正確分析計數資料與因素我有一個實驗，從兩種不同類型的植物（A 和 B）培養真菌。我已經識別了所有的物種。我想測試一下兩種植物類型之間恢復真菌物種的次數是否有統計差異。我有 JMP 17，並認為廣義線性模型可以將植物類型和物種及其相互作用作為固定因素，但我不斷收到錯誤訊息。有任何想法嗎？是否有不同的分析方法？
基礎資料分析與建模回覆：對計數資料與因子進行正確分析錯誤訊息是什麼？ 您是如何設計資料收集的？ 植物類型和物種是唯一的兩個因素嗎？ 您是否交叉它們以在線性模型中建立交互項？
除非植物類型和物種是獨立的，否則您無法估計交互作用項，例如植物類型 = {A, B} 且物種 = {1, 2, 3}。 兩種植物可以有相同的物種嗎？
回覆：對計數資料與因子進行正確分析我模擬了一個以植物類型和物種為因素的實驗。 我用泊松分佈模擬了響應。 我附上數據表供您探索。
我用交互項定義了 GLM。
我得到了預設的分析報告：
回覆：對計數資料與因子進行正確分析謝謝，我會仔細看看。這些植物是同一田地中的兩個不同物種，各有 25 株植物。然後我們對葉子進行取樣並培養出葉子上存在的任何真菌。某些真菌可能存在於一種物種上，而另一種則不存在，有些則同時存在於兩種物種上。我有興趣評估真菌被分離的次數（計數）。基本上我們在植物 A 上看到或多或少的 X 物種，等等。
事實上，我無法控制每個物種或每個植物恢復的分離株或物種的數量，這意味著整個資料集存在零和不平衡。也許這就是導致錯誤的原因？
回覆：對計數資料與因子進行正確分析您是否認為反應是存在或不存在真菌物種，並且您計算了帶有真菌的植物數量（共 25 株）？
最好不要在 GLM 分析中使用泊松分佈。 使用二項式模型（不存在、存在），因為您知道每個模型有多少個。 即，y是有真菌的數，25-y是無真菌的數。
你的數據表應該是這樣的：
在最後一列中輸入計數。 我保存了一個表腳本來完成選擇“分析”>“擬合模型”的操作。 啟動對話框如下所示：
數據表已附給您。
回覆：對計數資料與因子進行正確分析謝謝你的主意。我想你已經很接近了，但我所擁有的基本上是 20 種真菌的清單。大多數以不同的量從不同的植物類型中分離出來，因此我在植物 a 中可能有 20 個物種，但在植物 b 中有 45 個物種。我希望能夠有一定程度的自信地說，特定物種在不同植物之間是否有差異。
我認為傳統的卡方可以工作，我將植物分析的真菌物種作為分類變量來分析 Y by X，但我不知道如何進入並確定確切的物種差異。按照我的解釋，顯著的卡方只會告訴我在所有物種中，植物 a 和 b 之間的分佈是不同的，而不是植物 a 和 b 之間哪些真菌物種不同。
回覆：對計數資料與因子進行正確分析如果您有植物物種和真菌物種組合，那麼交叉製表應該有效。
是哪個，不同還是沒有？ 假設檢定僅在一個方向上起作用：根據證據的強度（例如，樣本統計數據的 p 值或置信區間）拒絕原假設。 您需要指定您的工作假設（替代方案）和零假設（不是您的）。
