Hallo zusammen,
Das mag wirklich einfach sein, aber da ich relativ neu bei JMP bin, hatte ich ziemliche Schwierigkeiten mit der Einrichtung eines DOE, das es mir ermöglicht, eine Reihe von Faktoren zu bewerten, einschließlich der Spalten- und Zeilennummer (und ihrer Wechselwirkung) in einer 24-Well-Platte . Mein Problem bestand darin, dass beim Versuch, Spalten und Zeilen in das Design einzubeziehen, einige Positionen möglicherweise zweimal angezeigt wurden und andere überhaupt nicht. Wenn ich versuchte, einen Entwurf zu erstellen, der alle anderen Faktoren berücksichtigte, und dann manuell Positionen zur resultierenden Tabelle und zum Modell hinzufügte, waren die VIFs (dh die Kolinearität) manchmal sehr hoch. Dies könnte auch bei 96-Well-Assays ein Problem sein, allerdings wahrscheinlich weniger, da die Replikate vermutlich durch Zufall stärker verteilt wären.
Nachdem ich eine Weile damit zu kämpfen hatte, habe ich offenbar eine Lösung gefunden, die darin besteht, Spalten und Zeilen als Kovariatenfaktoren in den Entwurf einzubeziehen. Konkret habe ich eine Datentabelle mit allen Zeilen-/Spaltenkombinationen erstellt und bei aktiver Tabelle ein benutzerdefiniertes Design aus dem DOE-Menü ausgewählt. Dadurch konnte ich Zeilen und Spalten als Kovariatenfaktoren in den tatsächlichen Entwurf einbeziehen, und es scheint, dass die Randomisierung nun die Positionen berücksichtigt und die Kolinearität in der Entwurfstabelle minimiert.
Beachten Sie, dass Sie, wenn Ihr Entwurf mehr als eine Platte umfasst, die 24 verschiedenen Zeilen-/Spaltenkombinationen so oft kopieren müssen, wie Sie Platten einbeziehen möchten. Die angehängte Datei „24_plate-9_runs“ besteht einfach aus 9x24 Positionen, die ich als Eingabe für das in „24DWP_DOE-example“ gefundene DOE verwendet habe. Hier habe ich 3 Platten x 3 Tage als „Schwierig“ bzw. „Sehr schwer“ zu ändernde Faktoren einbezogen, was zu einem Design führte, das mir die Bewertung von Tag zu Tag, von Platte zu Platte und von Well zu Well ermöglicht Variation sowie etwaige systematische Auswirkungen der Spalten- oder Zeilennummer. Beachten Sie, dass ich im beigefügten Beispiel die Positionen der Vertiefungen manuell sortiert habe, um die Enzymdosierung mit einem Liquid Handler zu ermöglichen.
Bitte teilen Sie mir mit, ob es einen einfacheren Weg gibt, dies zu erreichen, oder ob mein Ansatz aus irgendeinem Grund hinsichtlich der Qualität des resultierenden Designs fehlerhaft ist.
Großartig, es sieht so aus, als ob es funktioniert! Danke für den Input 
Johan
Hallo
Ich bin auch ziemlich neu bei DoE und hatte ein ähnliches Problem. Ich habe festgestellt, dass die Verwendung des D-optimalen Designs als Optimalitätskriterium (Benutzerdefiniertes Design (rotes Dreieck) -> Optimalitätskriterium) mir die genaue Verteilung lieferte, als ich die Zeilen und Spalten als kategoriale Faktoren hinzufügte. Manchmal musste ich die Berechnungszeit verlängern, um die korrekte Verteilung sicherzustellen (Benutzerdefiniertes Design (rotes Dreieck) -> Design-Suchzeit). 60 s reichten in meinem Fall.
Ich hoffe das hilft,
Katharina
