Ciao a tutti,
Questo potrebbe essere davvero semplice, ma essendo relativamente nuovo a JMP ho faticato parecchio con l'impostazione di un DOE che mi consenta di valutare una serie di fattori tra cui il numero di colonna e di riga (e la loro interazione) in una piastra a 24 pozzetti . Il mio problema era che quando provavo a includere colonne e righe nel progetto, alcune posizioni potevano apparire due volte e altre per niente. Se provavo a realizzare un progetto includendo tutti gli altri fattori e poi ad aggiungere manualmente le posizioni alla tabella risultante e al modello, i VIF (cioè la colinearità) a volte erano molto alti. Questo potrebbe anche essere un problema per i test a 96 pozzetti, anche se probabilmente meno perché le repliche sarebbero presumibilmente più distribuite per coincidenza.
Dopo aver lottato per un po' con questo problema, a quanto pare ho trovato una soluzione che consiste nell'includere colonne e righe nel progetto come fattori di covariazione. Nello specifico, ho creato una tabella dati con tutte le combinazioni di righe/colonne e con questa tabella attiva ho selezionato il design personalizzato dal menu DOE. Ciò mi ha consentito di includere righe e colonne come fattori di covariazione nel progetto effettivo e sembra che la randomizzazione ora tenga conto delle posizioni e riduca al minimo la colinearità nella tabella di progettazione.
Tieni presente che se il tuo progetto prevede più piatti di uno, dovrai copiare le 24 diverse combinazioni di riga/colonna tante volte quanto il numero di piatti che desideri includere. Il file allegato "24_plate-9_runs" è semplicemente 9x24 posizioni che ho utilizzato come input per il DOE trovato in "24DWP_DOE-example". Qui ho incluso 3 piastre x 3 giorni rispettivamente come "Difficile" e "Molto difficile" per modificare i fattori, ottenendo così un disegno che mi consente di valutare giorno per giorno, piastra per piastra e da pozzetto a pozzetto variazione nonché eventuali effetti sistematici del numero di colonna o riga. Si noti che nell'esempio allegato ho ordinato manualmente le posizioni dei pozzetti per consentirmi di dosare l'enzima utilizzando un gestore di liquidi.
Per favore fatemi sapere se esiste un modo più semplice per raggiungere questo obiettivo o se per qualche motivo il mio approccio è difettoso in termini di qualità del progetto risultante.
Ottimo, sembra che funzioni! Grazie per l'input:-)
Johan
CIAO
Sono anche abbastanza nuovo in DoE e ho avuto un problema simile. Ho scoperto che l'utilizzo della progettazione ottimale D come criterio di ottimalità (progettazione personalizzata (triangolo rosso) --> criterio di ottimalità) mi ha fornito una distribuzione accurata quando ho aggiunto le righe e le colonne come fattori categorici. A volte ho dovuto aumentare il tempo di calcolo per garantire la corretta distribuzione (Design personalizzato (triangolo rosso) --> Tempo di ricerca del design). Nel mio caso sono bastati 60 anni.
Spero che aiuti,
Caterina
