In unarticolo recente, abbiamo comunicato che JMP Pro 17 ha ampliato le capacità di analisi dei tipi di dati comunemente utilizzati per la genomica. Abbiamo creato una risorsa completa,Analisi genomica con JMP Pro, per aiutarti a imparare come applicare JMP Pro per questo tipo di analisi.@TomPedersen, Principal Technical Writer del team di ricerca e sviluppo di JMP Life Sciences, è l'autore principale e condivide la sua esperienza nello sviluppo di questo nuovo libro.
Qual è stata la motivazione per scrivere questo nuovo libro?
Una delle grandi caratteristiche del nostro precedente software JMP Genomics era la disponibilità di vari motori di importazione insieme a una serie di flussi di lavoro di analisi dedicati. Queste funzionalità hanno consentito agli utenti di importare i propri dati da molti file in formato proprietario e quindi di analizzarli. Vogliamo fornire agli utenti le conoscenze necessarie per eseguire analisi simili in JMP Pro. Qui vediamo che JMP Pro può aprire un file di matrice di serie, analizzarne l'organizzazione e prepararlo per l'importazione.
Che cosa hai scoperto su JMP Pro mentre lavoravi al libro?
Quel JMP Pro è VELOCE. Le analisi che una volta richiedevano ore in JMP Genomics ora richiedono solo pochi minuti in JMP Pro. JMP Genomics si è affidata al software SAS per svolgere il suo "lavoro pesante". Durante lunghe analisi, SAS non "ricordava" i dati; invece, lo leggerebbe dal disco e poi lo scriverebbe ripetutamente. La tua analisi dipendeva dalla velocità con cui il tuo computer poteva leggere e scrivere i dati. JMP Pro, invece, mantiene tutto in memoria, quindi l'analisi è molto più veloce. Inoltre, JMP Pro è POTENTE. Con la versione 17, JMP Pro è migliorato in modo significativo per funzionare in modo efficiente ed efficace con i set di dati molto grandi e ampi tipicamente presenti negli studi di genomica. Ecco due esempi di JMP Pro che rivela indizi importanti nei tuoi dati. I grafici del vulcano consentono l'identificazione di varianti genetiche che influenzano fenotipi specifici. I coltivatori che lavorano sul miglioramento delle colture utilizzano piante di riso incrociate in silico per prevedere i migliori incroci da realizzare sul campo.
In che modo pensi che questo libro aiuterà i nostri clienti?
ILAnalisi genomica con JMP ProIl libro è organizzato per mostrare all'utente come applicare i tipici flussi di analisi dei dati genomici (vedi immagine sotto). Inizia mostrando agli utenti come importare i propri dati e quindi procede attraverso la trasformazione dei dati, il controllo di qualità e la normalizzazione. Si passa quindi all'analisi dei marcatori genetici, esplorando modelli e strutture nei dati, e infine alla modellizzazione statistica e predittiva. Questo approccio consente agli utenti di scoprire le informazioni nascoste nei loro dati e di fare importanti scoperte scientifiche. Includiamo anche una serie di studi di esempio reali e forniamo agli utenti una guida passo passo sull'analisi dei dati.
