Altoparlante | Trascrizione |
| Pietro Polito | Ciao Stan, ci sei? |
| ciao Pietro. |
| Pietro Polito | Come va. |
| sto bene. |
| Meraviglioso. |
| Pietro Polito | Come ti senti riguardo al fare il tuo abstract oggi? |
| sì, mi sento piuttosto bene. |
| Va bene, non ho voglia di dedicare un'altra settimana all'allenamento. |
| Pietro Polito | Adesso certo. |
| ho sempre pensato che la perfezione sia nemica del bene. |
| sì sì, hai ragione sì, ho cliccato sul collegamento sbagliato. |
| Oh, mi dispiace, sì, va bene fare clic su Andare nello spazio in cui sto registrando per questo. |
| Pietro Polito | Ah, capisco. |
| Dove sei, siamo noi. |
| Pietro Polito | mi spiace. |
| Va bene, lasciami accostare. |
| Il tuo ascolto conferma alcune cose prima di iniziare, ed è molto inutile vedere il file Excel e pensi che sarebbe in JMP. |
| Solo un attimo, come sta andando la giornata? |
| Fin qui tutto bene. |
| Pietro Polito | Ottimo e da dove chiami? |
| Chiamo da Jeffersonville Indiana, che è proprio dall'altra parte del fiume verso Louisville Kentucky. |
| Pietro Polito | Ok, andrò a Lexington e sarò vivibile a novembre. |
| Oh davvero per una delle conferenze. |
| Pietro Polito | conosco un piacere che è mio. |
| il 40esimo compleanno del cognato e un mucchio di. |
| i ragazzi si incontreranno per una degustazione di whisky. |
| Bene, bene, ora hanno preso la pista borbonica, stai andando, sì. |
| Pietro Polito | è esattamente quello che stiamo facendo. |
| Va bene, solo un momento qui, Stan. |
| Ok, e quando hai finito, fammi sapere, lascia che ti dia il mio numero di cellulare. |
| Pietro Polito | Va bene, stiamo guardando. |
| La previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca o altro tuo abstract. |
| No, è colpa dell'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Ok, quindi il titolo serve solo a confermare la previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca da dati clinici di laboratorio limitati utilizzando JMP. |
| questo è tutto. |
| Pietro Polito | Ok, e devo esaminare alcune cose qui. |
| Non hai co-presentatori corretto. |
| Esatto e quindi devo confermarlo verbalmente, comprendi che questo è stato registrato per la conferenza del discovery summit di JMP e sarà disponibile pubblicamente nella comunità degli utenti JMP, dai il permesso per questa registrazione e il suo utilizzo. |
| Sto benissimo. Grazie mille, tutto bene. |
| Puoi dire solo qualche parola, voglio solo assicurarmi che l'audio arrivi chiaramente. |
| Ok, lasciami, lasciami iniziare, mi chiamo Stan Saran di Itch e sono l'analista principale della Crucial Connection LLC. |
| E mi trovo a Jeffersonville, Indiana, proprio di fronte al fiume Ohio rispetto alla famosa Louisville, Kentucky, e oggi vi parlerò della previsione dell'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Perfetto, va bene, sta arrivando. Bello e chiaro. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Lasciami solo quindi ci sono alcune cose che dobbiamo fare in modo che le immagini arrivino chiaramente. Dobbiamo controllare il tuo display se sei su un computer Windows. |
| Utilizzo un computer Windows 10 e lavorerò sul mio monitor esterno. |
| Pietro Polito | Ok, quindi se potessi semplicemente andare alla barra di ricerca in basso e digitare display. |
| barra di ricerca barra in basso oh. |
| Pietro Polito | sì, se ti dispiace condividere il tuo schermo, mentre lo fai, posso farlo. |
| controlla le cose, sì. |
| sì, ho avuto qualche problema con questo, per non dire. |
| Condividiamo lo schermo ma ogni tanto perderei la condivisione dello schermo. |
| Pietro Polito | Oh, puoi verificarlo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi in basso vedrai il pulsante di condivisione dello schermo. Oh, lo sei, mi dispiace che sia colpa di mio padre. |
| Ok sì, quindi digita fai clic su quella lente d'ingrandimento. |
| E digita display. |
| Va bene. |
| Dove. |
| Pietro Polito | Puoi semplicemente iniziare a digitare, il cursore è già in posizione. |
| Oh eccolo qua. |
| Pietro Polito | Oh, non penso che tu voglia premere Invio quando provi un'altra volta. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi vai a cambiare la risoluzione. |
| E la gestione Microsoft. |
| Pietro Polito | ha detto oh è tu, lo sai, scommetto che è sull'altro tuo monitor. |
| sì, è sull'altro mio monitor. |
| Pietro Polito | Ok, ti dispiacerebbe trascinarlo fino a questo. |
| Va bene. |
| SÌ. |
| Pietro Polito | Non riesco ancora a vederlo, vedo solo la finestra del tuo browser. |
| E questo è. |
| Pietro Polito | Perché stava dicendo. |
| sì, lo stesso stesso problema che abbiamo avuto. |
| Pietro Polito | Quindi hai condiviso l'intero schermo o hai condiviso solo un file. |
| finestra, ho pensato, ho condiviso l'intero schermo. |
| Nuova condivisione. |
| il problema è che molte volte coprirà il mio. |
| Barra di controllo per la riunione zoom. |
| Ah. |
| Ecco perché sto cercando di farlo in questo modo. |
| Puoi vedere la programmazione, forse vedere come è arrivato lì. |
| Pietro Polito | questo è quello che vedo è che la pianificazione è diventata semplice. |
| sì, libero di farlo. |
| E probabilmente sto guardando la mia prospettiva. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E vorremo comunque chiudere Outlook, prima di iniziare. |
| sì sì, ora che siamo connessi non ho bisogno di finestre extra, lasciami chiudere così vado a tutte le finestre aperte. |
| Ok, ci siamo. |
| E questo è tutto ciò di cui ho bisogno. |
| Nuova condivisione in cui condividerò lo schermo. |
| Lasciamelo trascinare. |
| Qui, quando clicco su un nuovo pulsante di condivisione. |
| Vedi il mio desktop. |
| Pietro Polito | Vedo una tenda verde. |
| Con un bellissimo. |
| tramonto nel Latteo. |
| sì, sì, lasciamelo fare. |
| Torna qui per visualizzare nuovamente tutte le ricerche visualizzate. |
| Vedi la mia barra di ricerca. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E poi canta che vuoi fare clic per modificare la risoluzione del display, quindi grazie per l'opzione in basso. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Eccoci qua, quindi eri nel 1920 ma va bene, perfetto è quello a cui vogliamo arrivare. |
| Ok, e poi puoi andare a chiuderlo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | E poi fai clic con il pulsante destro del mouse sulla barra delle applicazioni in basso. |
| e vai alle impostazioni della barra delle applicazioni. |
| cliccalo. |
| Sì. |
| Pietro Polito | Sì. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi è la seconda opzione in basso. |
| testalo automaticamente lì, andiamo. |
| Va bene, qualsiasi altra cosa qui. |
| uno. |
| Pietro Polito | puoi andare a chiuderlo. |
| E poi l'ultima cosa che vogliamo fare è scendere. |
| Ti piace. |
| Schede di notifica o altro per assicurarsi che tutto ciò che potrebbe dare un popup sia chiuso. |
| sì, ho chiuso tutto prima di accedere. |
| Ok, l'unico problema è che la barra di controllo è ancora attiva sul monitor del mio laptop e sto ancora guardando la barra di test sul monitor della scheda Yelp ed è quella da cui voglio presentare. |
| Pietro Polito | Ok, ehm. |
| torniamo lì e vediamo se cambia automaticamente. |
| Ok, forse provo a fare clic sul desktop e forse questo lo farà sparire. |
| sì, eccoci qua. |
| Eccoci lì, andiamo. |
| Pietro Polito | Va bene, quindi una volta che noi. |
| Stiamo registrando adesso, quindi. |
| Ora sto attento a questo. |
| Pietro Polito | sì, se lo è. |
| Se salta fuori non è la fine del mondo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Desideri. |
| volere. |
| Una volta che inizi a presentare, disattiverò l'audio, la mia fotocamera sarà spenta, diventerò un fantasma e penserai che non stai parlando solo da solo. |
| Se tu. |
| ti senti come se avessi appena creato un'aria catastrofica e vuoi ricominciare tutto da capo, va benissimo, sfortunatamente. |
| Il modo in cui ci fanno fare questo, se sei lì, non saremo davvero in grado di modificare qualcosa nel mezzo, fondamentalmente dobbiamo farlo in una sola volta se in futuro, finisci questo e poi realizzi Oh , Avrei davvero voluto dire questo, invece di quello. |
| Quando questi vengono effettivamente presentati. |
| lo sarai, hai la possibilità di essere in diretta, quindi possiamo sempre mettere in pausa il video e puoi dire Ok, sai, ho detto male qui quello che stavo davvero cercando di trasmettere X, Y o Z e tu avrò l'opportunità di farlo in tempo reale. |
| metti le cose in chiaro, quindi se, come ti rendi conto domani o il giorno dopo o qualcosa del genere, ma se in questo momento senti che volessi dirlo in modo completamente diverso, possiamo semplicemente ricominciare da capo. |
| Ok, bene, speriamo di non doverlo fare, ho avuto problemi con Sharon a precisarlo e Nick si è fermato immediatamente, e ho chiesto loro di farlo immediatamente. |
| E questo deve essere eliminato, lo sai. |
| Pietro Polito | ehm sì sì. |
| Ok, allora. |
| Bene. |
| Va bene, lascerò che siano i miei colleghi che lo stanno producendo a lavorare su questo. |
| Per te mettiamo temporaneamente in pausa la registrazione. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Va bene, disattiverò il video. |
| Per un secondo. |
| Prima di iniziare, voglio controllare la condivisione dello schermo. |
| Perfetto, ok. |
| Ora voglio dover visualizzare la barra delle applicazioni. |
| Pietro Polito | No, va bene, va bene. |
| Ok, il problema è che vogliamo solo il massimo. |
| sì sì, va bene. |
| Pietro Polito | pollice quadrato durante la presentazione. |
| Ok, ecco l'altro accordo con cui ho avuto problemi, sia martedì che la settimana scorsa, quando ho fatto finta di fare ricerche sugli analisti del triangolo, è una specie di storia, ma non ho intenzione di non fare la modalità di presentazione. |
| Pietro Polito | Ok va bene. |
| Ok, quindi ce l'ho e vediamo se vedi il mio PowerPoint lassù. |
| Pietro Polito | Vedo il tuo PowerPoint. |
| Ok, ora che ne dici se venissi qui? |
| Pietro Polito | E vedo il mio schermo. |
| super Lasciami chiudere questa schermata e aprire l'altra schermata del lavoro. |
| Dai. |
| Vedi, questa è una nuova schermata JMP con. |
| script e finestra di script. |
| Io faccio. |
| Va bene, sì, in parte durante la presentazione e ho smesso di farlo e ho dovuto interrompere la condivisione e poi ricondividere, quindi lo spero. |
| Pietro Polito | Va bene. |
| va bene, va bene, bene, ora disattiverò il microfono. |
| E tu. |
| Fai solo tutto bene, buona fortuna. |
| Okay grazie. |
| Buongiorno, buon pomeriggio o buonasera a tutti. Il mio nome è Stan Siranovich. E io sono l'analista principale Crucial Connection LLC. |
| E ci troviamo a Jeffersonville, nell'Indiana. Proprio dall'altra parte del fiume Ohio rispetto alla storica Louisville, nel Kentucky. |
| E come puoi vedere, oggi sullo schermo ti parlerò della previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca a partire da dati clinici di laboratorio limitati utilizzando JMP Pro 16. |
| Ora, cosa sono questi, |
| sono una raccolta di cartelle cliniche. 299 cartelle cliniche per l'esattezza di pazienti con insufficienza cardiaca. E sono stati raccolti presso la struttura [incomprensibile] dell'Istituto di Cardiologia e [incomprensibile] in |
| [incomprensibile] Pakistan. E sono stati raccolti tra aprile e dicembre del 2015. Ora sono stati pubblicati, |
| originariamente, nel BMC Medical Informatics and Decision Making Journal, volume 20 nel 2020 di due autori Chicco e Jurman. |
| E ciò che gli autori volevano fare era creare un modello per valutare la probabilità di morte per insufficienza cardiaca. |
| E il modello doveva essere relativamente semplice e, si spera, essere utilizzato da ospedali e professionisti per valutare la diversa gravità delle malattie cardiovascolari. |
| Adesso entrano un po' nella storia e lo farò anch'io, ma spiegano molto brevemente il motivo per farlo, gli autori lo notano. |
| i dati esaminati e i modelli derivati dai dati avevano una bassa riproducibilità e avevano anche una serie di fattori diversi tra i primi cinque o i primi sei. |
| Per predire l'insufficienza cardiaca, solo due continuavano a riapparire, ed erano il volume di eiezione e la creatinina. E ho intenzione di andare oltre |
| cosa sono in appena un minuto o due una volta avviata l'analisi. Ora, ciò che hanno fatto gli autori è stato utilizzare 10 diversi metodi avanzati di apprendimento automatico per prevedere l’insufficienza cardiaca. |
| Quindi hanno eseguito 10 script di apprendimento automatico. Hanno usato alberi decisionali casuali della foresta, potenziamento del gradiente, tutto il normale sospetto. Mi scusi. E quello che hanno fatto è stato valutarli su sette distinti sistemi di apprendimento automatico |
| metrica. E hanno scoperto, senza loro sorpresa, che la creatinina sierica e il volume di eiezione erano variabili significative. E i gestiti escludono tutte le altre variabili. |
| E non era così quando abbiamo eseguito l'analisi in JMP Pro 16. Quindi, daremo un'occhiata a questo e parlerò un po' della variabile Età, ma, |
| prima di farlo, vorrei richiamare JMP. |
| Ed ecco la tabella dati JMP con cui lavoreremo. |
| Se non hai familiarità con JMP, lasciami andare brevemente qui, dove ho il cursore e abbiamo la finestra dello script. Seguito dalla finestra della colonna. Puoi vedere che abbiamo 13 colonne senza nulla selezionato ed ecco la finestra delle righe e abbiamo 299 righe. |
| Anche se ho scaricato. Funziona così: sono andato a Kaggle. Hanno pubblicato tutto su Kaggle, |
| affinché altre persone possano esercitarsi, per così dire. E negli anni successivi, alcuni stati lo hanno inserito, ci sono state 177 richieste separate. Erano tutti open source e circa una dozzina di quelli che ho guardato lo erano tutti |
| come pensiamo normalmente, sono le due piattaforme Open Source più popolari. Hanno anche inserito l'analisi originale, che è stata eseguita nel linguaggio di programmazione statistica R, e hanno pubblicato tutto il codice su GITHUB. Quindi vediamo cosa possiamo fare con JMP. |
| Ora, esaminiamo le variabili a cui alludevamo in precedenza. Prima di tutto, abbiamo la creatinina fosfochinasi. Quello è un enzima. |
| Ed è un indicatore di danno muscolare. Abbiamo anche la creatinina sierica, che è una sostanza chimica presente nel sangue. |
| Ed è un indicatore sia del danno muscolare che dell'insufficienza renale e abbiamo parlato di danno muscolare qui stiamo pensando all'insufficienza cardiaca. |
| Abbiamo anche la frazione di eiezione, che è la percentuale di sangue che lascia il cuore e che deve caricare la frazione di didascalia che è un indicatore di danno al muscolo cardiaco. Abbiamo anche il sodio sierico, |
| che è una misurazione di routine eseguita con analisi del sangue. E qui valori molto bassi, forse un indicatore di insufficienza cardiaca. |
| Dovremmo anche notare che abbiamo quello che potremmo definire un insieme di dati in equilibrio. Questo è, |
| abbiamo avuto un... beh, non dovremmo chiamarlo positivo... un evento mortale nel 32% dei casi qui e una sopravvivenza nel 68%. Quindi è sì, uno a due |
| abbiamo un terzo delle persone che hanno sofferto di insufficienza cardiaca, due terzi lo hanno fatto ora. Dovremmo anche menzionare che qui abbiamo un set di dati relativamente piccolo. |
| 299 righe. Molto piccolo per i registri cardiaci. Iniziamo quindi con l'analisi e consentitemi di visualizzare un'altra tabella di dati JMP. |
| E questa è questa tabella di dati proprio qui, e lasciami liberarmene. Lo trascinerò sull'altro schermo. |
| Ok, stiamo esaminando la tabella dei dati e ci ho già lavorato un po', riorganizzo alcune cose e noterai qui sotto, |
| anemia, diabete, ipertensione, sesso e fumo. Quando l'ho importato originariamente in JMP, gli è stato fornito un file continuo |
| distribuzione o continua |
| tipo di dati e quello che ho fatto è stato cambiarli. Ad esempio se vieni qui e guardi l'anemia, o meglio ancora la pressione alta. |
| Pressione sanguigna alta: abbiamo zero e uno, e non hanno detto veramente dove fosse il limite. Sarebbe stato carino avere qui dei dati continui con il |
| sistolica e diastolica. Non è così. Quindi è su questo che dobbiamo lavorare e io li ho cambiati tutti. E vedrai anche quelle piastrine |
| è nascosto. |
| E questo perché li ho nascosti ed esclusi, dovrei dire, e questo perché dovevo pulirli e c'è un'altra cosa che voglio fare. |
| E, mostrarti come farlo di proposito, non l'ho fatto, vado qui per invecchiare e lo nasconderò. |
| Inoltre lo escluderò, cioè è nascosto dal grafico per la visualizzazione, verrà escluso da qualsiasi calcolo, nel caso in cui lo trascini accidentalmente con qualcos'altro e spiegherò i motivi per farlo in un po. COSÌ, |
| lo faremo, in modo leggermente diverso. Inizierò, scusatemi, con l'analisi, e poi una volta terminata l'analisi tornerò indietro e farò un po' di pulizia e vi spiegherò man mano che procedo. |
| Quindi veniamo qui per |
| Analizzare |
| E |
| per seguire qualcos'altro per un secondo. Ok, comunque la presentazione di PowerPoint sarà sul sito web del Discovery Summit, e ho alcune schermate lì dentro e un po' di spiegazioni, così puoi seguirle se vuoi farlo per te stesso. |
| Quindi, la prima cosa che farò è andare qui nel menu Analizza, fare clic su di esso e poi scendere qui in Modellazione predittiva. |
| E qui abbiamo un sacco di scelte tra cui Confronto modelli e Screening modelli. Qui per Model Screening si dice: "si adatta a molti modelli predittivi diversi in modo da poter selezionare il migliore". |
| Quindi, sembra che volessimo farlo, vorremmo fare un parallelo |
| l'analisi originaria. E c'è questa finestra che abbiamo e se noti qui in basso a sinistra, abbiamo una scatola |
| e contiene una casella di controllo che ci dice quali modelli eseguiremo, questa è l'impostazione predefinita. |
| Quindi, verrà eseguito, ad esempio, Decision Tree, Bootstrap Forest, Boosted Tree, Fit Least Squares, tutto quel genere di cose. Tutti i nostri preferiti. Ed ecco, ce ne sono 11 per noi e JMP lo farà automaticamente. Quindi, MORTE_EVENTO, |
| questa sarà la mia risposta Y. E quello che farò è giusto |
| fai clic trascina seleziona tutte le variabili qui e le inserirò come fattori X. |
| E farò clic su OK. |
| E noi ci sediamo e lasciamo che JMP faccia il suo dovere. |
| Ed eccolo qui. Ecco il risultato che otteniamo. |
| Quindi risolviamo questo problema. Ecco i dettagli. Possiamo vedere i vari |
| analizza che stiamo eseguendo se clicchiamo su questo triangolo grigio. |
| Possiamo vedere più dettagli e i dettagli presenti nella finestra dipendono dall'analisi particolare e quindi dall'esecuzione. Se vogliamo andare oltre, ovviamente, possiamo fare clic sul punto caldo rosso e abbiamo alcune scelte aggiuntive. |
| Quindi, questo è quello che abbiamo quaggiù, e quando lo ha fatto ha aperto anche questa scatola qui ed è etichettata come allenamento. E questo è il risultato dell'esecuzione di tutti i dati come set di addestramento. In altre parole, non c'era alcuna formazione. |
| Non c'era nessun set di prova. Mi scusi, c'era un set di allenamento, ma c'era un set di prova. E non c'era alcun set di convalida e questo perché non abbiamo effettuato alcuna selezione. |
| Questo è solo uno screening e ci dice quale ha avuto i migliori risultati migliori in allenamento. Ok, quindi vediamo il numero di colonne qui, quindi procediamo |
| esaminateli brevemente. Entropia R al quadrato è |
| semplicemente una R al quadrato ed è, |
| beh, è una misura che si confronta con le probabilità logaritmiche del modello adattato, quindi è un valore logaritmico. |
| E abbiamo il tasso di errore di calcolo, l'area sotto la curva qui, ovviamente alta sarà migliore. |
| E abbiamo il RASE, che è il tasso di previsione della radice quadrata media. Quindi, questa è la differenza tra probabilità uno e p. |
| Questa è la probabilità adatta per il modello elaborato da JMP. E abbiamo l'R quadrato generalizzato che è ciò che tutti pensano come R quadrato. È un |
| misura... viene applicato ai modelli di regressione, e se otteniamo un adattamento perfetto, ne abbiamo uno, e se non ci adattiamo, abbiamo zero. Sono classificati qui, quindi Bootstrap Forest è risultata la migliore. |
| E vediamo cos'altro voglio dire, controlla i miei appunti. |
| Penso che sia tutto, potremmo |
| vieni di nuovo qui |
| e apriamo la foresta Bootstrap e controlliamo i risultati, e potremmo vedere per il nostro allenamento impostato qui diamo un'occhiata alla matrice di confusione. Ci dà |
| i dati di addestramento qui, gli stessi dati che abbiamo visto, ma questo è solo per la foresta bootstrap e qui abbiamo la matrice di confusione che abbiamo previsto contano. |
| E qui sotto abbiamo il tasso previsto per la foresta Bootstrap. E se non hai familiarità con questo o la tua memoria è un po' arrugginita, ciò che fa è mostrarci il conteggio |
| eventi di morte che erano eventi di morte effettivi con valore zero, e cioè il paziente sopravvissuto quaggiù, l'83, |
| abbiamo avuto un evento di morte con valore pari a uno, il che significa che il paziente non è sopravvissuto. E questo è il conteggio assoluto, quindi vogliamo guardare la diagonale che va dall'alto a sinistra verso il |
| in basso a destra e qui in diagonale dall'angolo in basso a sinistra all'angolo in alto a destra quelli sono il conteggio errato. Quindi ne abbiamo avuti 13 |
| tempi qui in cui si prevedeva la sopravvivenza, e non erano sopravvivenza. Erano morti. E poi nella seconda casella grigia qui abbiamo gli stessi dati, ma si tratta della velocità. Il che, nel nostro caso, è una misura leggermente migliore, perché abbiamo un set di dati sbilanciato, quindi lo chiuderò. |
| E poi, |
| quello che faremo è andare in modalità Analizza e adatta. E il motivo per cui vogliamo farlo è che gli adatteremo un modello di regressione, che è molto più facile da capire per le persone e ci darà |
| dacci la possibilità di metterci in mostra |
| la capacità di interagire in JMP. Quindi, quello che farò è chiuderlo e andrò qui per analizzare, eccoci qui, per |
| Modello adatto. |
| E bene, |
| Sappiamo che le variabili ora, prima di tutto, lasciatemi salire qui |
| inserirà DEATH_EVENT come ciò che vogliamo prevedere. E sappiamo e abbiamo visto che la Creatinina, no, è quella sbagliata. La frazione di eiezione |
| ed eccolo qui. |
| Siero di creatinina |
| sono variabili importanti. E anche l’età è emersa in un paio di analisi. Quindi, lasciamelo inserire se riesco a trovarlo. |
| Aspettare. |
| Vorrei ricominciare daccapo, qualcosa è stato tralasciato. |
| ehi Peter, possiamo fermarci un secondo. |
| Quindi quello che farò è venire qui ad analizzare, |
| Modello adatto. E Y sarà DEATH_EVENT. |
| E quello che farò è che, poiché il numero di modelli ritiene che l'età sia una variabile importante, aggiungerò l'età. E ho intenzione di inserirlo |
| frazione di eiezione e creatinina sierica. |
| Ora, gli autori non hanno ritenuto che l'età fosse una variabile significativa, ma io l'ho fatto, quindi penso che potrebbe esserci un'interazione e JMP ci consente di gestirla molto facilmente. Quindi, in questo modo, clicco sull'età |
| e la frazione di eiezione invece di fare clic su Aggiungi, |
| Vengo qui |
| clicco Croce e vado a invecchiare. |
| E |
| siero di creatinina. |
| E questo è il clic di controllo. |
| E lo aggiungeremo quindi abbiamo. |
| Età, frazione di eiezione, aspetta un attimo. |
| Penso che quello l'abbia semplicemente fatto con un dito grasso. |
| Eccoci qua. |
| Ora è lì, quindi ha le due interazioni e possiamo vedere qui che ci ha dato una scelta per la Personalità. E ciò che faremo è accettare l'impostazione predefinita, ovvero la logistica nominale. |
| E abbiamo altre scelte qui, ma resteremo fedeli a quelle. |
| E farò clic su Esegui. |
| Ed ecco cosa otteniamo. |
| Ok, allora. |
| Dobbiamo registrare il valore qui, che è sostanzialmente meno. |
| logaritmo in base 10 di questo valore di probabilità qui. E il motivo per cui lo facciamo, cioè, rende più facile lavorare, scusatemi, più facile da rappresentare graficamente e più facile per gli esseri umani capirlo. Quindi, vediamo quel numero uno nell'elenco. |
| È la frazione di eiezione, scusatemi, che è ciò che hanno scoperto gli autori. Il numero due è la creatinina sierica, ma l’età è ancora il numero tre ed è altamente significativa. |
| E abbiamo guardato dentro |
| interazioni e vediamo che non sono significative. A proposito, questa linea blu qui vale due. Sono le due. |
| E lo inseriscono o semplicemente per renderlo più facile da vedere. E il motivo per cui ne ho scelti due è perché si tratta di un log pari a .01, che è il livello di significatività scelto da JMP come predefinito. |
| Ma veniamo qui e vediamo che il valore logaritmico o il valore e l'equazione di regressione saranno relativamente bassi, ma siamo qui e 0,05 che potrebbe essere un limite in molti progetti sperimentali. Potrebbe essere tagliato in molti. |
| l'analisi funziona, quindi ne prenderemo nota, anche se qui la ignoreremo, perché non supera il nostro limite di .01. |
| Potrebbe interessare i medici. Potrebbe dare loro qualcos'altro a cui prestare attenzione e potrebbe benissimo essere significativo in un set di dati diverso. E qui abbiamo tutti i soliti dati. Vediamo cosa possiamo guardare, lasciami scorrere verso il basso, okay. |
| Abbiamo le probabilità del chi quadrato in cui non entrerò, e qui abbiamo le stime che sarebbero il coefficiente nella nostra equazione di regressione. |
| Questo è quello che abbiamo trovato. |
| Quindi lasciatemi minimizzare questo e ora andremo alla pulizia e all'esplorazione, il motivo per cui l'ho fatto, senza prima pulire è perché negli articoli originali non c'era menzione di alcun |
| pulizia e sorta di muting di dati di sorta. Hanno semplicemente preso i dati e su di essi hanno eseguito i loro modelli. |
| E mi piace guardare prima i miei dati. Quindi, diamo un'occhiata a un paio di cose qui. Prima di tutto, se veniamo qui, |
| e facendo clic su quella piccola icona possiamo mostrare i grafici dell'intestazione. E mi piace farlo. Quindi, facciamo clic su 1 qui, che è |
| evento di morte positivo, se posso usare questi termini. |
| E ciò che fa è evidenziare tutte le righe con un evento di morte pari a 1. Se volessimo dare un'occhiata più da vicino, e possiamo vedere se c'è qualche tipo di correlazione con le altre variabili che potrebbero saltarci fuori e non c'è molto lì. |
| La mia finestra, ma abbiamo notato una cosa: abbiamo delle distribuzioni davvero, davvero distorte per |
| creatinina fosfochinasi e per la creatinina sierica che sembra un po' strana. Non c'è nient'altro là fuori, possiamo eliminarlo |
| facendo clic in qualsiasi altro punto del grafico e, a proposito, se non lo conosci, queste cose sono |
| dragable se vogliamo espandere qualcosa. |
| Ora da lì andiamo al Costruttore di grafici. |
| Vediamo. |
| Ti dirò una cosa dal momento che siamo preoccupati per la selezione di quella colonna, che è creatinina fosfochinasi e clic su Maiusc. |
| Per la creatinina sierica e, oh, quasi dimenticavo prima di farlo |
| facciamo clic con il tasto destro |
| E possiamo andare direttamente da qui a Distribuzione, e questa è la stessa cosa che otteniamo se andiamo su Grafico e Distribuzione. Abbiamo potuto vedere che abbiamo una distribuzione altamente distorta in entrambi. |
| E abbiamo molti valori anomali qui, ci sono solo quantili qui e lo chiuderò. Lasciami chiudere. Non ne abbiamo davvero bisogno. |
| E diamo un'occhiata alle statistiche riassuntive, permettetemi. |
| Ecco, guardiamo la creatinina fosfochinasi, abbiamo una media di 581, una deviazione standard di 970. Quindi, è un po' strano. Questo è ovviamente molto lontano da quello che sarebbe un caso ideale e qui per la creatinina sierica voglio dire che abbiamo una media |
| di io lo chiamo 1.4 e la deviazione standard di 1.0. Quindi neanche questa è una situazione ideale. E ci ha fornito anche altre informazioni e se è un po' difficile da vedere su questo grafico, ma se non lo sei |
| abituato a guardare i grafici a scatola molto velocemente, i baffi sono 1,5 volte l'intervallo interquartile, che è la differenza tra il 25° percentile, che è il fondo della scatola, qui e il 75° percentile, che è la parte superiore. |
| Il diamante ci dà la media e la linea ci dà la mediana. E, per renderlo un po' più chiaro, posso espanderlo, e puoi vederlo un po' meglio e ci sono un sacco di valori anomali lì. |
| COSÌ, |
| tenere presente che la creatinina sierica era una delle nostre variabili fortemente predittive. Potremmo anche esaminarlo un po' più in dettaglio |
| andando al Costruttore di grafici. |
| Andiamo quindi a Graph, Graph Builder. |
| E questa è la finestra che otteniamo. |
| Bene, lo sappiamo facendo le nostre ricerche e |
| alcuni argomenti, conoscenza se non esperienza in materia che la creatinina fosfochinasi viene continuamente prodotta dall'organismo. E reagisce |
| un precursore di quella che diventerà la creatinina sierica, quindi forse c'è qualche relazione tra i due e vorremmo anche esaminare quelle, beh, distribuzioni insoddisfacenti, per così dire. Quindi qui la creatinina fosfochinasi. |
| E lo inseriremo nell'asse X semplicemente facendo clic qui sotto. |
| E faremo lo stesso con la creatinina sierica nell'asse Y ed ecco cosa otteniamo. Quindi, abbiamo notato che la creatinina sierica Y va da zero a 10 e mentre |
| creatina fosfochinasi, amico, che arriva proprio qui |
| a quasi 8000. Ora possiamo fare una cosa. |
| Basta fare clic e trascinare e possiamo estenderlo un po' di più. Ma l'altra cosa che possiamo fare |
| è fare doppio clic sul nostro asse e otteniamo questa finestra. Non entrerò nei dettagli su questo, ma veniamo qui e guardiamo la scala e vediamo il massimo una volta superato 8000. E, guardando il grafico qui sotto , lasciami trascinarlo via. |
| Certamente, la maggior parte dei nostri valori per la creatina fosfochinasi sono inferiori a 1000. In effetti sembra che una buona parte di essi siano inferiori a cinque o seicento. |
| COSÌ, |
| Non devo. |
| cambialo in |
| scegliamo 800. |
| Va bene. |
| E questo ci dà un grafico solo di quei punti dati. Tagliamo via tutti gli altri e vediamo che è praticamente una linea retta. Non esiste una vera relazione tra loro e abbiamo anche alcuni valori anomali qui su |
| creatinina sierica, molto quassù a 10. E questo sembra un lato del valore negante qui, quindi potrebbe essere opportuno che torniamo indietro e diamo un'altra occhiata a quelli magari eliminiamo alcuni dei valori anomali per vedere se entriamo e diventiamo diversi risultati. |
| E questo è più o meno tutto, lasciatemi minimizzare. |
| Dai un'ultima occhiata al set di dati. |
| Oh sì, creatinina sierica. |
| Lo inseriamo come un continuo, ma se lo guardi qui nella colonna il nostro conteggio minimo è qui, nella prima cifra decimale, quindi abbiamo la possibilità di 10 valori lì più altri 10 valori per la maggior parte |
| sembra che siano sotto i 2 o 3. Quindi, ecco, potrebbero esserci delle domande su come vogliamo trattarlo a seconda dell'analisi. |
| E lo vogliamo certamente dalla nostra analisi. Lo useremo. Vogliamo davvero considerarlo, come una variabile continua o possiamo considerarlo come una variabile ordinale con forse, |
| Non lo so, |
| 20 valori diversi per quella variabile ordinale. 20 o 25 o qualunque cosa venga fatta frequentemente nelle analisi di marketing, ma di solito non viene fatta qui, ma è qualcosa da considerare. Quindi, lasciamelo |
| torna qui per un riepilogo. Torna al PowerPoint. |
| E permettetemi di espanderlo e spero che tutti possano vederlo, quindi ecco cosa avevamo. |
| Abbiamo 11 modelli diversi che JMP ha selezionato per impostazione predefinita e li abbiamo ottenuti e li abbiamo riuniti tutti semplicemente andando su Analisi, Modellazione predittiva e Screening dei modelli. Abbiamo riscontrato che la creatinina sierica, l'età e la frazione di eiezione erano tutti significativi. |
| E abbiamo scoperto che l'interazione della frazione di eiezione incrociata con l'età potrebbe giustificare ulteriori studi clinici, anche se non era realmente significativo per il nostro studio, non lo era |
| deciso sul valore. Inoltre, abbiamo riscontrato alcuni valori fortemente distorti, soprattutto nella distribuzione della creatinina, che è stata utilizzata nel nostro modello e con un set di dati piuttosto piccolo e sbilanciato. E ora ho menzionato l'età prima. Vorrei tornare all'originale. |
| Trascinalo via. Ecco l'età. |
| E vediamo, abbiamo una distribuzione un po' distorta e non l'ho inserita nel modello e il motivo per cui non l'ho inserito nel modello è il modo in cui sono stati raccolti i dati. |
| Sappiamo dalla lettura degli articoli che l'epoca era quella in cui mandavano una sorta di operatori sanitari a controllare le persone dopo |
| i dati originali sono stati sviluppati per lo studio. Quindi, quando vedi un anno 65, sono tornati indietro di 65 mesi. |
| Oh, scusami, non era l'età di cui sto parlando di tempo, lasciami tornare qui. Vai al momento in cui lo scoprirò. |
| E c'è tempo. Un po' strano, permettetemi di tirarlo fuori un po'. |
| Cosa hanno fatto |
| sono tornati dopo lo studio originale. Quindi, quando vedi 16 anni, sono tornati indietro di 16 mesi dopo lo studio originale e hanno verificato se si è verificato un evento di morte o nessun evento di morte. Cioè, il paziente era ancora vivo o non era ancora vivo o lei. |
| Quindi, dopo 16 mesi, questo paziente qui, il numero 21, |
| era ancora vivo. Ora, se andiamo qui all'evento della morte, lasciatemi evidenziare quello. |
| E vieni qui. |
| Vediamo che abbiamo un tempo di 20. |
| Beh, non sappiamo se l'evento della morte sia avvenuto il giorno prima del controllo, la settimana prima o un mese prima o due mesi prima. Gli autori originali che hanno pubblicato un articolo e lo hanno pubblicato su Kaggle hanno esaminato quei dati. |
| E non sono riusciti a trarne alcuna conclusione positiva. Quella persona avrebbe potuto morire nel primo mese, ma nessuno ha controllato il primo mese. |
| E non conosciamo la frequenza dei controlli successivi. Ecco perché l'ho aggiunto e incluso, e se avessimo avuto dati migliori lì, potremmo venire qui per analizzare, |
| Affidabilità e sopravvivenza e avremmo potuto fare una distribuzione della vita o una vita adatta per X, che è il modo in cui vengono fatte molte di queste cose, ma non abbiamo potuto farlo in questo caso particolare. |
| Quindi praticamente |
| conclude la presentazione vorrei tornare alla presentazione di PowerPoint che ancora una volta verrà pubblicata sul sito e qui ci sono i collegamenti all'articolo di giornale originale. |
| Il Kaggle. |
| pagine. Il set di dati Kaggle che è un CSV e, |
| il repository Github degli autori con il codice R. E spero che vi sia piaciuto tutto. |
| E con quello |
| concluderemo questa presentazione. |
| Pietro Polito | un buon lavoro ora è molto interessante. |
| Grazie. |
| Pietro Polito | Va bene, lasciami controllare la mia lista di controllo. |
| Sicuro. |
| Pietro Polito | non sono. |
| Non ci credo con il tempo dell'agente. |
| Per favore, per favore, l'ho capito. |
| Pietro Polito | sì, e se tornano e dicono Oh, non ci piace, non ci piace la pausa, quello che faremo è quando sarai vivo, puoi proprio possiamo puoi parlare con chiunque lo presenti e puoi saltare su quella parte e dì semplicemente che questo è quello che è successo ed è. |
| Va bene, fallo. |
| Non penso che ci chiederanno di registrarlo nuovamente, ma. |
| BENE. |
| Ok, sì, se lo fanno non è un grosso problema. |
| Pietro Polito | Ok, bene, farò tutto il resto. |
| Una volta che abbiamo smesso di registrare, siamo a posto. |
| e bene. |
| Pietro Polito | è fantastico, grazie per avermelo permesso di guardare. |
| sì, beh, la cosa buona, questi, anche se ho avuto un paio di errori nelle vicinanze, è che non aveva problemi e software. |
| Ora tutto sembrava perfetto, sì sì, ho trascinato tutto e sono rimasto lì, quindi va bene. |
| Pietro Polito | Va bene, bene. |
| Probabilmente ti incontrerò al discovery summit e ti auguro una buona giornata. |
| Ok, anche tu teatro. |
| Pietro Polito | Va bene, ciao ciao stand. |
| Di. |
