在 JMP Pro 中复制 JMP Genomics 工作流程我有一位客户从 JMP Genomics 切换到 JMP Pro,并且希望复制分析工作流程。
以下是他想要的分析的描述:
我试图确定后代组中父本等位基因的比例和/或估计雄性遗传学向后代的渗入。 该设计包括配对杂交(双亲)和开放授粉的另一个(一个雌性和多个雄性)。 我记得这可以在 JMPGenomics 中完成,但记不起步骤了。 基因型数据集的 SNP 评分系统为 0,1,2(2 是杂合子)。
此工作流程在 JMP Pro 中可行吗? 如果是这样,我想就我们用来复制分析的步骤和平台提供一些一般指导。
如果能得到 JMP Genomics 专家的任何指导,我们将不胜感激!
提前致谢,
回复:在 JMP Pro 中复制 JMP Genomics 工作流程你好@斯科特艾伦,
我已询问过开发人员,看起来 JMP Genomics 从未进行过此类分析。 JMP Pro(或 JMP)中没有任何具体内容可以自动为他们执行此操作。 他们必须从自己编码/评分开始。 像这样的东西:
人们必须参考父母的等位基因对后代的等位基因进行编码,例如,对于双亲群体,来自父母A的等位基因= 0,来自父母B的等位基因= 1,因此杂交后某一代的后代具有来自亲本 A 的两个等位基因的亲本将是 0+0=0,每个亲本一个 0+1=1,都来自亲本 B 1+1=2。 通过这种方式,人们可以只查看后代并根据 0,1,2 代码计算等位基因。
对于开放授粉,我假设用户不知道雄性,只知道雌性,上面的代码仍然有效,来自雌性的等位基因得到代码 0,任何其他雄性得到代码 1。
这不是一个很好的答案,但希望它能提供一些清晰度。