Hola a todos,
Esto puede ser realmente básico, pero siendo relativamente nuevo en JMP, me ha costado bastante configurar un DOE que me permita evaluar una serie de factores, incluido el número de columna y fila (y su interacción) en una placa de 24 pocillos. . Mi problema fue que cuando intenté incluir columnas y filas en el diseño, algunas posiciones podían aparecer dos veces y otras no aparecer en absoluto. Si intentaba hacer un diseño que incluyera todos los demás factores y luego agregaba posiciones manualmente a la tabla resultante y al modelo, los VIF (es decir, la colinealidad) a veces eran muy altos. Esto también podría ser un problema para los ensayos de 96 pozos, aunque probablemente menos porque las réplicas presumiblemente estarían más dispersas por coincidencia.
Después de luchar con esto por un tiempo, aparentemente encontré una solución que consiste en incluir columnas y filas en el diseño como factores covariables. Específicamente, hice una tabla de datos con todas las combinaciones de filas/columnas y con esta tabla activa seleccioné el diseño personalizado del menú DOE. Esto me permitió incluir filas y columnas como factores covariables en el diseño real y parece que la aleatorización ahora tiene en cuenta las posiciones y minimiza la colinealidad en la tabla de diseño.
Tenga en cuenta que si su diseño incluye más de una placa, deberá copiar las 24 combinaciones diferentes de fila/columna tantas veces como la cantidad de placas que desee incluir. El archivo adjunto "24_plate-9_runs" es simplemente posiciones de 9x24 que utilicé como entrada para el DOE que se encuentra en "24DWP_DOE-example". Aquí, incluí 3 placas x 3 días como "Difícil" y "Muy Difícil" para cambiar los factores, respectivamente, lo que resultó en un diseño que me permite evaluar día a día, placa a placa y pozo a pozo. variación, así como cualquier efecto sistemático del número de columna o fila. Tenga en cuenta que en el ejemplo adjunto he ordenado manualmente las posiciones de los pocillos para permitirme dosificar la enzima utilizando un manipulador de líquidos.
Avíseme si existe una manera más fácil de lograr esto o si por alguna razón mi enfoque es defectuoso en términos de la calidad del diseño resultante.
¡Genial, parece que funciona! Gracias por el aporte:-)
johan
Hola
También soy bastante nuevo en el DoE y tuve un problema similar. Descubrí que usar el Diseño óptimo D como criterio de optimización (Diseño personalizado (triángulo rojo) -> Criterio de optimización) me dio la distribución precisa cuando agregué las filas y columnas como factores categóricos. En ocasiones tuve que aumentar el tiempo de cálculo para asegurar la distribución correcta (Diseño personalizado (triángulo rojo) --> Tiempo de búsqueda del diseño). 60 s fueron suficientes en mi caso.
Espero que esto ayude,
catalina
