Dans unarticle récent, nous avons indiqué que JMP Pro 17 offre des capacités étendues pour analyser les types de données couramment utilisés en génomique. Nous avons créé une ressource complète,Analyse génomique avec JMP Pro, pour vous aider à apprendre à utiliser JMP Pro pour ce type d'analyse.@TomPedersen, rédacteur technique principal au sein de l'équipe R&D de JMP Life Sciences, est l'auteur principal et partage son expérience dans l'élaboration de ce nouveau livre.
Quelle a été la motivation pour écrire ce nouveau livre ?
L'une des fonctionnalités intéressantes de notre précédent logiciel JMP Genomics était la disponibilité de divers moteurs d'importation ainsi qu'une série de flux de travail d'analyse dédiés. Ces fonctionnalités ont permis aux utilisateurs d'importer leurs données à partir de nombreux fichiers au format propriétaire, puis de les analyser. Nous souhaitons donner aux utilisateurs les connaissances dont ils ont besoin pour effectuer des analyses similaires dans JMP Pro. Ici, nous voyons que JMP Pro peut ouvrir un fichier de matrice de série, analyser son organisation et le préparer pour l'importation.
Qu'avez-vous découvert sur JMP Pro en travaillant sur ce livre ?
Ce JMP Pro est RAPIDE. Les analyses qui prenaient autrefois des heures dans JMP Genomics ne prennent désormais que quelques minutes dans JMP Pro. JMP Genomics s'est appuyé sur le logiciel SAS pour effectuer le « gros du travail ». Lors d'analyses longues, SAS ne « se souvenait » pas des données ; au lieu de cela, il le lirait à partir du disque, puis l'écrirait à plusieurs reprises. Votre analyse dépendait de la rapidité avec laquelle votre ordinateur pouvait lire et écrire les données. JMP Pro, en revanche, garde tout en mémoire, ce qui rend l'analyse beaucoup plus rapide. De plus, JMP Pro est PUISSANT. Avec la version 17, JMP Pro s'est considérablement amélioré pour fonctionner de manière efficace et efficiente avec les ensembles de données très vastes et très larges que l'on trouve généralement dans les études génomiques. Voici deux exemples de JMP Pro révélant des indices importants dans vos données. Les parcelles de volcan permettent l'identification de variantes génétiques qui influencent des phénotypes spécifiques. Les sélectionneurs travaillant sur l'amélioration des cultures utilisent des plants de riz croisés in silico pour prédire les meilleurs croisements à réaliser sur le terrain.
Comment pensez-vous que ce livre aidera nos clients ?
LeAnalyse génomique avec JMP ProLe livre est organisé pour montrer à l'utilisateur comment appliquer les flux typiques d'analyse de données génomiques (voir l'image ci-dessous). Cela commence par montrer aux utilisateurs comment importer leurs données, puis passe par la transformation des données, le contrôle qualité et la normalisation. Il passe ensuite à l’analyse des marqueurs génétiques, en explorant les modèles et la structure des données, et enfin à la modélisation statistique et prédictive. Cette approche permet aux utilisateurs de découvrir les informations cachées dans leurs données et de faire d'importantes découvertes scientifiques. Nous incluons également un ensemble d'exemples d'études réels et fournissons aux utilisateurs un guide étape par étape sur l'analyse des données.
