JMP Pro での JMP Genomics ワークフローの複製JMP Genomics から JMP Pro に切り替え、分析ワークフローを再現したいと考えている顧客がいます。
彼の望む分析の説明は次のとおりです。
私は子孫セットにおける父方対立遺伝子の割合を決定したり、子孫への男性遺伝学の遺伝子移入の推定値を得たりしようとしています。 このデザインは、一対の交配 (双親) と放任受粉によるもう一方 (1 匹の雌と複数の雄) から構成されていました。 これは JMPGenomics で実行できることは覚えていますが、手順を思い出せません。 遺伝子型データセットには、SNP スコアリング システム 0、1、2 (2 はヘテロ接合体) があります。
このワークフローは JMP Pro で可能ですか? その場合、分析を再現するために使用する手順とプラットフォームに関する一般的なガイダンスを提供したいと思います。
JMP Genomics の専門家からのアドバイスをいただければ幸いです。
前もって感謝します、
Re: JMP Pro での JMP Genomics ワークフローの複製こんにちは@スコット・アレン、
開発に問い合わせたところ、JMP Genomics ではこの種の分析は行っていないようです。 JMP Pro (または JMP) には、これを自動的に行う特別な機能はありません。 彼らはコーディング/スコアリングを自分たちで行うことから始める必要があります。 このようなもの。：
親の対立遺伝子を参照して子の対立遺伝子をコード化する必要があります。たとえば、双親集団の場合、親 A からの対立遺伝子 = 0、親 B からの対立遺伝子 = 1 であるため、次の世代の子孫は交配後のものになります。親 A からの両方の対立遺伝子を持つ親は 0+0=0、親ごとに 1 つずつ 0+1=1、親 B からの両方とも 1+1=2 になります。 このようにすることで、子孫を観察し、0、1、2 コードに基づいて対立遺伝子を数えることができます。
放任受粉の場合、ユーザーは雄を知らず、雌だけを知っていると仮定します。上記のコードはまだ機能し、雌の対立遺伝子はコード 0 を取得し、他の雄はコード 1 を取得します。
あまり良い答えではありませんが、少しでも明確になれば幸いです。
