JMP Pro에서 JMP Genomics 작업 흐름 복제JMP Genomics에서 JMP Pro로 전환하고 분석 작업 흐름을 재현하려는 고객이 있습니다.
그가 원하는 분석에 대한 설명은 다음과 같습니다.
나는 자손 세트에서 부계 대립유전자의 비율을 결정하거나 자손에 대한 수컷 유전학의 유전자이입 추정치를 얻으려고 노력하고 있습니다. 디자인은 한 쌍의 교배(양부모)와 개방 수분(암컷 한 마리와 수컷 여러 마리)으로 이루어진 교배로 구성되었습니다. JMPGenomics에서 이 작업을 수행할 수 있지만 해당 단계를 기억할 수는 없습니다. 유전자형 데이터 세트에는 SNP 채점 시스템 0,1,2(2가 이형접합체임)이 있습니다.
JMP Pro에서 이 작업 흐름이 가능합니까? 그렇다면 분석을 재현하는 데 사용할 단계와 플랫폼에 대한 몇 가지 일반적인 지침을 제공하고 싶습니다.
JMP Genomics 전문가의 조언을 주시면 감사하겠습니다!
미리 감사드립니다.
답: JMP Pro에서 JMP Genomics 작업 흐름 복제안녕 @scott_allen ,
개발을 요청했는데 JMP Genomics에서는 이런 유형의 분석을 한 적이 없는 것 같습니다. JMP Pro(또는 JMP)에는 자동으로 이 작업을 수행하는 특별한 기능이 없습니다. 그들은 스스로 코딩/점수를 매기는 것부터 시작해야 합니다. 이 같은.:
예를 들어 양친 집단의 경우 부모 A의 대립 유전자 = 0, 부모 B의 대립 유전자 = 1이므로 부모의 대립 유전자를 참조하여 자손의 대립 유전자를 코딩해야 합니다. 부모 A의 두 대립 유전자를 모두 가진 부모는 0+0=0, 각 부모에 대해 하나씩 0+1=1, 부모 B 모두에서 1+1=2가 됩니다. 이런 방식으로 자손을 보고 0,1,2 코드를 기반으로 대립 유전자를 계산할 수 있습니다.
공개 수분의 경우 사용자는 수컷을 모르고 암컷만 알고 있다고 가정합니다. 위의 코드는 여전히 작동하며 암컷의 대립 유전자는 코드 0을 얻고 다른 수컷은 코드 1을 얻습니다.
좋은 답변은 아니지만 명확성을 제공하기를 바랍니다.
