Tengo un cliente que cambió de JMP Genomics a JMP Pro y busca replicar un flujo de trabajo de análisis.
Aquí está la descripción de su análisis deseado:
Estoy tratando de determinar la proporción de alelos paternos en un conjunto de progenie y/o obtener una estimación de la introgresión de la genética masculina en las progenies. El diseño consistió en un cruce pareado (biparental) y otro procedente de polinización abierta (una hembra y varios machos). Recuerdo que esto se puede hacer en JMPGenomics pero no recuerdo los pasos. El conjunto de datos del genotipo tiene el sistema de puntuación SNP 0,1,2 (siendo el 2 el heterocigoto).
¿Es posible este flujo de trabajo en JMP Pro? De ser así, me gustaría brindar orientación general sobre los pasos y plataformas que usaríamos para replicar el análisis.
¡Cualquier orientación de los expertos de JMP Genomics sería muy apreciada!
Gracias de antemano,
HOLA @scott_allen ,
Le pregunté a desarrollo y parece que JMP Genomics nunca realizó este tipo de análisis. No hay nada específico en JMP Pro (o JMP) que haga esto automáticamente por ellos. Tendrían que empezar por hacer ellos mismos la codificación/puntuación. Algo como esto.:
Se tendrían que codificar los alelos de la descendencia con referencia a los alelos de sus padres, por ejemplo, para la población biparental, alelo del padre A = 0, alelo del padre B = 1, por lo que una descendencia en alguna generación después del cruce de los padres con ambos alelos del padre A serían 0+0=0, uno para cada padre 0+1=1, ambos del padre B 1+1=2. De esta manera, uno puede simplemente observar la descendencia y contar los alelos según el código 0,1,2.
Para la polinización abierta, supongo que el usuario no conoce a los machos, solo conoce a las hembras, el código anterior aún funciona, el alelo de la hembra obtiene el código 0, cualquier otro macho obtiene el código 1.
No es una gran respuesta, pero espero que ofrezca algo de claridad.
