JMP を使用して、生物学的アッセイに使用できるすべてのプレート レイアウトを作成したいと考えています。
1. プレートには 4 つの列と 4 つの行があり、8 つのサンプルがプレート上に複製されます (以下に示す例)。
2. プレートには 4 列、6 行があり、12 個のサンプルがプレート上に複製されます。
JMP DoE プラットフォームを使用するとこれは可能ですか?
8 つの複製サンプルを含む 4x4 プレートのレイアウト例:
こんにちは@FionaBaines 、
メインのデザインは、「Custom DoE」プラットフォームを使用すると非常に簡単に生成できると思います。
- 2 つのカテゴリ因子「Col」と「Row」を 4 つのレベルで指定します。
- 主効果と 2 因子交互作用を含むモデルを指定します。 グラフのように、各位置ポイントに対して 1 つの実験を行うために最小実行数 (16) を選択することができます。それ以外の場合、推奨されるデフォルト数 32 では各位置に 2 つの実行が提供されます。
16 回実行の DoE の例:
最小実行数 DOE を取得するスクリプトは次のとおりです。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Set Random Seed( 1171712789 ), Number of Starts( 1 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Set Sample Size( 16 ), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize ), Make Table}
)
2 つの反復の状況に関しては、カスタム設計プラットフォームで必要な実行数 (最小必要数以上、この場合は 16) を指定できるため、24 回の実行計画 (8 つの反復実行) を作成することもできます。 32 回の実行デザイン (12 回の反復実行) ですが、これらの反復実行がどこに分散されるかに影響を与える可能性はありません。
8 つの重複実行の例:
もう 1 つのオプションは、最小実行数 (16) で計画を生成し、重複して必要な実験をデータテーブルに手動で追加 (コピーアンドペースト) することです。
グラフでは、重複した実行がどこにあるのかを視覚化/理解することができません。 ランをより簡単に識別できるようにマーカーを変更していただけますか?
この回答がお役に立てば幸いです。
こんにちは@Victor_G
私の投稿にご返信いただき、誠にありがとうございます。
重複は、各サンプルが各プレートに 2 回表示されるという事実から生じます。 物事をよりわかりやすくするために、以下のグラフではさまざまな記号を使用しています。 考えられるすべてのプレート レイアウトを含むデータ テーブルを生成する方法を見つけようとしています (4 つの固有のプレート レイアウトを以下に示します)。
私の誤解をお詫びします@FionaBaines , ユースケースがよりよく理解できたと思います。
DOE にこの設定を使用する (モデル内の主効果のみを使用する) と、次のようになります。
そして、最適性基準を Alias-Optimal として指定し、設計検索時間とランダム開始回数を増やすことで (目的の設計に収束するため)、期待どおりの設計を得ることができます。
再現したいスクリプトは次のとおりです。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor(
Categorical,
{"S1", "S2", "S3", "S4", "S5", "S6", "S7", "S8"},
"Treatment",
0
), Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Blocking", 0 ),
Set Random Seed( 1635750691 ), Number of Starts( 77 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ),
Set Sample Size( 64 ), Optimality Criterion( "Make Alias Optimal Design" ),
Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize within Blocks ), Make Table}
)
そして、グラフスクリプトを含むデータテーブルを添付しました。
この設計を行うにはもっと単純で簡単な方法があるかもしれませんが、このオプションは依然として役立ちます。
このデザインはあなたの期待にもっと合うはずです:)
