In einemaktueller Artikelhaben wir mitgeteilt, dass JMP Pro 17 über erweiterte Funktionen zur Analyse der Datentypen verfügt, die üblicherweise für die Genomik verwendet werden. Wir haben eine umfassende Ressource erstellt,Genomanalyse mit JMP Pro, damit Sie lernen, wie Sie JMP Pro für diese Art von Analyse anwenden.@TomPedersen, leitender technischer Redakteur im F&E-Team von JMP Life Sciences, ist der Hauptautor und teilt seine Erfahrungen bei der Entwicklung dieses neuen Buches.
Was war die Motivation, dieses neue Buch zu schreiben?
Eine der großartigen Funktionen unserer vorherigen JMP Genomics-Software war die Verfügbarkeit verschiedener Import-Engines zusammen mit einer Reihe dedizierter Analyse-Workflows. Diese Funktionen ermöglichten es Benutzern, ihre Daten aus vielen proprietär formatierten Dateien zu importieren und sie anschließend zu analysieren. Wir möchten Benutzern das Wissen vermitteln, das sie benötigen, um ähnliche Analysen in JMP Pro durchzuführen. Hier sehen wir, dass JMP Pro eine Serienmatrixdatei öffnen, ihre Organisation analysieren und sie für den Import vorbereiten kann.
Was haben Sie bei der Arbeit an dem Buch über JMP Pro herausgefunden?
Dieser JMP Pro ist SCHNELL. Analysen, die in JMP Genomics früher Stunden dauerten, dauern in JMP Pro jetzt nur noch wenige Minuten. JMP Genomics vertraute bei seiner „schweren Arbeit“ auf SAS-Software. Bei längeren Analysen „merkte“ sich SAS die Daten nicht; Stattdessen würde es es von der Festplatte lesen und es dann wiederholt schreiben. Ihre Analyse hing davon ab, wie schnell Ihr Computer die Daten lesen und schreiben konnte. JMP Pro hingegen behält alles im Speicher, sodass die Analyse viel schneller erfolgt. Darüber hinaus ist JMP Pro LEISTUNGSSTARK. Mit Version 17 wurde JMP Pro erheblich verbessert, um effizient und effektiv mit den sehr großen und umfangreichen Datensätzen zu arbeiten, die typischerweise in Genomstudien zu finden sind. Hier sind zwei Beispiele dafür, wie JMP Pro wichtige Hinweise in Ihren Daten aufdeckt. Die Vulkandiagramme ermöglichen die Identifizierung genetischer Varianten, die bestimmte Phänotypen beeinflussen. Pflanzenzüchter, die an der Verbesserung von Nutzpflanzen arbeiten, verwenden in Silico gekreuzte Reispflanzen, um die besten Kreuzungen auf dem Feld vorherzusagen.
Wie wird dieses Buch Ihrer Meinung nach unseren Kunden helfen?
DerGenomanalyse mit JMP ProDas Buch ist so aufgebaut, dass es dem Benutzer zeigt, wie er typische Abläufe bei der Genomdatenanalyse anwendet (siehe Abbildung unten). Es beginnt damit, den Benutzern zu zeigen, wie sie ihre Daten importieren, und geht dann durch die Datentransformation, Qualitätskontrolle und Normalisierung. Anschließend erfolgt die Analyse genetischer Marker, die Untersuchung von Mustern und Strukturen in den Daten und schließlich die statistische und prädiktive Modellierung. Dieser Ansatz ermöglicht es Benutzern, die in ihren Daten verborgenen Informationen aufzudecken und wichtige wissenschaftliche Entdeckungen zu machen. Wir fügen auch eine Reihe realer Beispielstudien bei und bieten Benutzern eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Analyse der Daten.
