Je souhaite utiliser JMP pour créer toutes les configurations de plaques possibles pour un test biologique :
1. où la plaque comporte 4 colonnes et 4 lignes et 8 échantillons sont dupliqués sur la plaque (exemple illustré ci-dessous)
2. où la plaque a 4 colonnes et 6 lignes et 12 échantillons sont dupliqués sur la plaque
Est-ce possible en utilisant la plateforme JMP DoE ?
un exemple de disposition pour une plaque 4x4 avec 8 échantillons dupliqués :
Salut @Fiona_Baines ,
Je pense que votre design principal pourrait être généré très facilement avec la plateforme "Custom DoE" :
- Précisez vos 2 facteurs catégoriels "Col" et "Row" avec 4 niveaux :
- Spécifiez un modèle avec les effets principaux et l'interaction à 2 facteurs. Vous pouvez choisir le nombre minimum d'exécutions (16) pour avoir une expérience pour chacun des points de localisation comme dans votre graphique, sinon le nombre par défaut recommandé 32 fournira 2 exécutions pour chaque position.
Exemple avec le DoE 16-runs :
Voici le script pour arriver au nombre minimum de runs DOE :
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Set Random Seed( 1171712789 ), Number of Starts( 1 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Set Sample Size( 16 ), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize ), Make Table}
)
Concernant la situation de deux répétitions, vous pouvez spécifier dans la plateforme de conception personnalisée le nombre d'exécutions souhaité (supérieur ou égal au nombre minimum requis, dans votre cas 16, afin que vous puissiez créer une conception de 24 analyses (avec 8 exécutions répliquées) ou un plan de 32 analyses (avec 12 analyses répétées), mais vous n'aurez peut-être pas la possibilité d'influencer l'endroit où ces analyses répétées seront distribuées.
Exemple avec 8 exécutions en double :
Une autre option consiste à générer le plan avec le nombre minimum d'exécutions (16), puis à ajouter manuellement (copier-coller) sur la table de données les expériences souhaitées en double.
Dans votre graphique, je ne suis pas vraiment sûr de visualiser/comprendre où se trouvent les exécutions dupliquées. Pourriez-vous changer le marqueur pour identifier plus facilement les pistes ?
J'espère que cette réponse vous aidera,
Salut @Victor_G
Un grand merci d'avoir répondu à mon message.
La duplication vient du fait que chaque échantillon apparaîtra deux fois sur chaque plaque. J'ai utilisé différents symboles dans le graphique ci-dessous pour essayer de rendre les choses plus évidentes. J'essaie de comprendre comment générer un tableau de données contenant toutes les dispositions de plaques possibles (quatre dispositions de plaques uniques sont illustrées ci-dessous).
Désolé pour mon incompréhension @Fiona_Baines , je pense que je comprends mieux maintenant votre cas d'utilisation.
En utilisant cette configuration pour le DOE (et en utilisant uniquement les effets principaux dans le modèle) :
Et en spécifiant le critère d'optimalité comme Alias-Optimal, en augmentant le temps de recherche du design et le nombre de démarrages aléatoires (pour converger vers le design souhaité), je suis en mesure d'avoir le design que vous attendez :
Voici le script si vous souhaitez le reproduire :
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor(
Categorical,
{"S1", "S2", "S3", "S4", "S5", "S6", "S7", "S8"},
"Treatment",
0
), Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Row", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"A", "B", "C", "D"}, "Col", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"1", "2", "3", "4"}, "Blocking", 0 ),
Set Random Seed( 1635750691 ), Number of Starts( 77 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ),
Set Sample Size( 64 ), Optimality Criterion( "Make Alias Optimal Design" ),
Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design,
Set Run Order( Randomize within Blocks ), Make Table}
)
Et j'ai joint le datatable avec le script graphique.
Il existe peut-être un moyen plus simple et plus simple de réaliser cette conception, mais cette option peut toujours être utile.
Ce design devrait mieux correspondre à vos attentes 
