JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?Hallo JMP-Community,
Ich muss die Korrelation zwischen etwa 10.500 Biomarkern beurteilen, die bei 150 Patienten zu Studienbeginn gemessen wurden. Ich habe ein einfaches JSL-Skript ausprobiert, das auf der Anpassung von Y nach X und der Multivariate Correlation-Plattform basiert. Die Berechnung beider Ansätze dauert auf meinem Rechner lange (Windows 10 Pro, Intel i-7 2,50 GHz, 32 GB RAM, JMP 16). Gibt es einen schnelleren Ansatz zum Generieren und Abrufen von Pearsons r- und zugehörigen p-Werten?Bemerkenswert ist, dass der Matrix-basierte Ansatz zwar attraktiv erscheint, aber offenbar keine p-Werte zurückgibt.
Ich schätze Ihre Hilfe.
Am besten,
TS
Automatisierung und SkripterstellungWindowsBetreff: JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?JA! Ich hatte die Option „p-Wert-Tabelle beim Start“ aktiviert, vielleicht ist das der Grund für die hohe Speichernutzung.
Betreff: JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?@Thierry_S ,
Ich habe einen Datensatz, der 18856 relative mRNA-Häufigkeiten und 65 Proben umfasst. Das Antwort-Screening in JMP Pro 16 scheint 120 GB Speicher zu beanspruchen (ich habe nur 64, daher findet Caching statt). Vielleicht ist das jetzt, wo ich es erwähnt habe, keine gute Idee.
UPDATE: Ich habe das auf etwa 9000 reduziert und es hat weniger als eine Minute gedauert. Es gibt also definitiv einen Grenzwert für die Anzahl der Biomarker, die Sie verwenden können.
Betreff: JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?Hallo @Chris_Kirchberg ,
Schön. Die Bearbeitungszeit wurde um das 5- bis 10-fache verkürzt.
Am besten,
TS
Betreff: JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?Hallo Chris,
An diesen Ansatz habe ich nicht gedacht. Lass es mich so schnell wie möglich versuchen.
Danke,
TS
Betreff: JMP > Multivariate Analyse > Korrelation> Wie gehe ich mit großen Datensätzen um?@Thierry_S ,
Wie lange dauert es jetzt? Haben Sie es mit Response Screening verglichen? Alle Biomarker in Y und X einfügen und die erweiterte Option Corr (Pearsons Product Moment Correlation) verwenden?
