で最近の記事では、JMP Pro 17 には、ゲノミクスに一般的に使用されるデータの種類を分析する機能が拡張されていることを共有しました。私たちは包括的なリソースを作成しました。JMP Proによるゲノム解析、このタイプの分析に JMP Pro を適用する方法を学習するのに役立ちます。@TomPedersenJMP ライフ サイエンス R&D チームの主任テクニカル ライターである彼が主著者であり、この新しい本の開発経験を共有しています。
この新しい本を書く動機は何ですか?
以前の JMP Genomics ソフトウェアの優れた機能の 1 つは、一連の専用分析ワークフローとともに、さまざまなインポート エンジンが利用できることでした。これらの機能により、ユーザーは多くの独自形式のファイルからデータをインポートして分析できるようになりました。私たちは、JMP Pro で同様の分析を行うために必要な知識をユーザーに提供したいと考えています。ここでは、JMP Pro がシリーズ マトリックス ファイルを開いてその構成を解析し、インポートの準備をできることがわかります。
この本の執筆中に JMP Pro について何を発見しましたか?
JMP Pro は速いです。かつて JMP Genomics では何時間もかかっていた分析が、JMP Pro ではわずか数分で完了します。 JMP Genomics は、「重労働」を行うために SAS ソフトウェアに依存していました。長時間の分析中、SAS はデータを「記憶」しません。代わりに、ディスクからデータを読み取り、繰り返し書き込みます。分析は、コンピューターがデータを読み書きできる速度に依存します。一方、JMP Pro はすべてをメモリに保存するため、分析がはるかに高速になります。さらに、JMP Pro は強力です。バージョン 17 では、JMP Pro が大幅に改善され、ゲノミクス研究で一般的に見られる非常に大規模で幅広いデータセットを効率的かつ効果的に処理できるようになりました。データ内の重要な手がかりを明らかにする JMP Pro の 2 つの例を次に示します。火山プロットにより、特定の表現型に影響を与える遺伝的変異の同定が可能になります。作物の改良に取り組んでいる植物育種家は、コンピュータで交配されたイネを使用して、圃場で作るべき最良の交配を予測しています。
この本はお客様にどのように役立つと思いますか?
のJMP Proによるゲノム解析この本は、一般的なゲノム データ分析フローを適用する方法をユーザーに示すように構成されています (下の図を参照)。データをインポートする方法をユーザーに示すことから始まり、データ変換、品質管理、正規化へと進みます。次に、遺伝マーカー分析に進み、データ内のパターンと構造を調査し、最後に統計的および予測モデリングに進みます。このアプローチにより、ユーザーはデータに隠された情報を明らかにし、重要な科学的発見を行うことができます。また、一連の実際の研究例も含まれており、データ分析に関するステップバイステップのガイドをユーザーに提供します。
