JMP > Analyse multivariée > Corrélation> Comment gérer de grands ensembles de données ?Bonjour la communauté JMP,
Je dois évaluer la corrélation entre environ 10 500 biomarqueurs mesurés chez 150 patients au départ. J'ai essayé un simple script JSL basé sur l'ajustement Y by X et la plateforme de corrélation multivariée. Les deux approches prennent beaucoup de temps à calculer sur ma machine (Windows 10 Pro, Intel i-7 2,50 GHz, 32 Go de RAM, JMP 16). Existe-t-il une approche plus rapide pour générer et récupérer les valeurs r de Pearson et les valeurs p associées ?Il convient de noter que, même si l’approche matricielle semble attrayante, elle ne semble pas renvoyer les valeurs p.
J'apprécie ton aide.
Meilleur,
TS
Automatisation et scriptsles fenêtresRe : JMP > Analyse multivariée > Corrélation > Comment gérer de grands ensembles de données ?OUAIS! J'avais activé l'option de table de valeur p au lancement, alors c'est peut-être la cause de cette utilisation importante de la mémoire.
Re : JMP > Analyse multivariée > Corrélation > Comment gérer de grands ensembles de données ?@Thierry_S ,
J'ai un ensemble de données contenant 18 856 abondances relatives d'ARNm et 65 échantillons. Le filtrage des réponses dans JMP Pro 16 semble prendre 120 Go de mémoire (je n'en ai que 64, donc la mise en cache est en cours). Ce n'est peut-être pas une bonne idée maintenant que je l'ai mentionné.
MISE À JOUR : j'ai réduit ce chiffre à environ 9 000 et cela a pris moins d'une minute. Il existe donc certainement un seuil quant au nombre de biomarqueurs que vous pourrez utiliser.
Re : JMP > Analyse multivariée > Corrélation > Comment gérer de grands ensembles de données ?Salut @Chris_Kirchberg ,
Beau. Le temps de traitement a été réduit de 5 à 10 fois.
Meilleur,
TS
Re : JMP > Analyse multivariée > Corrélation > Comment gérer de grands ensembles de données ?Salut chris,
Je n'avais pas pensé à cette approche. Laissez-moi essayer dès que possible.
Merci,
TS
Re : JMP > Analyse multivariée > Corrélation > Comment gérer de grands ensembles de données ?@Thierry_S ,
Combien de temps cela prend-il maintenant ? L'avez-vous comparé au dépistage des réponses ? Mettre tous les biomarqueurs dans Y et X et utiliser l'option avancée Corr (Pearsons Product Moment Correlation) ?
