안에최근 기사, 우리는 JMP Pro 17이 유전체학에 일반적으로 사용되는 데이터 유형을 분석하는 기능을 확장했다는 사실을 공유했습니다. 우리는 포괄적인 리소스를 만들었습니다.JMP Pro를 사용한 게놈 분석를 통해 이러한 유형의 분석에 JMP Pro를 적용하는 방법을 배울 수 있습니다.@톰페데르센JMP 생명 과학 R&D 팀의 수석 기술 작가인 가 주요 저자이며 이 새 책을 개발한 경험을 공유합니다.
이 새로운 책을 집필하게 된 동기는 무엇이었나요?
이전 JMP Genomics 소프트웨어의 뛰어난 기능 중 하나는 일련의 전용 분석 워크플로와 함께 다양한 가져오기 엔진을 사용할 수 있다는 점이었습니다. 이러한 기능을 통해 사용자는 많은 독점 형식의 파일에서 데이터를 가져와서 분석할 수 있었습니다. 우리는 사용자에게 JMP Pro에서 유사한 분석을 수행하는 데 필요한 지식을 제공하고 싶습니다. 여기서는 JMP Pro가 계열 행렬 파일을 열고, 해당 구성을 분석하고, 가져오기를 준비할 수 있다는 것을 알 수 있습니다.
책을 집필하는 동안 JMP Pro에 대해 무엇을 발견하셨나요?
JMP Pro는 빠릅니다. JMP Genomics에서는 몇 시간이 걸리던 분석이 이제 JMP Pro에서는 몇 분 밖에 걸리지 않습니다. JMP Genomics는 SAS 소프트웨어를 사용하여 "과중한 작업"을 수행했습니다. 장기간 분석하는 동안 SAS는 데이터를 "기억"하지 않습니다. 대신 디스크에서 읽은 다음 반복해서 씁니다. 분석은 컴퓨터가 데이터를 얼마나 빨리 읽고 쓸 수 있는지에 따라 달라졌습니다. 반면 JMP Pro는 모든 것을 메모리에 보관하므로 분석 속도가 훨씬 빠릅니다. 게다가 JMP Pro는 강력합니다. 버전 17을 통해 JMP Pro는 일반적으로 유전체학 연구에서 발견되는 매우 크고 광범위한 데이터 세트를 효율적이고 효과적으로 작업할 수 있도록 크게 개선되었습니다. 다음은 데이터의 중요한 단서를 보여주는 JMP Pro의 두 가지 예입니다. 화산 플롯을 통해 특정 표현형에 영향을 미치는 유전적 변이를 식별할 수 있습니다. 작물 개량을 연구하는 식물 육종가들은 현장에서 가장 좋은 교배를 예측하기 위해 인실 리코 교배 벼를 사용하고 있습니다.
이 책이 고객에게 어떤 도움이 될 것이라고 생각하시나요?
그만큼JMP Pro를 사용한 게놈 분석이 책은 일반적인 게놈 데이터 분석 흐름을 적용하는 방법을 사용자에게 보여주기 위해 구성되었습니다(아래 이미지 참조). 사용자에게 데이터를 가져오는 방법을 보여주는 것부터 시작하여 데이터 변환, 품질 관리 및 정규화를 진행합니다. 그런 다음 유전자 마커 분석으로 이동하여 데이터의 패턴과 구조를 탐색하고 마지막으로 통계 및 예측 모델링으로 이동합니다. 이 접근 방식을 통해 사용자는 데이터에 숨겨진 정보를 찾아내고 중요한 과학적 발견을 할 수 있습니다. 또한 일련의 실제 사례 연구를 포함하고 사용자에게 데이터 분석에 대한 단계별 가이드를 제공합니다.
