en unartículo reciente, compartimos que JMP Pro 17 tiene capacidades ampliadas para analizar los tipos de datos comúnmente utilizados para genómica. Hemos creado un recurso integral,Análisis genómico con JMP Pro, para ayudarle a aprender cómo aplicar JMP Pro para este tipo de análisis.@TomPedersen, redactor técnico principal del equipo de investigación y desarrollo de ciencias biológicas de JMP, es el autor principal y comparte su experiencia en el desarrollo de este nuevo libro.
¿Cuál fue la motivación para escribir este nuevo libro?
Una de las grandes características de nuestro software JMP Genomics anterior era la disponibilidad de varios motores de importación junto con una serie de flujos de trabajo de análisis dedicados. Estas funciones permitieron a los usuarios importar sus datos desde muchos archivos con formato propietario y luego analizarlos. Queremos brindarles a los usuarios el conocimiento que necesitan para realizar análisis similares en JMP Pro. Aquí vemos que JMP Pro puede abrir un archivo de matriz de series, analizar su organización y prepararlo para importarlo.
¿Qué descubriste sobre JMP Pro mientras trabajabas en el libro?
Ese JMP Pro es RÁPIDO. Los análisis que antes tomaban horas en JMP Genomics ahora solo toman minutos en JMP Pro. JMP Genomics confió en el software SAS para hacer su "trabajo pesado". Durante análisis prolongados, SAS no "recordaba" datos; en cambio, lo leería del disco y luego lo escribiría repetidamente. Su análisis dependía de la rapidez con la que su computadora pudiera leer y escribir los datos. JMP Pro, por otro lado, mantiene todo en la memoria, por lo que el análisis es mucho más rápido. Además, JMP Pro es POTENTE. Con la versión 17, JMP Pro ha mejorado significativamente para trabajar de manera eficiente y efectiva con los conjuntos de datos muy grandes y amplios que normalmente se encuentran en los estudios de genómica. A continuación se muestran dos ejemplos de JMP Pro que revelan pistas importantes en sus datos. Las parcelas de volcanes permiten la identificación de variantes genéticas que influyen en fenotipos específicos. Los fitomejoradores que trabajan en el mejoramiento de cultivos están utilizando plantas de arroz cruzadas in silico para predecir los mejores cruces a realizar en el campo.
¿Cómo cree que este libro ayudará a nuestros clientes?
ElAnálisis genómico con JMP ProEl libro está organizado para mostrar al usuario cómo aplicar flujos típicos de análisis de datos genómicos (ver imagen a continuación). Comienza mostrando a los usuarios cómo importar sus datos y luego continúa con la transformación, el control de calidad y la normalización de los datos. Luego pasa al análisis de marcadores genéticos, explorando patrones y estructuras en los datos y, finalmente, al modelado estadístico y predictivo. Este enfoque permite a los usuarios descubrir la información oculta en sus datos y realizar importantes descubrimientos científicos. También incluimos un conjunto de estudios de ejemplos reales y brindamos a los usuarios una guía paso a paso sobre cómo analizar los datos.
