
y ensayos clínicos en humanos utilizando ELISpot, citometría de flujo, ELISA y otros ensayos.
realizado interna o externamente, como RNA-seq, secuenciación de TCR, avidez
mediciones, resonancia de plasmón superficial, inmunohistoquímica
• Garantizar que los ensayos clínicos se realicen de acuerdo con los principios de GCP.
• Apoyar la transferencia tecnológica de los ensayos requeridos a contratistas, como aquellos
realizar experimentos de toxicología
Re: ¿JMP para inmunología?Dependiendo de lo que estén haciendo, podría aparecer un "Análisis de punto de corte". JMP tiene muchas características interesantes para la detección y detección de valores atípicos para este tipo de análisis.
Si están haciendo trabajo ELISA, DOE es muy útil y FDOE podría ser una buena opción para observar los datos de respuesta. A menudo, estos experimentos analizan la absorbancia versus la dilución, los datos parecen poder ajustarse con un ajuste 4p o 5p, pero las asíntotas a menudo tienen ganchos o no son consistentes.
La resonancia de plasmón superficial, como ocurre con un Biacore, podría estar en juego. Los datos parecen tasas de reacción cinética. FDOE también sería excelente aquí porque la mayoría de las veces las curvas simplemente están parametrizadas y el error de parámetro es un segundo pensamiento.
Re: ¿JMP para inmunología?Gracias, @karenkopeland .
Eso es realmente útil. Me recuerda que he trabajado mucho con científicos que trabajan en ensayos de nutrición animal, que también son ensayos más pequeños con algunas medidas continuas junto con diferentes puntos finales. Y este es exactamente el tipo de herramientas más útiles. Gracias de nuevo,
filo
Re: ¿JMP para inmunología?Utilizo JMP frecuentemente con diagnósticos (es decir, ensayos de algún tipo) y ensayos clínicos. Lo que se necesita dentro del JMP "depende" del ensayo y de cuál sea el criterio de valoración de ese ensayo. Los ensayos en los que he participado tienden a ser más pequeños en comparación con los ensayos farmacéuticos y los datos recopilados no necesariamente se prestan a JMP Clinical (piense en cientos, no en miles de sujetos con datos bastante básicos recopilados).
Los elementos para destacar en los que JMP es bueno incluyen:
1. importación de datos (los datos clínicos provendrán de algún lugar, a menudo de Excel, pero más a menudo se trasladarán a algún tipo de sistema EDC (captura electrónica de datos) en línea, por lo que la exportación podría ser transporte sas, cvs, xml, etc.
2. exploración de datos (recodificación, distribuciones en la parte superior del archivo de datos, etc.) para encontrar datos clínicos desordenados (no use esas palabras; ¿qué pasa con los datos clínicos que pueden necesitar un mayor seguimiento)?
3. UNIRSE VIRTUAL (y unirse regularmente). A menudo, los datos clínicos vienen en varios archivos de datos, como un archivo demográfico, un archivo de tratamiento, un archivo de resultados de laboratorio, así como los datos del ensayo que también pueden estar en un archivo separado.
4. todos los conceptos básicos que puedan estar buscando.
Re: ¿JMP para inmunología?Creo que "Colesterol Stacked" podría ser un ejemplo útil.
Re: ¿JMP para inmunología?Gracias @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson y @MikeD_Anderson .
Todo esto es realmente útil.
Necesito volver a consultar con el cliente. Tenemos muchos ejemplos sobre el desarrollo y seguimiento de ensayos, lo que yo esperaría. Pero creo que lo que realmente quieren es un ejemplo que muestre cómo podrían observar los datos clínicos cuando realicen los ensayos en sus ensayos. Supongo que no es una sorpresa que no tengamos ese tipo de datos.
Gracias de nuevo,
filo
Re: ¿JMP para inmunología?Aquí hay un artículo divertido que tenía la intención de incluir en una demostración. Está en análisis de punto de corte en ensayos de inmunogenicidad. Es bastante bueno porque muestra un montón de métodos diferentes (todos los cuales parecían posibles en JMP). Más importante aún, incluye los datos de los ejemplos en el PDF... lo que también le permite realizar una demostración de la importación de PDF.
Re: ¿JMP para inmunología?Tienes razón, @ian_jmp , hay muchos resultados .
Re: ¿JMP para inmunología?FWIW, utilicé la herramienta de búsqueda Discovery Paper con 'ensayo' y obtuve ocho resultados. Vale la pena verlo, si aún no lo has hecho.
Re: ¿JMP para inmunología?Hola Phil,
Realmente solo puedo hablar sobre farmacocinética, pero si bien JMP puede ajustar ecuaciones en esta área, no maneja (que yo sepa):
- pacientes con diferentes esquemas de dosificación
- pacientes con diferentes horarios de muestreo
- modelado de regresión de efectos mixtos no lineal, que a menudo es necesario para discernir entre efectos fijos y aleatorios.
Si escucha alguno de esos tres, probablemente sea mejor recomendarlo en combinación con SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 No es PK, sino un ejemplo de cómo combinar SAS PROCNLMIXED y JMP.
Espero que ayude.
Atentamente,
ben
Re: ¿JMP para inmunología?Y una reflexión más sobre esto. Dado que los datos provienen de un ensayo clínico... ¿qué utilizan los revisores médicos? 
Quizás JMP Clinical pueda ayudar con eso si aún no los tienen.
Re: ¿JMP para inmunología?Hola @Phil_Kay ,
Este es difícil desde el punto de vista de los datos. Puede utilizar el conjunto de datos de citometría para el análisis de citometría de flujo. También tengo algunos archivos .fcs que JMP puede importar. Todavía no he terminado un flujo de trabajo para incorporar, unir, manipular y luego preparar todos los archivos .fcs para su análisis.
El bioensayo se puede utilizar para curvas de ajuste/no lineales. Existe una opción de curva de ajuste de modelos farmacocinéticos si eso ayuda.
El ensayo de ejemplo del ensayo clínico DOE de Snee debe ser relevante para el DOE y el análisis.
Gran parte de esto será modelado de curvas de ajuste/no lineales.
El análisis del tipo dosis-respuesta también sería similar.
@Byron_JMP tendrá algunas ideas adicionales.
