JMP Pro 18에는 다음과 같은 몇 가지 훌륭한 새 기능이 포함되어 있습니다. 더 많은 유전체학 기능; 빅 데이터에 대한 혼합 모델 및 응답 스크리닝; SEM 업데이트 등이 있습니다. 하지만 특히 마음에 드는 새로운 기능을 하나만 선택해야 한다면 FDE(Functional Data Explorer)의 피크 찾기 기능을 꼽을 것입니다.
피크 찾기가 왜 중요합니까?
많은 회사들이 크로마토그래피 및/또는 스펙트럼 데이터를 보유하고 있습니다. JMP Pro에서 이러한 데이터를 기본적으로 쉽게 분석할 수 있다는 것은 오랫동안 공통된 요청이었습니다.
생명공학 및 제약 산업의 R&D 및 제조 사용자에게 FDE를 보여주면 그들은 즉시 크로마토그래피 응용을 보게 됩니다. 곡선 아래 영역(AUC) 및 분해능 측정법과 같이 사용자가 데이터에서 추출해야 하는 특정 양이 있으며, 이를 위해서는 일련의 크로마토그램 내에서 피크를 식별하고 레이블을 지정하는 방법이 필요합니다. 프로세스 개발의 일부로 사용되는 이러한 수량은 제조 및 규제 요구 사항 충족에 중요합니다. 물론, 최고 데이터를 분석하고 이러한 수량을 보고하는 전문 장비와 소프트웨어가 있지만 JMP 고객들은 JMP 내에서 기본적으로 더 많은 기능을 원한다고 말했습니다. 어차피 JMP에서 데이터가 분석되기 때문입니다. .
JMP Pro에서 피크 찾기를 어떻게 사용합니까?
FDE 모델 메뉴의 피크 찾기 옵션
동료 Ben Barroso-Ingham의 박사 과정 연구에서 얻은 크로마토그래피 데이터 세트를 사용하여 간단한 예를 살펴보겠습니다. FDE의 크로마토그래피 데이터 스크린샷은 다음과 같습니다.
저는 크로마토그램의 가장 중요한 부분에 집중할 수 있도록 이미 FDE의 일부 전처리 도구를 사용했습니다. Ben은 왼쪽의 더 큰 피크에 해당하는 생성물 화합물과 오른쪽의 피크에 해당하는 불순물을 분리하려는 크로마토그래피 장비 설정에 대해 설계된 실험을 실행했습니다.
Ben은 DOE에서 크로마토그래피 컬럼의 물질 온도와 컬럼의 유속 설정이라는 두 가지 요소를 변경했습니다. 요인 설정은 아래 스크린샷에 나와 있습니다.
JMP Pro 18의 피크 찾기 도구를 사용하여 피크를 식별하고 라벨을 붙인 다음 피크 분해능을 추출하여 피크가 서로 얼마나 잘 분리되어 있는지 측정할 수 있습니다. 그런 다음 일반화 회귀와 같은 DOE 통계 모델링 도구를 사용하여 해당 해결 방법을 응답으로 분석할 수 있습니다.
이를 위해 FDE의 Models 메뉴에 있는 Peak Finding 옵션을 사용합니다.
이제 새로운 Peak Editor를 사용할 수 있습니다. 여기에는 데이터를 볼 수 있는 두 개의 탭이 있습니다. 단일 탭 의 최고점을 볼 수 있는 단일 탭
크로마토그램 과 이를 모두 함께 볼 수 있는 멀티 탭이 있습니다. 아래에 보이는 것은 10개 크로마토그램 모두에 대한 다중 보기입니다 .
여기서 목표는 피크를 식별하고 라벨을 지정하여 각 개별 크로마토그램에서 어떤 피크가 어떤 피크인지 알 수 있도록 하는 것입니다. 이 작업이 올바르게 수행되면 요약 탭에서 AUC 및 해상도와 같은 관련 기능을 꺼낼 수 있습니다. 이는 이전 버전의 JMP Pro의 기능적 주성분 분석 결과와 다르지 않지만, 여기에 있는 요약은 피크 유형 데이터에만 적용됩니다.
봉우리 찾기
우리는 자동 피크 감지 옵션을 사용하여 데이터의 피크를 찾고 레이블을 지정하는 측면에서 가능한 한 많은 작업을 수행합니다. 우리의 목표는 이러한 피크 찾기 프로세스를 가능한 한 자동으로 만드는 것이지만, 완전 자동 솔루션이 항상 100% 올바른 답을 얻을 수는 없다는 것도 알고 있습니다. 따라서 자동 피크 감지를 통해 90% 목표를 달성한 다음 필요에 따라 결과를 조정할 수 있기를 바랍니다.
여기서는 자동 피크 감지(Automatic PeakDetection)를 클릭했는데, 크로마토그램당 1~3개의 피크가 발견된 것을 볼 수 있습니다.
일부 크로마토그램에서 피크 검출은 현재 관심이 없는 작은 피크를 발견했습니다. 단일 보기로 이동하여 피크를 선택한 후 제거를 클릭하면 해당 피크를 제거할 수 있습니다.
세 번째 크로마토그램에서 피크 "0"을 제거한 결과입니다 .
빨간색 점선을 이동하여 피크를 추가하고 범위를 조정할 수도 있습니다. 또는 오른쪽의 숫자 입력 상자에 범위를 수동으로 입력할 수도 있습니다.
최종 결과
이 특정 분석의 경우 Peak Finding 사용의 최종 결과는 위 스크린샷에 나와 있습니다. 이 지점에 도달하는 데 몇 초가 걸렸습니다. 원하지 않는 작은 피크를 모두 제거했습니다. 또한 왼쪽 상단의 크로마토그램에서 두 피크를 모두 제거했습니다. 두 피크가 서로 너무 뭉쳐서 하나가 시작하고 다른 하나가 끝나는 위치를 확인할 수 있는 도구가 (아직) 없기 때문입니다.
요약 탭 아래에는 두 피크에 대한 AUC 및 각 샘플에 대한 분해능과 같은 항목이 표시됩니다. 추가 요약 측정값은 빨간색 삼각형 아래(함수 요약 사용자 정의 아래)에서 사용할 수 있습니다.
여기에서 요약을 데이터 테이블에 저장한 다음 JMP의 다른 도구를 사용하여 모델링할 수 있습니다.
피크 찾기의 다음 단계는 무엇입니까?
위의 요약 테이블에서는 일부 해상도(Rs(0,1) 열)가 누락된 것을 볼 수 있습니다. 이는 피크 분해능에 대한 미국 약전 정의를 사용하고 있기 때문입니다. 이는 피크 분해능이 너무 낮아 피크가 전체 높이의 절반에 있는 위치를 관찰하지 못하는 경우 정의되지 않습니다.
이제 JMP Pro에서 앞으로 매우 기대되는 주제인 가우시안 피크의 합을 기반으로 데이터에 비선형 회귀 모델을 맞추는 기능을 추가하는 주제에 대해 알아보겠습니다. 이 기능을 사용하면 JMP Pro 사용자는 여기에서 볼 수 있는 것과 같은 상황, 즉 현재 발생하지 않은 것처럼 간단히 버려야 하는 데이터의 해결이 매우 불량한 피크가 있는 상황에서 데이터를 더 많이 활용할 수 있습니다.
안녕! 잠재 사용자와 공유할 수 있도록 이에 대한 간단한 가이드를 제공해 주실 수 있나요? Discovery EU에서 공유된 것으로 알고 있지만 녹음된 내용을 찾을 수 없습니다.
@chris_gotwalt1님은 JMP Pro에 추가된 훌륭한 기능을 소개합니다. FDE 플랫폼은 내 작업 흐름에서 큰 부분을 차지하므로 여러분이 여기에 투자하는 작업이 마음에 듭니다. 여러분 모두에게 감사드립니다!
두 가지 질문:
1) 가우스(그리고 솔직히 로렌츠/의사-보이트) 합계는 정말 훌륭할 것입니다. 18.1 또는 19 이상의 업데이트입니까?
2) 이미 배경 빼기 기능이 몇 가지 있습니다. 미리 측정된 배경을 사용하는 것을 포함하여 이를 확장할 계획이 있나요? 때로는 배경을 빼기 전에 각 개별 샘플 기능 신호에 맞게 조정해야 하는 경우도 있습니다(때로는 점 단위로). 대상 기능 형태에 대한 버튼과 같은 배경 버튼이 있으면 매우 도움이 될 것입니다.
다시 한번, 여러분이 이 일을 위해 해주신 모든 노력에 감사드립니다!
자동 피크 감지가 작동하려면 FDE에서 데이터에 특수 형식(함수로서의 누적 대 행...)이 필요합니까? 함수 모양에 따라 데이터를 행으로 빠르게 시도해 보았지만 자동 피크 감지가 전혀 반응하지 않았습니다(버튼을 누른 후에도 변화가 없음).
