échantillons aléatoires simples de colonnesBonjour,
Je sais comment utiliser JMP pour créer un SRS en utilisant des lignes mais pas des colonnes. J'ai 118 000 colonnes dans le cadre d'un transcriptome et je souhaite calculer l'écart type pour tous les gènes (c'est-à-dire pour toutes les lignes). Cela entraînerait le crash de JMP sur un Macbook Air doté de 8 Go de RAM. Par conséquent, je me demande si je peux simplement sélectionner des groupes de 5 000 ou 10 000 gènes et calculer un écart type entre eux. Ensuite, je peux prendre l'écart type moyen de plusieurs SRS (chaque colonne est un gène unique.). Si je transpose le tableau là où se trouvent les gènes dans les lignes, l'étape de transposition elle-même provoquera le crash de JMP ! Des idées?
PS : je joindrais bien le fichier de données, mais il fait 80 Mo !
Re : échantillons aléatoires simples de colonnesOui, j'ai essayé de calculer un écart type sur 118 000 colonnes, mais cela bloque JMP et j'abandonne généralement après quelques heures. Je peux cependant essayer de le laisser fonctionner toute la nuit ce soir.
De plus, j'ai appris que lorsque vous empilez 118 000 colonnes les unes sur les autres pour 12 échantillons, la table JMP résultante fait plus de 2 Go et est instable ! C'est bizarre car une table de 118 000 colonnes x 12 lignes ne fait que 50 Mo. Je me demande pourquoi un tableau à 6 colonnes x 1,5 million de lignes est tellement plus grand ?
Re : échantillons aléatoires simples de colonnesFélicitations pour avoir trouvé une solution !
Si vous utilisez JMP 14, vous souhaiterez peut-être essayer la formule de colonne suivante dans votre tableau. Puisque vous avez dit que vous aviez une mémoire limitée et qu'un crash est possible, enregistrez d'abord tout ce qui est important.
Std Dev( Current Data Table()[Row(), Index( c1, c2 )] )
où c1 est la première colonne et c2 la dernière, par exemple 6, 118005.
S'il n'y a pas de crash, je supprimerais la formule.
BTW, le tableau empilé est probablement plus efficace pour résumer. Je pose simplement une alternative possible.
Re : échantillons aléatoires simples de colonnes@abmayfield ,
Je ne connais aucun moyen de le faire de manière interactive sans utiliser de script.
Re : échantillons aléatoires simples de colonnesMerci beaucoup. C'est exactement ce dont j'avais besoin. Maintenant, je peux faire du SRS de colonnes OU des données de pile. Juste par curiosité, savez-vous si cela peut être désactivé SANS script dans JMP14 ? Merci,
Anderson
Re : échantillons aléatoires simples de colonnesPour répondre à ma propre question, 118 000 colonnes PEUVENT être empilées, ce qui me permet d'examiner l'écart type de tous les gènes en fonction de mes facteurs de traitement. Mais je vais également essayer ce script de sélection de colonnes aléatoires.
Re : échantillons aléatoires simples de colonnes@abmayfield ,
Si je comprends ce que vous recherchez, vous souhaitez pouvoir sélectionner au hasard "n" colonnes dans un tableau de données ? Essayez de regarder ceci :
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Airline Delays.jmp" );
nColumns = n Cols(dt); <BR /><BR />nSampleCols = 2;
SelCols = As List(Random Index(nColumns,nSampleCols));
dt << Select columns(SelCols);
Je pense que cela permet d'échantillonner au hasard "n" colonnes de la table de données. Maintenant, vous pouvez utiliser l'échantillon aléatoire pour faire ce que vous souhaitez, faites-moi savoir si c'est ce que vous recherchez.
