Me gustaría utilizar JMP para crear todos los diseños de placas posibles para un ensayo biológico:
1. donde la placa tiene 4 columnas y 4 filas y 8 muestras están duplicadas en la placa (ejemplo ilustrado a continuación)
2. donde la placa tiene 4 columnas y 6 filas y 12 muestras están duplicadas en la placa
¿Es esto posible utilizando la plataforma JMP DoE?
un diseño de ejemplo para una placa de 4x4 con 8 muestras duplicadas:
Hola @Fiona_Baines ,
Creo que su diseño principal podría generarse muy fácilmente con la plataforma "Custom DoE":
- Especifique sus 2 factores categóricos "Col" y "Fila" con 4 niveles:
- Especifique un modelo con efectos principales y la interacción de 2 factores. Puede elegir el número mínimo de ejecuciones (16) para tener un experimento para cada uno de los puntos de ubicación como en su gráfico; de lo contrario, el número predeterminado recomendado 32 proporcionará 2 ejecuciones para cada posición.
Ejemplo con el DoE de 16 ejecuciones:
Aquí está el script para llegar al número mínimo de ejecuciones DOE:
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Set Random Seed( 1171712789 ), Number of Starts( 1 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Set Sample Size( 16 ), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize ), Make Table}
)
Con respecto a la situación de dos réplicas, puede especificar en la plataforma de diseño personalizado la cantidad de ejecuciones que desea (mayor o igual al número mínimo requerido, en su caso 16, por lo que podría crear un diseño de 24 ejecuciones (con 8 ejecuciones replicadas) o un diseño de 32 ejecuciones (con 12 ejecuciones replicadas), pero es posible que no tenga la posibilidad de influir en dónde se distribuirán estas ejecuciones replicadas.
Ejemplo con 8 ejecuciones duplicadas:
Otra opción es generar el diseño con el número mínimo de ejecuciones (16) y luego agregar manualmente (copiar y pegar) en la tabla de datos los experimentos que desee por duplicado.
En su gráfico, no estoy realmente seguro de visualizar/comprender dónde están las ejecuciones duplicadas. ¿Podrías cambiar el marcador para identificar más fácilmente las carreras?
Espero que esta respuesta te ayude,
Hola @Victor_G
Muchas gracias por responder a mi post.
La duplicación proviene del hecho de que cada muestra aparecerá en cada placa dos veces. He utilizado diferentes símbolos en el siguiente gráfico para intentar hacer las cosas más obvias. Estoy tratando de descubrir cómo generar una tabla de datos que contenga todos los diseños de placas posibles (a continuación se ilustran cuatro diseños de placas únicos).
Lo siento por mi mala interpretación @Fiona_Baines Creo que ahora entiendo mejor su caso de uso.
Usando esta configuración para el DOE (y usando solo efectos principales en el modelo):
Y al especificar el criterio de optimización como Alias-Optimal, aumentar el tiempo de búsqueda del diseño y el número de inicios aleatorios (para converger hacia el diseño que desea), puedo tener el diseño que espera:
Aquí está el script si desea reproducirlo:
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor(
Categorical,
{"S1", "S2", "S3", "S4", "S5", "S6", "S7", "S8"},
"Treatment",
0
), Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Blocking", 0 ),
Set Random Seed( 1635750691 ), Number of Starts( 77 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ),
Set Sample Size( 64 ), Optimality Criterion( "Make Alias Optimal Design" ),
Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize within Blocks ), Make Table}
)
Y adjuntó la tabla de datos con script gráfico.
Puede que haya una forma más sencilla y sencilla de hacer este diseño, pero esta opción aún puede resultar útil.
Este diseño debería ajustarse mejor a tus expectativas 
